北京大学法学院副院长沈岿指出，关于补偿标准，根据新的征求意见稿规定，市场价格成了最底线。考虑到中国在现实的征收和拆迁过程中，很多被征收人的房屋所有权及其他合法权益的形成有历史因素，有很多复杂情况，不能一概笼统地用市场价补偿，在市场价基础上，只要考虑的因素是合理的，就可以高于市场价。 [1]
二次征求意见稿规定，政府在作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依照法律、法规对征收范围内未经依法登记的建筑予以认定、处理。处理后确认为违法建筑的，不予补偿。因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。
违法建筑原则上不予补偿。特别是公告征收范围之后新建、扩建、改建房屋，属于被征收人投机取巧、侵占公共利益的非法行为，如果给予补偿，于法于理不合，对其他守法的被征收人不公平。但有些由于历史原因形成房屋手续不全的，应当先由有关部门进行认定、处理。
涉及到旧城区改建的，被征收人有权回迁。这在第一次征求意见稿中就予以了明确。新征求意见稿中对回迁又加以进一步明确，回迁要在改建地段或者改建地段的就近地段来补偿房屋。如果把被搬迁人迁到很远的地方去，这样做显失公平。
二次征求意见稿规定，征收个人住宅，被征收人符合住房保障条件的，政府应当优先给予住房保障。就是说，政府对符合住房保障条件的被征收人除给予补偿外，还应优先安排被征收人享受住房保障，使其不再等待轮候保障房。
此外，二次征求意见稿还对“回迁”进一步作了明确，规定因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，政府应当提供“改建地段或者就近地段”的房屋。
第一次征求意见稿规定，对停产停业损失给予适当补偿。为了切实保障被征收人合法权益，增强条例可操作性，二次征求意见稿将“适当补偿”修改为根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定停产停业损失的补偿，具体办法由市、县级人民政府规定。
二次征求意见稿规定，被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构，按照房屋征收评估办法评估确定。
针对这一点，沈岿指出，第一次征求意见稿是由房地产价格评估机构来评估市场价格，这个机构还必须由被征收人选定。第二次征求意见稿延续了这样的规定，同时明确了评估机构是独立客观公正来进行评估，任何单位或个人不能干预。评估的具体办法由国务院住建部来统一制定，而不是由各个地方来规定，这样保障评估能够按照科学合理的评估规范来进行，受地方政府的影响相对小些。
拆除违章建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿；拆除未超过批准期限的临时建筑，应当给予适当补偿。 拆迁补偿的方式可以实行货币补偿，也可以实行房屋产权调换。 被拆迁人可以选择拆迁补偿方式。 货币补偿的金额，根据被拆迁房屋的区位、用途、建筑面积等因素，以房地产市场评估价格确定。具体办法由省、自治区、直辖市人民政府制定。 实行房屋产权调换的，拆迁人与被拆迁人应当依照规定，计算被拆迁房屋的补偿金额和所调换房屋的价格，结清产权调换的差价。 拆迁非公益事业房屋的附属物，不作产权调换，由拆迁人给予货币补偿。 拆迁公益事业用房的，拆迁人应当依照有关法律、法规的规定和城市规划的要求予以重建，或者给予货币补偿。 拆迁租赁房屋，被拆迁人与房屋承租人解除租赁关系的，或者被拆迁人对房屋承租人进行安置的，拆迁人对被拆迁人给予补偿。 被拆迁人与房屋承租人对解除租赁关系达不成协议的，拆迁人应当对被拆迁人实行房屋产权调换。产权调换的房屋由原房屋承租人承租，被拆迁人应当与原房屋承租人重新订立房屋租赁合同。
