金鱼，做为观赏鱼，它经过了人类近几年不间断地驯化培育形成的，至今已发展到数百个品种。品种如此繁多，仅仅依靠在生物学上分类把金鱼视为鲫鱼的变种是远远不够的。
一般地讲，金鱼的分类有保守分类和系统分类两种方法。
(一)保守分类
保守分类通常把金鱼分为四类：
1、草种，也称为金鲫种
主要有单尾草金鱼和燕尾草金鱼。它们是金鱼的原始种类，与金鱼的先人——金黄色鲫鱼类似，是目前大面积观赏水体中的主要金鱼种。主要特征是身体狭长，扁尖头，小眼睛。
(1)草金鱼：体呈纺锤形，尾鳍不分叉，背、腹、胸、臂鳍均正常。体质强健，顺应性强，食性广，容易豢养。
体色除红色外，还有红白花、五花等。对鱼饵的降落很敏感，能随人的节拍声列队游泳，适合于公园及天然水域中大面积豢养。
(2)燕尾：体短而尾长，尾长超过身长的一半，尾鳍后面分叉似燕子尾形，故名燕尾。性情活泼，易豢养。它是比草金鱼进化程度更高级一些的鱼种，是由古时输往海外的双尾金鲫鱼原始类型发展而来的。
在花色上，除红与白以及红白相间的花色外，还有玻璃花和五花等。
2、文种
文种金鱼是由草金鱼经过家化驯养和不断地选种改良后演化而来的，体形短圆，各鳍发达，四开大尾，头部宽狭不一，俯视鱼体，犹如“文字”，故名文鱼。
文种金鱼品种繁多，花色变化最多，目前有50余个品种，其中大部分品种是国际上声誉很高的畅销货。文种金鱼的性状变异主要有体呈三角形的文鱼、头部有肉瘤的狮子头、鳞片发生变异的珍珠鳞等。它们的色彩更为繁多，形成久盛不衰的特色品种。
3、龙种
古往今来，龙种金鱼不断被视为“正宗”的中国金鱼，它因有一双特大的眼睛而闻名。自1895年传入日本后，不断称为中国金鱼。
龙种金鱼体型粗短，各鳍发达，两眼高高凸出眼眶，眼球外形各异，有圆球形、梨形、圆筒形及葡萄形。在花色上有龙眼、玛瑙眼、葡萄眼、算盘珠眼、红眼睛、紫龙睛、蓝龙睛、朝天龙、朝天龙水泡眼等。
龙种金鱼有50余个品种，因其眼睛特大，在幼鱼期就能辨别。其凸出的眼眶是寄生虫的理想寄生地，在日常豢养中最容易受细菌感染或遭机械性损伤，眼球一般零落或受伤，即得到原有的观赏价值。
4、蛋种
蛋种金鱼没有背鳍，背部平滑而呈弓形，与这种金鱼区别就在于此。文种金鱼中的大部分性状在蛋种金鱼中都有类似的变异出现。
蛋种金鱼体型短圆，形似鸭蛋而得名。背上无鳍，其它各鳍也短小，其中的头类金鱼尤以短小精悍著称。其生命力较龙种、文种金鱼要强，生长速度快。其中的品种如寿星头等，是国际市场上的名品。
蛋种金鱼约有60余个品种，其中有些品种在国际市场上声誉最佳。
(二)系统分类
1.我国著名的金鱼专家陈桢教授曾按欣赏要求，对金鱼变异加以研究分析，概括为以下八个部分：
(1)体形：有狭长与短圆之分。
(2)鳍部(背、尾鳍)：背鳍分正常背鳍、无背鳍之分；尾鳍分单尾和四尾，四尾又分长、短和扇尾。
(3)头部：有狭长而光滑的；有宽在并生肉瘤的，肉瘤又因发育丰满与否又有所不同的：有呈三角形的、有头形稍尖如鼠的。
(4)眼球：有正常的平眼，有凸出生长、向上生长的；眼球外有半通明泡、角膜凸出；虹彩分别呈红、蓝二色以及眼球蓝如宝石等。
(5)鳃盖：有正常鳃盖与翻鳃之别。
(6)鼻膜：有不发达与特别发达形成绒球的。
(7)鳞片：有普通鳞、通明鳞、网通明鳞、珍球鳞等。
(8)体色：有红、橙、黄、白、紫、黑、蓝等单色；红白相间的花色；深浅二种紫色拼成的紫蓝花色；以及蓝底杂有黑斑的素蓝花色和红、蓝、黑三色以上拼成的彩色等。
2.由于不断杂交，品种越来越多，仅以上八个方面不能细致的加以区分，因而，傅毅远、伍惠生先生将金鱼分为五大类二十九型。
分类检索如下：
(1)身体扁平纺锤形，有背鳍、尾鳍单一金鲫种(一)
①短尾金鲫型1
②长尾燕尾型2
(2)体形缩短，尾鳍有四
①有背鳍
ⅰ眼球不凸出文种(二)
眼球平直平凸出，头顶光滑文鱼型3
头顶具肉瘤，只限于顶部堆玉型4
头顶肉瘤发达，从头顶包向两颊，眼陷于肉内
虎头型5
鼻膜发达形成双绒球绒球型6
鳃盖翻转生长翻鳃型7
眼球外带有半通明的泡水泡型8
ⅱ眼球凸出龙种(三)
眼球凸出，头顶光滑龙睛型9
头顶具头瘤虎头龙睛型10
鼻隔膜发达形成双绒球龙睛球型11
鳃盖翻转生长龙睛翻鳃型12
眼球悄然凸出，头呈三角形扯旗蛤蟆头型13
眼球向上生长扯旗朝天龙型14
眼球角膜突出灯泡眼型15
②无背鳍
ⅰ眼球不凸出
眼球平直蛋种(四)
眼球平直不凸出，尾短蛋鱼型16
眼球平直不凸出、尾长丹凤型17
头顶肉瘤仅限于顶部鹅头型18
头顶肉瘤发达并包向两颊，眼陷于肉内狮子头型
19
鼻膜发达形成双绒球蛋球型20
鳃盖翻转生长蛋种翻鳃型21
眼球外带半通明的泡小睛眼型22
ⅱ眼球凸出龙背种(五)
尾短龙背型23
头顶具肉瘤虎头龙背型24
鼻膜发达形成双绒球龙背球25
头呈三角形蛤蟆头型26
眼睛向上生长朝天龙型27
鳃盖翻转生长龙背翻鳃型28
角膜凸出龙背灯泡眼型29
3.金鱼在分类学上的位置
鱼类学伍献文教授1979年《中国鲤科鱼类志》中的鱼类分类学系统中，金鱼的位置是
界→动物界
门→脊椎动物门
亚门→有头亚门
钢→硬头鱼纲
亚纲→真口亚纲
目→鲤形目
科→鲤科
属→鲫属
种→金鱼种
