依据公司法的规定，公司合并分为吸收合并和新设合并，公司法对公司合并的程序作了相对详尽的规定，诸如合并各方应签署合并协议，应经有权管理机构通过，编制资产负债表和财产清单，自作出合并决议之日起10日内通知债权人，并于30日内在报纸上公告等。但是，公司法并未对合并后公司注册资本的计算方法做出规定，而国家工商行政管理总局也未做出相关解释。因而，在各地工商行政管理机关均各自采用了不同的计算方法。近期，各地工商行政管理机关在实践中大体统一了计算方法，即合并后的公司资本为合并前公司注册资本之和。
这种做法当然有法理依据。根据法理，公司注册资本具有三原则，即资本确定原则、资本不变原则、资本维持原则，在公司组织形态保持不变的情形下，合并后的公司注册资本当然为合并前各公司的注册资本之和。这种做法显然也有值得商榷之处。值得商榷之一是，在这种情况下如何确定各方的股权比例。
公司注册资本与公司价值并无逻辑上的联系。一个注册资本仅为100万元的有限责任公司，其净资产可能为1000万元，而其市场价值可能为一亿元。因此，最合理的股权比例应是在合并各方均可接受的估价准则上确定合并之前各公司的市场价值，然后据此确定合并各方在存续公司或者新设公司之间的股权比例。
在目前工商行政管理机关关于合并后公司注册资本的确定原则下，前述探讨的股权比例显然难以操作。理论上，合并后各股东的股权比例应由股东协商决定，但这种操作思路难以被工商行政管理机关接受，工商行政管理机关机械地按照合并前各股东的出资额占合并后公司的全部注册资本的比例确定各股东的股权比例。
为了解决这种矛盾，实践操作中，我们在有的法律框架下，设计出了一些方案并获得了利益各方的认可。
方案一：增资与股权转让。在开始合并之前，各公司首先根据确定的基准评估各自的市场价值，确定各股东的股权比例；各公司将未分配利润及部分资本公积、盈余公积转增公司注册资本。这样合并之后根据工商行政管理机关的计算方法将会接近各方确定的股权比例，差额部分通过股东之间的股权转让进行调整，股权转让的价格可以是零元，也可以是各方确定的一致的价格。
方案二：根据目前各地工商行政管理机关的规定，有限责任公司与股份有限公司合并后，存续企业仍为股份有限公司的，其注册资本为原有限责任公司净资产额根据拟合并的股份有限公司每股所含净资产额折成的股份额与原股份有限公司股份总额之和。因此，对于二个有限责任公司之间的合并，要想增加合并后企业的注册资本并接近于各方均能接受的股权比例，可以先将拟存续的企业变更为股份有限公司。有限责任公司变更为股份有限公司的，折合的实收股本总额将接近于公司的净资额。然后，被吸收的公司的股东亦以公司净资产额来计算其在合并后的股份有限公司的股本数。股份比例如有差额，可以通过股份转让进行调整。
合并是公司依照合并协议展开的行为，企业在不违反法律法规的情况下可以自主地对合并的各项事宜达成合意。笔者认为，工商局行政管理机关作为登记机关，应主要是对材料进行形式审查，对材料齐全符合规定的就应该予以登记。审查时要着重审查公司的合并协议以及其他材料是否与协议一致。如果工商行政管理机关能够接受各并各方协商一致的股权比例，那么合并各方就无需费尽心思走一圈弯路去迎合工商行政管理机关的要求了。
