杂合性缺失、纯合性缺失、点突变的原理与检测方法

杂合性缺失、纯合性缺失、点突变的原理与检测方法

sunxjk：

缺失，就是基因缺失，简单地说是没有了，实际上是不能表达某一蛋白了，或者干脆少了这一个位置。
杂合性缺失：实际就是杂合子，一对染色体上某一个染色体上基因缺失，与之配对的染色体上仍然存在。
纯合性缺失：实际就是纯合子，一对染色体上两个基因都缺失。
根据这个基因的特点，表现出来的形状完全不同，
比如人类一些疾病就是这样，如果这个缺失基因是隐性基因，杂合子或杂合性缺失会表现出来缺失。实际上这个基因不能继续表达。因为隐性基因只能在纯合子中表现（个别例外，如性染色体）。
如果这个基因是显性基因，那么这种缺失可能不表现出来。因为显性基因不仅在纯合子中表现，在杂合子也表现。
具体应用过程，杂合子可以通过回交等方式，获得纯合子。

 

zhangyong2004：

    一般来说，对于一个确定的基因要检测在某种病中的突变情况，方法比较成熟，PCR-测序、PCR-SSCP、PCR-RFLP等。如果样本量较少且你所研究的目的基因较小，采用PCR或RT-PCR的方法获得目的片段后直接测序是很可行的方法（目前测序一个反应只有不到60元人民币）；但如果样本量较大且所研究的目的基因较大的话，直接测序可能费用较高，一般可采用PCR-SSCP、PCR-RFLP。
不管采用哪种方法检测基因的点突变都涉及到PCR扩增目的片段，因而涉及到引物设计，引物设计由你的研究材料、研究方法、目的基因等决定：如果你能得到患者的病灶部位组织材料的话（从这些材料中提取RNA），可根据基因的cDNA序列设计引物（如果目的基因太大，则需要设计多条引物；如果采用PCR-SSCP的方法检测突变，则需要每200bp左右设计一对引物）；如果你只能获得患者的血样的话，就从血样中提取基因组DNA，检测基因突变时，必须每个外显子设计一对引物，对于较大的外显子，还需设计多条引物，当然如果采用PCR-SSCP的方法检测突变，同样需要在基因的外显子上每200bp左右设计一对引物。如果你想检测外显子内含子之间的剪接位点突变，可根据目的基因所在的基因组序列设计引物。
    对于缺失（杂合缺失或纯合缺失）的检测方法，一般来说，就是PCR或RT-PCR，然后进行普通的琼脂糖凝胶电泳即可。首先根据缺失部位两侧设计一对引物，然后以基因组DNA或RNA为模板，进行PCR或RT-PCR扩增，普通的琼脂糖凝胶电泳后，可通过扩增产物及大小直接判断：只得到一条扩增产物且扩增产物与目的片段大小一致的患者，为不存在此部位缺失的患者；只得到一条扩增产物且扩增产物较小的患者，即为纯合缺失；有2条扩增产物，一条与野生型大小相同，另一条与缺失的相同，即为杂合缺失。

 

关于杂合性缺失的检测

vitzj：

检测杂合性缺失通常用定量荧光检测str不同重复次数的峰值.
如果两个峰值之前的比例是1:1,说明一对等位基因都存在,未缺失;
如果比值不是1:1,且差别比较大,说明可能有杂合性缺失;
如果只有一个峰,有两种可能:
1.正常基因组是有两个峰的,那么有缺失.
2.正常基因组只有一个重合峰,则看标本的峰是不是将近两倍高,如果是说明是正常,如果峰值比较低,不到两倍,那有可能是缺失,但这样判断不精确,通常需要换一个位点再看.

vitzj：

纯合性缺失,就是染色体上的一对等位基因一起缺失;
杂合性缺失,顾名思义就是只丢失了一条同源染色体上的基因,另一条还在,通常如果另一条上的基因突变或者甲基化了就使基因彻底不能表达,如果发生在抑癌基因上就可能导致肿瘤.
检测方法有FISH,str,和snp
fish就不多说了,结果判断简洁明了,但贵,而且操作难度大.
str
一对同源染色体上同一str位点的重复次数不一定相同,pcr扩增str全长,再跑胶,如果出现两条带,就说明该str位点是杂合子,假如你在肿瘤细胞中只看到一条带,那说明有杂合性缺失发生了.
但如果该位点本来就是纯合子,那该位点被认为是信息不够丰富,需要结合其他位点来看,所以做str需要多个位点.
从上面分析可以知道,如果没有正常DNA做对照,就算你跑出来全都是单峰,也不能说明问题,万一他就是个全纯合子呢?
以上说得是跑page胶的方法,用测序仪做会简单些,但原理一样的.结果判断上面的帖子讲了.
snp原理也类似,不多说了
自己的电脑不在身边,只能大概相关地推荐你看看.
Genome-Wide Genetic Characterization of Bladder Cancer: A Comparison of High-Density Single-Nucleotide Polymorphism Arrays and PCR-based Microsatellite Analysis
这篇文章讲到了检测杂合性缺失比较常用的方法snp和str
做snp可能需要MGB探针,会贵些,做str如果你有测序仪就比较方便.如果没有的话就pcr再跑page胶,麻烦但很便宜
kunkun2004：

纯合性缺失,就是染色体上的一对等位基因一起缺失;
杂合性缺失,顾名思义就是只丢失了一条同源染色体上的基因,另一条还在,通常如果另一条上的基因突变或者甲基化了就使基因彻底不能表达,如果发生在抑癌基因上就可能导致肿瘤.
这个说法不太准确吧，杂合性丢失，
是指肿瘤基因组中特定染色体上的某种DNA多态标记的等位基因片段,由同一患者正常组织基因组的两种变成一种，即等位基因型由杂合子变成纯合子.而不是丢失了一条同源染色体的基因。其实这个也就是肿瘤发生学中的“二次突变学说”
vitzj 所说的丢失了一条，一对抑癌基因丢失了其中之一，变成了杂合子，这是第一次突变，一般发生在出生前，后来再发生第二次突变时，就是杂合子变成了纯合子，也就是杂合性缺失，抑癌基因缺失，与肿瘤的发生相关。