常用Gene ID Conversion Tools|| 在自己的研究工作中,经常会遇到一些需要对Gene ID进行转换的情况。目前存在着大量的生物信息数据库,每个数据库都有自己定义的ID命名规则,转换起来实在是一个很大的工作。举个例子,之前构建的Human PPI network, 共选用相关数据库有6个,其中对于蛋白的命名相关的形式多达近10中,耗费了一个多月的时间才完成此ID归一化的过程。当然这个过程中是借助相关的Gene ID Coversion Tools。 下面就对生物信息中用到的IDs Conversion的相关工具进行列举: 1. DAVID: The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discoverhttp://david.abcc./conversion.jsp. 挺强大的一个工具,不过可能就是速度有点慢...还有一个缺点就是数据不能及时更新。 2. Biomart: http://www./biomart/martview/65c2ea6c079d1b85820fa5bbf5af62b5 这是一个绝对不错的东东,定期发布新版本,而且可以将数据下载到本地进行操作,推荐一下... 3. BioDBnet: http://biodbnet.abcc./db/db2db.php 4. Hyperlink Management System (HMS): http:/// 5. BridgeDB: http://www./1471-2105/11/5 更多其它可参考资源: |
|
来自: xiaoshuangshu... > 《工具》