《财政部 国家税务总局关于增值税若干政策问题的通知》（财税[2005]165号）的规定：一般纳税人注销时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
根据以上规定，企业因各种原因注销时，期末存货对应的进项已经抵扣的，进项税额不需要转出，如果还有进项没有抵扣，税务机关也不予退税。
企业办理税务注销的原因包括：
1、企业迁移，向原主管税务机关申请注销登记；
2、企业在外地设立的分公司撤销，向税务机关申请注销登记；
3、被其他企业吸收合并，合并后法人资格注销，需要办理税务注销；
4、企业解散清算，需要办理税务注销。
不同情况下对存货的处理要求不一样，企业应分析办理注销登记的原因，对存货采取适当的措施，降低存货处置时应交纳的增值税。
1、企业迁移：法人资格不变，存货的产权不需要发生改变，因此，办理注销登记不影响进项和销项，不产生额外的税务负担；
2、企业外地的分公司注销，分公司有存货：分公司的存货可以采取以下几种方式处置：
a)退回给总公司：视同销售，产生销项。如果没有足够的进项剩余，税负会比较重，但总公司即可可以抵扣，因此，如果分公司有多余的进项，总公司进项不足，通过退回可以转移进项，整体降低企业税负；
b)转移到其他分公司：与退回总公司相同。
c)销售给客户：一般需要降价，因此，降价销售也是一种方式。
3、企业吸收合并，法人资格注销，帐面存货需要处置：企业吸收合并，属于产权交易，根据《国家税务总局关于转让企业全部产权不征收增值税问题的批复》（国税函[2002]420号）的规定，对涉及的资产转移不征收增值税（备注：也不征收营业税），因此，存货的产权发生了变化，但不需要交纳增值税，不增加税负。
4、企业清算，存货需要处置：根据《公司法》的规定，企业清算后法人资格注销，法人实体已经不存在，因此，企业的存货需要处置。处置的常见方式包括：
a)退回供应商：如果供应商愿意，可以采取退回供应商的方式，退回供应商需要对方开具负数发票，企业冲减进项，对于进项有余的企业可以选择，如果没有多余进项，该方法可能需要补高额税款。
b)变价销售：对于清算企业而言，变卖处置存货是商业惯例。根据统计，一般的企业清算时，存货能够实现的变卖价格为帐面价值的30％左右。因此，企业可以将存货进行降价处理，根据《国家税务总局关于企业改制中资产评估减值发生的流动资产损失进项税额抵扣问题的批复》（国税函[2002]1103号）的规定，变价销售对应的进项不需要转出。
c)用于抵债：用存货抵债也是企业清算的一种常见方式，根据评估价格，抵偿部分债务。具体的价值可以根据双方协商。但是，清算企业的债务重组一般有让步，价值300万元的存货抵偿500万元的债务。这样处理会给存货的纳税带来困难，抵债的存货视同按公允价值出售，清算时的公允价值比较低，不过税务机关也许不这么认为，而是按正常经营的公允价值来考量企业的债务重组合同，双方容易产生分歧。
d)分配给股东：分给股东也属于视同销售的项目之一，如果股东可以抵扣，可以考虑用该方法，如果股东是个人、小规模纳税人，这样处理视同销售，对方进项不能抵扣，实际上对企业不利。
总之，企业注销税务登记的原因各种各样，企业需要根据自身的情况，选择合适的存货处理方式，或者是几种方式的混合，从整体上降低税负。如果涉及关联方，还要考虑定价是否合理。
