转载:批量下载序列方法

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Tags | GenBank, NCBI, 下载序列, 生物信息软件如何在NCBI批量下载GenBank序列

GenBank的序列很多，有时我们需要批量下载。这里介绍几种办法，如何从NCBI批量下载GenBank序列。有不对的地方，欢迎指正。

批量下载前须知
批量下载前，我们必须先清楚，下载大量的数据，对服务器是一种非常大的挑战。对网络也是一种大的挑战。NCBI的数据都是免费提供下载的，所以你要清楚，尽量不要使用多线程的工具下载，因为你的IP有可能给封；不要太频繁的大批量下载，中间要有间隔（即使是几秒）；
1，用NCBI提供的FTP下载
NCBI的FTP地址是：ftp.ncbi.。打开后里面有个genbank的目录，里面存放的是所有GenBank的序列和Accession的索引。对里面的格式不明白？没关系，先看看说明文档：ftp.ncbi./genbank/README.genbank

如果要下载现在的Blast库，打开blast目录。

如果要下载基因组序列，进入genomes目录。

全部的目录：

ncftp / > ls
1000genomes/        dbgap/              genomes/            pubchem/            repository/         sra0/
asn1-converters@    entrez/             hapmap/             pubmed/             sequin/             sra1/
blast/              fa2htgs/            mmdb/               ramdisk/            sky-cgh/            tech-reports/
cgap/               genbank/            ncbi-asn1/          README.ftp          snp/                toolbox/
cn3d/               gene/               pub/                RefSeq/             sra/                tpa/2，用NCBI的工具Batch Entrez批量下载序列
Batch Entrez网址：http://www.ncbi.nlm./sites/batchentrez

用这个工具，要求你有一个文件，里面是一个列表，可以是Accession Number，Gi Number，或是NCBI里其它数据库的各种标识符。文件的格式看例子：example.txt

3，用柳城博客提供的批量下载序列的工具
 中文Entrez序列查询工具：http://www./entrez/

这个工具单个序列的下载也是没问题的。里面也有详情的说明了。这里不再解释。

还有其它的方法？？请留言。！

本文详细出处参考：http:///942/