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线粒体DNA：真核生物线粒体中含有的、在线粒体中复制和表达的DNA，为双链环状分子，每个细胞的拷贝数可达数千，属于母系遗传。线粒体DNA含有的基因，能编码部分线粒体蛋白质(如膜蛋白)、组成线粒体自身翻译体系的转移核糖核酸(tRNA)和核糖体核糖核酸(rRNA)。线粒体DNA的某些密码子与核DNA和现今存在的原核生物的密码子有所不同。
叶绿体DNA：存在于叶绿体内的DNA。高等植物叶绿体的DNA为双链环状分子，其长度随生物种类而不同，一般为45µm；通常一个叶绿体含有10~50个DNA分子。叶绿体内有少量的核糖体，而叶绿体本身也是半自主性细胞器，具有遗传信息的表达系统，可以转录、翻译生成蛋白质，但是叶绿体中绝大多数蛋白质都是由核DNA编码并在细胞质核糖体上合成后再运送到叶绿体各自的功能位点上。
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