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清王朝在行政机构设置上，有两个机构是历代所无的，一为“军机处”，这是集权的产物；一为“总理各国事务衙门”，则是开放的产物。
军机处的前身可以追溯到康熙创设的“南书房”。南书房“择词臣才品兼优者”入值，充皇帝顾问，“撰述谕旨”。康熙此举，已有将继承自明制的“内阁”与清王朝传统的“议政王大臣会议”撇在一边的意思。雍正继位之后，弃南书房不用，另立军机处，时为雍正七年（1729），因西北用兵，皇帝认为原来的传宣承旨机构——内阁设于太和门外，有漏泄机密的风险，便在隆宗门内设置军机房，选择办事谨密的大臣入值缮写谕旨，辅佐皇帝处理军机要务。后军机房改称“办理军机处”，成为定制。
军机处诞生于战时，具有战时体制的特色，同时也因袭了南书房的皇帝机要秘书处性质。严格来说，军机处并不是一个在编的官僚机构，因为它不设正式的衙署，只有一个简单的值班场所，称“值房”；也不置专官，军机大臣（政务官）与军机章京（事务员）均以原官“兼职”、“入值”的名义进入军机处，既无品秩，也无俸禄，人选完全出自皇帝的自由意志，皇帝想叫谁入值，谁就是军机大臣；皇帝当然也可以随时叫军机大臣退出军机处，回到本衙门，不需要经过任何程序。总之皇帝召之即来，挥之即去。军机大臣的职务也只是承旨办事，“只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间”，晚清的梁任公干脆将军机处比喻为“写字机器”：“军机大臣之奉上谕，则如写字机器将留声机器所传之声，按字誊出耳。”
显然，清王朝创设的军机处跟汉唐两宋的宰相机构完全不同——宰相为政府之首脑，执掌治理国家之大权，并接受问责。以君主名义颁发的诏书，须经宰相副署方能生效，否则便会受到群臣抵制。而政府的行政若出现失误，受台谏弹劾，则宰相要负起责任，引咎辞职。此为华夏传统的宰相责任制，与军机处有着天壤之别。即使跟明代的内阁制相比，军机处也是大异其趣：明内阁虽然也具有秘书性质，但明中后期的内阁已获得了一定的决策权，并且可以封驳皇帝的旨意；而军机处完全只能按照皇帝的意思“传述缮撰”，皇帝若说月亮是方的，军机大臣绝不敢在谕旨上写道：月亮有时候也是圆的。
毫无疑问，军机处这样的机构，非常便于皇帝乾纲独断。也因此，军机处虽是因西北用兵而设，属于临时性的机构，但战事结束之后，军机处并没有裁撤，反而保留下来，取代原来的内阁、南书房与议政王大臣会议，成为清王朝的权力中枢。如果清政府不是在十九世纪迎头撞上一个“二千年未有之变局”，军机处这一套机制大概还可以应付老大帝国的运转。但十九世纪，西方列强破门而入，甚至在咸丰十年（1860），英法联军还攻破北京城，咸丰帝只好带着后妃皇子、王公大臣仓皇“北狩”，留下恭亲王在北京与洋人交涉。
咸丰十年年底，英法联军从北京撤走，恭亲王向远在热河的咸丰上了一道奏折，请求成立“总理各国事务衙门”，负责办理洋务：“近年各路军机络绎，外国事务，头绪纷繁，驻京以后，若不悉心经理，专一其事，必致办理延缓，未能悉协机宜。”这一建议获得咸丰批准，不过它的成立则是同治元年二月（1862年3月）的事了。此时咸丰已在热河行宫病逝，恭亲王与他的嫂子慈禧太后联手，以迅雷不及掩耳之势，发起政变，搞倒咸丰临终安排好的顾命大臣——肃顺集团，完成了一轮漂亮的权力洗牌，建立了“同治”体制：由慈禧垂帘听政，恭亲王主政军机处与总理衙门，开始洋务变法。
总理衙门的组织机制模仿军机处，“一切均仿照军机处办理”，由恭亲王总领，设总理大臣、总理大臣上行走、总理大臣学习上行走及总办章京、帮办章京、章京。“行走”，即带有“入值”性质，非专官。其职权最初为主持外交与通商事务，似乎是一个外事机构，但晚清之世，外事牵动内政，开放拽着改革跑，外交势必牵涉到通商，通商势必牵涉到洋务实业，办洋务势必牵涉到培养新型人材，养人材势必牵涉到公派留学生，形成变革的连锁反应。所以，大凡修铁路、开矿山、办工厂、办学校、公派留学生等事务，都归总理衙门管辖。为强化总理衙门的权力，恭亲王还建议由军机大臣兼领总理大臣：“军机承书谕旨，非兼领其事恐有歧误，请一并兼管。”总理衙门实际上已经是领导洋务运动的决策与执行班子。晚清出现的“同治中兴”，即由总理衙门统率的洋务变法所启动。
如果说，新设置的总理衙门为晚清的近代化转型提供了驱动力的话，那么原来的军机处则构成了清王朝在政制上脱胎换骨的挡路石。清末议改官制，慈禧即定下“五不议”的基调：军机处事不议，内务府事不议，八旗事不议，翰林院事不议、大监事不议。后面四个“不议”无关紧要，唯“军机处事不议”，新政便无从展开。清末新政的目标是建立“责任内阁”，但军机处与责任内阁的距离实在太遥远了，如果说，华夏传统的宰相负责制距责任内阁制还有“最后一公里”的话，明内阁跟近代责任内阁至少有一百公里距离，被梁启超比喻为“写字机器”的军机处就更不用说了。
宰相副署权是责任内阁的逻辑起点。用任公的话来说，西方君主立宪国的国务大臣副署之制，是为“明大臣之责任”，代君主负行政责任，“大臣认为不当发布之诏敕，可以拒不副署”，“争之不得，则辞职耳”。光绪三十四年（1908），清廷试图让军机大臣副署诏书，当时的资政院议员便提出疑问：“副署之事是否与各国副署相同？上代君主负责任，下对资政院负责任？”问得前来资政院接受质询的军机大臣朗贝勒不知所措：“方才这位议员所说的话，本大臣听不甚懂。如果是副署问题，将来可用文书答复。”最后军机处的答复是，军机处乃照旧制行事，无责任可负。这个答复并没有说错，因为军机处跟责任内阁确实是风牛马不相及的两回事。
清末十年新政最终在辛亥年折戟沉沙，固然是革命风起云涌的原故，也是军机处所代表的清王朝皇权专制传统太过于顽固所导致，这一政体要更新为责任内阁制，非对满清皇权加以伤筋动骨的改造不可，有切肤之痛的清廷自然对新政欲迎还拒，拖拖拉拉，走一步，退大半步。最终错失转型的良机，大失人心，连一直“不肯以皇室为射鹄”的保皇派梁启超，也对清廷心生绝望。辛亥年若非原来的立宪派纷纷倒戈，区区革命党人又安能成事？
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