一、什么是企业整体资产转让
关于企业整体资产转让的定义，《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）文件是这样规范的：企业整体资产转让是指，一家企业（以下简称转让企业）不需要解散而将其经营活动的全部（包括所有资产和负债）或其独立核算的分支机构转让给另一家企业（以下简称接受企业），以换取代表接受企业资本的股权（包括股份或股票等），包括股份公司的法人股东以其经营活动的全部或其独立核算的分支机构向股份公司配购股票。
从上述定义可知，企业整体资产转让的对象是企业的所有资产和负债或其独立核算的分支机构，转让的目的是换取代表接受企业资本的股权，这种股权的表现形式是接受企业的股份或股票等。资产转让可以看成是一项整体资产投资活动，转让企业将自己的全部资产和负债投资后，由从事营业活动（制造业、加工业、交通运输等）转变为投资活动（投资公司或持有的长期股权投资），转让企业不解散，从事的业务转变为投资业务，作为继续存在的独立纳税人的地位没有发生任何变更，因此，不应按照清算所得的计税办法处理，由于投资资产价值需要双方按照公允价值确认，资产的公允价值与账面价值之间会存在一定的价差，对这部分价差如何征税？税法规定按照国税发[2000]118号文件来处理。
二、企业整体资产转让的税务与会计处理原则
税务处理的依据是《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）文件：企业整体资产转让原则上应在交易发生时，将其分解为按公允价值销售全部资产和进行投资两项经济业务进行所得税处理，并按规定计算确认资产转让所得或损失。如果企业整体资产转让交易的接受企业支付的交换额中，除接受企业股权以外的现金、有价证券、其他资产（以下简称“非股权支付额”）不高于所支付的股权的票面价值（或股本的账面价值）20％的，经税务机关审核确认，转让企业可暂不计算确认资产转让所得或损失（也就是我们所称的“免税改组”）。转让企业和接受企业不在同一省（自治区、直辖市）的，须报国家税务总局审核确认。转让企业取得接受企业的股权的成本，应以其原持有的资产的账面净值为基础确定，不得以经评估确认的价值为基础确定。接受企业接受转让企业的资产的成本，须以其在转让企业原账面净值为基础结转确定，不得按经评估确认的价值调整。
按照新的《企业会计准则》，企业整体资产转让视为通过非货币性资产交换取得长期股权投资，其初始投资成本的确定以《企业会计准则第2号——长期股权投资》和《企业会计准则第7号——非货币性资产交换》两个具体准则来规范。
转让企业的会计处理：
（1）根据《企业会计准则第2号——长期股权投资》的规定，非企业合并情况下通过非货币性资产交换取得的长期股权投资，其初始投资成本应当按照《企业会计准则第7号——非货币性资产交换》确定。
（2）《企业会计准则第7号——非货币性资产交换》规定，换出资产采用两种计量模式：公允价值和账面价值。非货币性资产交换同时满足下列条件的，应当以公允价值和应支付的相关税费，作为换入资产的成本，公允价值与换出资产账面价值的差额计入当期损益：
（一）、该项交换具有商业实质；
（二）、换入资产或换出资产的公允价值能够可靠地计量。
换入资产和换出资产公允价值均能够可靠计量的，应当以换出资产的公允价值作为确定换入资产成本的基础，但有确凿证据表明换入资产的公允价值更加可靠的除外。
未同时满足上述两个条件的非货币性资产交换，应当以换出资产的账面价值和应支付的相关税费，作为换入资产的成本，不确认损益。
简单地说，公允价值模式下会计处理基本原则为“以出定入”，包括三方面的含义：
①换入资产和换出资产公允价值均能够可靠计量的情况下，应当以换出资产的公允价值作为确定换入资产成本的基础，但有确凿证据表明换入资产的公允价值更加可靠的除外。
②换入资产成本=换出资产公允价值+应支付的相关税费。
③换出资产公允价值与账面价值存在差额的处理：
换出资产为存货的，应当视同销售处理，根据《企业会计准则第14 号——收入》按其公允价值确认商品销售收入，同时结转商品销售成本。这种情况是一种较为特殊的购销活动，应视同销售货物缴纳增值税。接受单位可以凭以物投资的书面合同以及与之相符的增值税专用发票和货物运输普通发票抵扣进项税额，报经税务机关批准后予以抵扣。在存货未计提减值准备的情况下，新准则下存货投资的会计处理消除了财税差异。
换出资产为固定资产、无形资产的，按照相关法规（营业税及增值税法规）计算缴纳流转税，换出资产公允价值和换出资产账面价值的差额，计入营业外收入或营业外支出。
④以公允价值为基础与补价相关的的情况
不发生补价：换入资产入账价值=换出资产公允价值（除非能证明换入资产公允价值更加可靠）+相关税费
发生补价：
支付补价方：换入资产入账价值=（换出资产公允价值+补价）（或换入资产公允价值）+相关税费
收到补价方：换入资产入账价值=（换出资产公允价值-补价）或换入资产公允价值+相关税费
新准则损益确认与旧准则有原则性不同：旧准则下损益的确认取决于是否支付补价，新准则下损益的确认取决于是否以公允价值确定换入资产成本。
（3）根据《企业会计准则第2号——长期股权投资》的规定，投资企业对被投资单位具有共同控制或重大影响的长期股权投资应当采用权益法核算，并分别下列情况进行处理：
长期股权投资的初始投资成本大于投资时应享有被投资单位可辨认净资产公允价值份额的，不调整长期股权投资的初始投资成本。
长期股权投资的初始投资成本小于投资时应享有被投资单位可辨认净资产公允价值份额的，其差额应当计入当期损益（营业外收入），同时调整长期股权投资的成本。
接受企业的会计处理
在新准则下，对于投资者投入的资产，应按公允价值入账。
对于投资企业资产公允价值和资产账面价值形成的差额，应按照《企业会计准则——基本准则》的规定，对于非日常活动产生的利得和损失，投资企业应计入“营业外收入”或“营业外支出”科目。
对于投资者投入的资产，以投资各方确认的价值（公允价值）作为入账价值。另外，新介入的投资者的出资额大于其按约定比例计算的其在注册资本中所占份额部分（或股票发行溢价部分）是企业的股东权益，不征所得税，作资本公积处理。
三、举例说明
三和公司2007年4月向四通公司进行整体资产转让，二者均系增值税一般纳税人，税率为17%.转让时，三和公司的资产负债表有关数据如下：
资产总计2500万元。其中，非现金资产账面成本2000万元，公允价2500万元；主要包括房产原价1400万元，累计折旧200万元，公允价1370万元；无形资产账面价值200万元，公允价300万元；大型设备一台，原价70万元，累计折20万元，公允价80万元；原材料成本100万元，公允价180万元，公允价等于计税价；产成品成本450万元，公允价570万元，公允价等于计税价；其余500万元为应收账款及货币资金。
负债总计2200万元。
所有者权益总计300万元。
经评估，三和公司的净资产为800万元（即对三和公司所有资产和负债进行重新评估后的净增值额为500万元），全部作为对四通公司的投资，按照双方约定，投资后三和公司除享有四通公司30％的股权外，四通公司再向三和公司支付现金（非股权支付额）500万元。三和公司对四通公司具有共同控制和重大影响。
投资时四通公司可辨认净资产的公允价值为9000万元（假设所有者权益全部为可辨认净资产），流转税只考虑增值税和营业税。
1、三和公司公司的会计和税务处理：
先按公允价值下的非货币性资产交换处理：
借：长期股权投资 2714.1万元（3000+68.5+15+3.1+30.6+96.9-500）
银行存款 500万元
累计折旧 200万元
负债科目 2200万元
贷：固定资产-房屋及建筑物 1400万元
固定资产-机器设备 70万元
无形资产 200万元
主营业务收入 570万元
其他业务收入 180万元
应交税费——应交营业税 83.5万元
应交税费——应交增值税（销项税额）127.5万元
应交税费——未交增值税 3.1万元
应收账款和货币资金 500万元
营业外收入 2500万元
换出资产公允价值：3000万元
房产应交的营业税：1370*5%= 68.5（万元）
无形资产应交的营业税：300*5%=15（万元）
设备应交的增值税：80/（1+4%）*4%= 3.1（万元）
原材料应交的增值税：180*17%=30.6（万元）
产成品应交的增值税：570*17%=96.9（万元）
注：根据财税[2002]29号文件规定，纳税人销售旧货（包括旧货经营单位销售旧货和纳税人销售自己使用的固定资产），无论其是增值税一般纳税人或小规模纳税人，也无论其是否为批准认定的旧货调剂试点单位，一律按4％的征收率减半征收增值税，不得抵扣进项税额。但账务处理时，先不做减半处理，缴纳时再做减半处理，作为“利得”计入“营业外收入”科目。
缴纳时：
借：应交税费——未交增值税 3.1万元
贷：银行存款 1.55万元
营业外收入 1.55万元
②结转存货成本：
借：其他业务成本 100万元
贷：原材料 100万元
借：主营业务成本 450万元
贷：产成品 450万元
③三和公司应享有四通公司可辨认净资产公允价值的份额=9000*30%=2700（万元）
这里三和公司长期股权投资的初始投资成本2714.1万元，大于投资时应享有被投资单位可辨认净资产公允价值份额2700万元，其差额14.1万元应当作为商誉，但在会计处理时不能确认商誉，而是将商誉包括在长期股权投资的初始成本中，不调整长期股权投资的成本。
相反，若投资成本小于投资时应享有被投资单位可辨认净资产公允价值份额的，则将差额计入当期损益，即“营业外收入”科目。
根据国税发[2000]118号规定，企业整体资产转让原则上应在交易发生时，将其分解为按公允价值销售全部资产和进行投资两项经济业务进行所得税处理，并按规定计算确认资产转让所得或损失。因此，企业在年终申报企业所得税时，对全部资产增值（2500-2000）应调增应纳税所得额500万元，以后，对投资持有期间分回的利润按权益法进行会计处理，按“股权投资所得”进行所得税处理。
由于三和公司已经确认了资产转让所得或损失，税法上取得的股权应按公允价值确定计税成本，会计上也是按照公允价值作为确定换入资产成本的基础，这时不会产生财税差异。
2、四通公司公司的会计和税务处理：
为便于计算，假设投资前四通公司所有者权益为500万元。设资产转让后应计入实收资本的金额为x，则有：
x／（500+x）=30％，解之得：x=214.29（万元）
会计分录如下：
借：固定资产——房屋及建筑物 1370万元
固定资产——机器设备 80万元
无形资产 300万元
存货 750万元
应收账款及货币资金 500万元
应交税金——应交增值税（进项税额） 127.5万元
贷：负债科目 2200万元
实收资本（股本） 214.29万元
资本公积——股本溢价 713.21万元
依据《企业所得税税前扣除办法》（国税发[2000]84号）第七条规定，纳税人发生合并、分立和资本结构调整等改组活动，有关资产隐含的增值或损失在税收上已确认实现的，可按经评估确认后的价值确定有关资产的成本。由于三和公司已对资产评估增值部分计算缴纳了企业所得税（500万元），因此，四通公司接受投资的资产的会计成本等于计税成本，四通公司可以对固定资产按照1450万元的入账价值提取折旧，并可在以后年度计算企业所得税前获得扣除，对存货和其他资产也可按入账价值进行账务处理，不作纳税调整。
四、免税重组时应注意的问题
（一）、接受企业可以按照公允价值确定接受资产的计税成本
根据国税发[2000]118号文件规定，“如果企业整体资产转让交易的接受企业支付的交换额中，除接受企业股权以外的现金、有价证券、其他资产（以下简称'非股权支付额'）不高于所支付的股权的票面价值（或股本的账面价值）20％的，经税务机关审核确认，转让企业可暂不计算确认资产转让所得或损失。转让企业和接受企业不在同一省（自治区、直辖市）的，须报国家税务总局审核确认。”本例中，四通公司向三和公司支付的“非股权支付额”500万元占所支付的股权的账面价值214.29万元的比例为：500÷214.29×100％=233.33%>20％，因此，三和公司应计算确认资产转让所得（高于20%，不属于免税重组），计算缴纳企业所得税，已如前所述，年终时调增应纳税所得额500万元。
如果四通公司向三和公司支付的“非股权支付额”不高于所支付的股权票面价值的20％，则三和公司不确认资产转让所得或损失，但四通公司接受三和公司的资产的成本须以其在三和公司的原账面净值为基础结转确定，不得按经评估确认的价值调整。对四通公司来说，在税收上只能按1250（1400-200+70-20）万元的固定资产净值计提折旧，无形资产按账面原价200万元计算摊销，领用或出售的存货只能以三和公司原账面价值作为主营业务成本（这是假设股权票面价值不高于20％时，受资企业应按投资企业的原账面价值入账）。四通公司在会计上已经按资产的评估价入账，因此，对四通公司可考虑采取“综合调整法”，即对资产评估增值额不分资产项目，均额在以后年度纳税申报的成本、费用项目中予以调整，相应调整每一纳税年度的应纳税所得额，按规定调整期最长不超过10年。
但是，在《国家税务总局关于执行〈企业会计制度〉需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发[2003]45号）文件中规定，“符合《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）第四条第（二）款规定转让企业暂不确认资产转让所得或损失的整体资产转让改组，接受企业取得的转让企业的资产的成本，可以按评估确认价值确定，不需要进行纳税调整。”因此，根据该条规定，即使四通公司向三和公司支付的“非股权支付额”不高于所支付的股权票面价值的20％，在三和公司不确认资产转让所得或损失的情况下，按照新企业会计准则，四通公司对投资者投入的资产应按公允价值入账，由于国税发[2003]45号）文件的规定，按照实体法从旧，程序法从新的原则，四通公司可以按照公允价值确定接受资产的计税成本，所以不产生财税差异，不需要进行纳税调整。
（二）、符合免税条件的整体资产转让只是暂不确认整体资产的转让所得或损失，并非免税重组
按照《国家税务总局关于执行〈企业会计制度〉需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发[2003]45号）规定，符合《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）和《国家税务总局关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》（国税发[2000]119号）暂不确认资产转让所得的企业整体资产转让、整体资产置换、合并和分立等改组业务中，取得补价或非股权支付额的企业，应将所转让或处置资产中包含的与补价或非股权支付额相对应的增值，确认为当期应纳税所得额。
假设本例中三和公司净资产2000万元，公允价值为3000万元，增值1000万元，取得四通公司股权支付额2700万元，取得非股权支付额300万元，非股权支付额占所支付的股权的票面价值（或股本的账面价值）为300/2700=11%，小于20％，这时三和公司虽然属于免税的整体资产转让，但是由于取得了300万元的非股权支付额，按照国税发[2003]45号文件，应该将这300万元非股权支付额相对应的增值，确认为当期应纳税所得，对应的所得为：1000÷3000*300＝100（万元），应纳企业所得税为100*33%=33（万元）。此外，三和公司的长期股权投资的计税成本应以其原持有的资产的账面净值为基础确定，即为：2000－300（非股权支付额）＋100（实现的收益）＝1800（万元）。假设三和公司将四通公司给予的股权以2700万元转让，将实现转让所得900万元（2700－1800），加上原非股权支付额300万元确认的100万元所得，正好等于整体资产增值1000万元，应缴纳企业所得税900*33%=297（万元），两次合计缴纳企业所得税（33+297）=330万元，等于整体资产转让增值应缴纳企业所得税1000*33%=330万元，所以，符合免税条件的整体资产转让只是暂不确认整体资产的转让所得或损失，并非免税重组。
