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来源：中翰税务 时间：2013-12-26
导读：《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号）给出了总分机构企业所得税汇总纳税的操作指引，这一规定从2013年1月1日生效，取代了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）规定的总分机构所得税征管、计算规则。2013年度中间的预缴，或许并没有太多的影响，真正的考验是对于二级分支机构(指当年参与分配的分支机构，下同)2013年度的汇算清缴如何把控。
 新法后二级分支机构第一次参与汇算清缴
如何汇算清缴，分支机构可不是以自己核算的会计利润为基础进行纳税调整来计算所得税，计算税款的工作基本上可以说与自己的财务数据没有直接因果关系，假设总机构年度分配预缴所得税B万元，年度计算后总机构重新按年度计算该分支机构应分配所得税为A万元，那A-B就是分支机构的汇算清缴补(退)税。
当然根据57号公告，分支机构要提供一系列的资料，如分配表、财务报表、调整情况说明等资料，所以分支机构参与汇算清缴，一定程度上讲，只需要“守株待兔”，在2014年5月31日前完成申报就可以。
总机构如何计算分配年度汇算清缴的所得税有讲究
总机构计算全法人企业的利润总额，加调增与调减、弥补以前年度亏损等步骤后，计算出来应纳税所得额，再扣除抵免税款后，得出实际年度应纳的所得税，以上一年度(2012年度)会计报表核算的总分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算来分配这个总税额，但是一定要记住，这里不是以2013年度的三因素数据为基础分配，这一点很容易出错。
如果总分机构适用不同的税率时(如西部大开发税率为15%)，如何分配计算，此时总分机构分配的是应纳税所得额，三因素仍然用2012年度，而不是2013年度的，这是一个重大变化，如此计算出各自税款，进行相加(不是直接在当地缴纳)后仍按2012年度的三因素数据分配给分支机构税款后，再由各个分支机构进行汇算清缴补(退)税。
哪些口径可以共享
总分机构汇总纳税，并不是将各家自己算的调整数汇总，如福利费，A机构自己算调增10元，B机构不超过它自己发的工资薪金的14%，有20元的“空间”没使用，此时可以挪出10元给A，合计起来并不超标。这些可以共享的口径如工资薪金、职工福利费、职工教育经费、业务招待费、广告宣传费、捐赠、工会经费等等，尽管有异议认为如补充医疗、补充养老等要与属地机构对接各个计算，但这没有相应的填写要求与单独控制的要求，从政策理解上也不建议作单独的“考核”。
总分机构补税缴纳有门道
二级分支机构遭遇查补税款，如不涉及合并口径计算的影响，比如虚假发票100万元，当地税务局要求按25万补税!这在2013年(不含)之前，直接当地入库了，现在不行了，按57号公告，分支机构只能补50%，余50%由总机构向主管税务机关缴纳。而如果总机构查补税款，则按50%总机构缴纳，另50%向所有二级分支机构分配缴纳。
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