心血管科藏医认为心脏是国王，心脏病是由于饮食起居不及、过甚及相反，过食肥甘，高热能食物，饱食静坐，悲痛忧愁、惊恐太甚、神志反常、饥饿失眠等因素以至隆、赤巴、培根三大因素失调，主消化和吸收的机能减弱而对其饮食精微吸收能力失调，血液中的“培根”成分增多造成黄水偏盛且变的味酸且粘而稠的性质，血中的“培根”成分偏盛则会衰弱“隆”的运行血液的能力，因而血管内血液流速变慢，动力减弱，多余的脂肪逐渐聚集在血管壁上，使血管变窄，久而久之，血管便会阻塞并硬化。
藏医所述心脏病包括：心隆证、心悸症、心绞痛、心热病、心包积水、心昏症、心虫病、黑“卡列”心病等。
藏医治疗注重调节三因素的平衡，在治疗上强调顺“隆”才能脉通，脉通才能血行，血满则人有力，脏有养的原则。降低血液“浓、粘、聚、凝”状态，打通堵塞的血管通道，增加血流量，稳定血管内皮细胞，促进侧枝循环的建立，恢复血管的弹性，营养心肌，平衡血压，调节血脂，保护脏器功能的作用。
神经内科藏医将从脑中发出的神经与“江玛”连接,产生隆物质构成司理机体发育活动的脉称为白脉，属现代医学的神经系统。包括大脑、小脑、延脑、脊髓及多种神经。白脉病是指神经系统的功能障碍或病理损害，症状一般为口眼歪斜，四肢麻木不仁，拘挛僵硬，角弓反张，瘫痪，偏瘫，意识不清，头脑震颤，失语蹇言等。 藏医临床上按症分为热症和寒症；按病程分为新发和陈旧两种；按发病部位分为上体白脉病和四肢白脉病；按三因分为隆、赤巴、培根、聚合白脉病四种。相当于现代医学的神经科疾病如：脑血管病、脑出血、脑梗塞。颈腰椎疾病，癫痫，脑外伤，头痛，外周神经炎症，重症肌无力，神经衰弱等疾病。
藏医在“三因学说”理论指导下，根据不同的发病部位及机理，灵活运用藏药的十七种功效和二十种辨证，进行整体调整。特别强调血、脉、隆（气）三者相结合，综合辨证康复治疗。运用“补隆养血”、“降隆调脉”、“活血化瘀”的方法，达到改善心脑微循环，提高心、脑供养，从而调节神经、营养神经、促进脑细胞再生等标本兼治的目的。
主要诊治脑梗塞、脑出血、偏头痛、病毒性
脑脊髓炎后遗症、脊髓炎、癫痫（抽搐）、老年性痴呆、
脑萎缩，神经系统变性病、代谢病和遗传病、三叉神经
痛、坐骨神经病、颈椎病，周围神经病（四肢麻木、无力）及重症肌无力等。
济南第一藏医院神经内科研究重点在以下几个方向：
（1）急、慢性脑血管病的规范治疗，一级和二级预防，
卒中后康复等方面进行临床基础研究；
（2）神经系统自身免疫病，特别是重症肌无力、
多发性硬化、格林-巴利和多发性肌炎等方面进
行临床和基础研究；
（3）帕金森氏病和老年痴呆等老年神经性疾
病进行研究；
（4）癫痫和偏头痛等发作性疾病的研究。
消化科藏医素有“脾胃为后天之本”的理论，认为胃肠疾病多是因为“隆”、“赤巴”、“培根”受饮食、起居、气候等影响，使消化、吸收、分解、排泄等功能不协调导致的“培根综合症”。因此，本科室在治疗急慢性胃肠炎、溃疡、萎缩性胃炎、各种占位等消化系统疾病方面，采用藏医历史悠久的火灸、艾灸疗法，据藏医对寒、热症的划分，采用以寒治热、以热治寒的生生相克的方式，采用无毒无副的天然名贵藏药，以顺隆升炎、调节脾胃的三种火性和胃中的培根液（酸碱度）及除寒湿等方法，实现标本兼治，祛除顽固性、陈旧性胃肠疾病。
运用藏医藏药治疗各种消化系统疾病，治疗各种胃炎、结肠炎疗效显著，运用“涤痰化瘀”法治疗消化系统的疑难重症有很好疗效。采用辩证辨病相结合的方法，治疗各种胃肠道炎症，胆系感染，慢性胰腺炎，酒精肝，脂肪肝，药物型肝炎，肝胆、胃肠痞瘤，腹痛腹胀，嗝气、返酸，口苦，腹水，恶心呕吐，腹泻便秘，皮肤黄染，便脓血等疾病，疗效显著，治愈率高。疗效显著，治愈率高，改变了萎缩性胃炎不可逆转的定论。
并且运用涤痰化瘀法治疗消化系统的疑难重症如：胃肿瘤、肠肿瘤、胃息肉、胆息肉、重度萎缩性胃炎伴重度肠化，治愈的患者均经胃镜、病理、胃酸分泌功能等检测而证实。
肿瘤科藏医学里关于肿瘤的论述自成体系，藏医把癌症归纳为66种病症，采取培根、拔毒、化腐、排糟、清血、滋养等诸多的治疗手段，运用秘宗的治疗药物，来拔除癌原毒、提升抑癌基因、灭活癌细胞，形成中心治疗圈；以增强体内能量、提高免疫力，形成身体抗癌环境，达到控制癌细胞复发、转移的目的。
具体施治分为适应性治疗、对症治疗、强化恢复治疗等三个阶段，达到因病、因症、因时、因人，专病、专医、专药的治疗法则。特别对肺癌、食道癌、胃癌、直结肠癌、膀胱癌、乳腺癌、宫颈癌、鼻咽癌等患者手术后放、化疗及无法手术、放、化疗的患者和晚期癌症患者均可施行藏医系统治疗。
经过一段时间的治疗后，多数患者疼痛、发热、胸腹胀痛减轻，睡眠、食欲、精神等方面可得到改善，脏腑功能得到恢复、体内循环趋于正常、白细胞降低得到缓解，部分患者胸、腹水可被吸收；经较长时间的治疗后，多数患者肿瘤生长可得到控制，瘤体缩小，生存质量提高，生存期延长。经治部分患者五年、十年以上依然健在。
肾病科藏医认为肾脏是体内水液所依存之脏器，功能为输送和控制尿液，肾脏病内因为肾体内固有的隆、赤巴、培根被外界因素干扰而病变，导致肾脏疾病发生，外因是跌打损伤、负重举重、久居阴凉潮湿之地、久涉冷水、过食甘味和凉性食物，均能引起各种肾病。藏医将肾病分为肾隆病、肾痨、肾水下注、肾热病、肾积水、肾伤扩散病、肾痹症、肾“达日干”病共八种。包括肾小球肾炎、肾盂肾炎、尿路感染、肾功能衰竭、以及男性的前列腺炎、性功能下降等疾病。在治疗上注重调和三因素、解毒、祛虫（杀菌）、补隆、培根，改善七精华的吸收和疏布，内外并举、清补结合，根本性改善肾脏功能。
主要对急、慢性肾炎、肾病综合征、慢性肾衰，肾盂肾炎、膀胱炎、前列腺炎、糖尿病肾病、痛风及痛风性肾病等有藏医特色的治疗方法，能较快的缓解病情，提高部分肾脏疾病的治愈率，并积累了大量的成功经验。已成功救治大量的免疫性疾病患者。
风湿骨科现代医学的风湿骨病在藏医学中表述为黄水病、新痹证、湿痹证、痛风等。以黄水病为主。黄水病是三因素失调导致胆汁精华所生化的黄水偏盛窜散于周身各处危害身体，甚至造成生命危险的一种疾病。藏医临床上将黄水病分为黑黄水病和白黄水病，黑黄水病是有培根和隆失调引起的，属寒症。白黄水病是有赤巴失调引起的，属热证。另外，按侵入途径又分为散布于皮肤，扩散于肌肉，窜行于脉道，著于骨骼，降于脏腑，下注于腑器的多种。相当于现代医学的风湿病，类风湿性关节炎，以及血清阴性脊柱关节病，痛风等疾病。
在治疗上三因并治、散邪为先。黄水病为风寒湿邪致病，宜以散邪为先，所用药物以排毒为主，佐以驱寒理湿、疏风躁湿、健脾补气之剂，根据病程加以活血通络，益肾养肝，扶正祛邪的治疗。在治疗上还重视饮食的调养，藏医《秘绝外遗》一书写道"忌高盐糖奶陈腐食，新鲜陈旧肉酥油，油腻难消类与酒，避免烈日沉睡寒潮受。新鲜炒面白青稞，面米为主进素食，如此配合方有救。"《四部医典》"秘诀部"第五十八章中还有"青稞煮粥豆类和大米，黄牛乳酪苦菜凉开水，性温性轻饮食相适宜。酸腐性沉性辣与油腻，视为毒物常忌之"的记载。
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