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实时荧光定量PCR具体实验步骤2

 my doc world 2014-08-19

4 梯度稀释的标准品及待测样品的管家基因(β-actin)实时定量PCR

①β-actin阳性模板的标准梯度制备 阳性模板的浓度为1011,反应前取3μl按10倍稀释(加水27μl并充分混匀)为1010,依次稀释至109、108、107、106、105、104,以备用。

②反应体系如下:

标准品反应体系

序号  反应物  剂量

1   SYBR Green 1 染料  10μl

2  阳性模板上游引物F  0.5μl

3  阳性模板下游引物R  0.5μl

4  dNTP  0.5μl

5  Taq酶  1μl

6  阳性模板DNA  5μl

7  ddH2O  32.5μl

8  总体积  50μl

轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。

管家基因反应体系:

序号  反应物  剂量

1  SYBR Green 1 染料  10μl

2  内参照上游引物F  0.5μl

3  内参照下游引物R  0.5μl

4  dNTP  0.5μl

5  Taq酶  1μl

6  待测样品cDNA  5μl

7  ddH2O  32.5μl

8  总体积  50μl

轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。

③制备好的阳性标准品和检测样本同时上机,反应条件为:93℃ 2分钟,然后93℃ 1分钟,55℃ 2分钟,共40个循环。

5 制备用于绘制梯度稀释标准曲线的DNA模板

①针对每一需要测量的基因,选择一确定表达该基因的cDNA模板进行PCR反应。

反应体系:

序号  反应物  剂量

1  10× PCR缓冲液  2.5 ul

2  MgCl2 溶液  1.5 ul

3  上游引物F  0.5 ul

4  下游引物R  0.5 ul

5  dNTP混合液  3 ul

6  Taq聚合酶  1 ul

7  cDNA  1 ul

8  加水至总体积为  25ul

轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。

35个PCR循环(94℃1分钟;55℃1分钟;72℃1分钟); 72?C延伸5分钟。

②PCR产物与 DNA Ladder在2%琼脂糖凝胶电泳,溴化乙锭染色,检测PCR产物是否为单一特异性扩增条带。

③将PCR产物进行10倍梯度稀释: 将PCR产物进行10倍梯度稀释: 设定PCR产物浓度为1×1010,依次稀释至109、108、107、106、105、104几个浓度梯度。

6 待测样品的待测基因实时定量PCR

①所有cDNA样品分别配置实时定量 PCR反应体系。

体系配置如下:

序号  反应物  剂量

1  SYBR Green 1 染料   10 ul

2  上游引物  1ul

3  下游引物  1ul

4  dNTP   1ul

5  Taq聚合酶  2ul

6  待测样品cDNA  5ul

7  ddH2O   30ul

8  总体积  50 ul

轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。

②将配制好的PCR反应溶液置于Realtime PCR仪上进行PCR扩增反应。反应条件为:93℃2分钟预变性,然后按93℃ 1分钟,55℃1分钟,72℃1分钟,共40做个循环,最后72℃7分钟延伸。

7 实时定量PCR使用引物列表

引物设计软件:Primer Premier 5.0,并遵循以下原则:引物与模板的序列紧密互补;引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构;引物不在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配)。

8 电泳

各样品的目的基因和管家基因分别进行Realtime PCR反应。PCR产物与 DNA Ladder在2%琼脂糖凝胶电泳,GoldView?染色,检测PCR产物是否为单一特异性扩增条带。

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