A公司的行为构成偷税，税务机关有权追缴其少缴的税款和滞纳金；经刑事司法程序认定A公司的行为构成逃税罪的，可以追究A公司及相关责任人的刑事责任；但由于已经超过的行政处罚的追溯时效，不得对A公司处以罚款。税务机关对A公司处以行政罚款的行政处罚决定错误，A公司可以依法提起行政诉讼。
2012年11月，A公司在上述中介机构的建议下提出行政复议申请。经过复议程序，税务机关最终认识到不应对A公司处以行政罚款，A公司的涉税争议得到圆满解决。
不应对A公司处以行政罚款
关于对偷税行为进行行政处罚时效的法律规定，自1996年10月1日起施行的《行政处罚法》第29条的规定，违法行为在2年内未被发现的，不再给予行政处罚。法律另有规定的除外。2001年5月1日起施行的《征管法》第86条对此作了特别的规定，违反税收法律、行政法规应当给予行政处罚的行为，在5年内未被发现的，不再给予行政处罚。
关于上述法律法规如何衔接适用，《国家税务总局关于贯彻实施〈征管法〉有关问题的通知》（国税发〔2001〕54号）做出了明确，应当给予行政处罚的税收违法行为发生在1996年9月30日以前的，按原《征管法》的规定执行；发生在2001年4月30日以前的，按《行政处罚法》的规定执行；发生在2001年5月1日以后的，按新《征管法》的规定执行。因此，偷税行为行政处罚的时效可以总结为：(见下表)本案不应被处以行政处罚。
本案中，A公司虚开发票、虚列成本，在项目清算时仍未对虚列部分成本进行调整，造成少缴税款的结果，根据《征管法》第63条的规定构成偷税。但由于已经超过了《征管法》第86条规定的5年的行政处罚追溯时效，不应再给予行政处罚。
根据《征管法》第52条，纳税人偷税的，税务机关追征其未缴或者少缴的税款、滞纳金不受时间限制。因此，虽然税务机关对A公司不得处以行政处罚，但仍可追征其少缴的税款及滞纳金。
A公司及相关责任人员应当承担刑事责任
若行为人犯罪后经过较长时间未再次犯罪，说明其不再具有社会危害性，无对其进行教育改造的必要。若仍进行追溯，一来造成司法资源的浪费，不利于集中力量处理近期犯罪；二来破坏了已经形成的社会稳定局面。基于此种考虑，我国刑法规定了追溯时效制度。根据《刑法》第87条的规定，犯罪经过下列期限不再追诉：法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。
本案的刑事追溯时效取决于本案适用的最高刑。根据《刑法》第201条的规定，纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
2006年12月，A公司在绿洲花苑项目汇算清缴时仍未对虚假的经营成本进行调整，少缴税款金额超过应纳税额30%。依照《刑法》的规定，法定最高刑为七年，追溯期限为十年，尚未超过追诉期限。因此，对A公司偷逃税款的行为进行追溯，处以刑事处罚符合相关法律规定。
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