天汉二年（公元前99年），正当司马迁全身心地撰写史记之时，却遇上了飞来横祸，这就是李陵事件。
这年夏天，武帝派自己宠妃李夫人的哥哥、贰师将军李广利领兵讨伐匈奴，另派李广的孙子、别将李陵随从李广利押运辎重。李陵带领步卒五千人出居延，孤军深入浚稽山，与单于遭遇。匈奴以八万骑兵围攻李陵。经过八昼夜的战斗，李陵斩杀了一万多匈奴，但由于他得不到主力部队的后援，结果弹尽粮绝，不幸被俘，然后投降，司马迁为其说情，被判宫刑。
司马迁之所以被宫刑，明的说似乎是因为为李陵辩护，其实关键在于他批评了汉武帝的穷兵黩武的政策，惹怒了皇帝老儿，所以找一个由头办了他，也就是说司马迁被宫刑的原因其实是由于文字狱造成的。 李陵战败投降的消息传来，汉武帝责问大臣，当时司马迁的地位并不足以上书庭奏言事的，但汉武帝此时突然点名让司马迁说说看法，司马迁就不知死活慷慨陈词了一番，这里面就很有蹊跷。还有这次讨伐的主力是李广利，汉武帝宠妃李夫人的哥哥，李陵仅仅是个协助，何以为李陵辩护就会直接判处其死刑呢？
关于司马迁遭受宫刑是由于文字狱还有旁证：据《三国志》《魏书?王肃传》, 在曹魏景初年间（237-239）, 魏明帝曹椒和当时的常侍、秘书监兼崇文观祭酒王肃曾有这样一段对话：
……帝又问“ 司马迁以受刑之故, 内怀隐切, 著《史记》非贬孝武, 令人切齿。” 对日“ 司马迁记事, 不虚美, 不隐恶。刘向、扬雄服其善叙事, 有良史之才, 谓之实录。汉武帝闻其述《史记》, 取孝景及己本纪览之,于是大怒, 削而投之。于今此两纪有录无书。后遭李陵本, 遂下迁蚕室。此为隐切在孝武, 而不在于史迁也。”
魏明帝认为, 司马迁因为遭受宫刑, 心中怀恨, 所以在《史记》中批评汉武帝司马迁身为人臣, 如此对待君王, 足以令人切齿。对此, 王肃作了认真的回答。首先, 他援引班固《汉书? 司马迁传》的赞语“ 谓之实录” , 肯定司马迁的“ 实录” 精神，其次, 他举出了一段事实, 即汉武帝听说司马迁写《史记》, 乃取读书中的《孝景本纪第十一》和《今上本纪第十二》史记称汉武帝为“ 今上” , 这里遵从《太史公自序》所载《史记》的篇名, 他不禁勃然大怒, 命人削去了书简上的字, 并把这些书简扔掉了。第三, 由于汉武帝的毁损, 流传到曹魏时代的《史记》, 其中的这两篇《本纪》, 只有目录, 而没有具体文字。第四, 汉武帝借司马迁为李陵辩护为由, 对他施加了残酷的宫刑。第五, 汉武帝之所以如此迫害司马迁, 是为了发泄个人心中的“ 隐切” , 即对《史记》这部“ 不虚芙, 不隐恶” 的历史“ 实录” 的不满与愤恨。王肃是司马昭的岳父, 又是当时的著名学者, 所以, 他对魏明帝讲这番话, 肯定是有充分的历史依据的。
司马迁在《报任安书》中叙述自己受李陵事件牵连的始末, 然后说“ 因为诬上, 卒从吏议。”其所谓“诬上”,乃是一种含蓄的隐语, 就是魏明帝所说的“著《史记》非贬孝武”意思。作者对汉武帝的态度是很明确的，全文无一处盛赞之语，处处是怨尤愤懑。“未能尽明，明主不晓”；“拳拳之忠，终不能自列，因为诬上，卒从吏议”；“仆之先非有剖符丹书之功，文史星历，近乎卜祝之间，固主上所戏弄，倡优所畜，流俗之所轻也”。这些语言实际是对汉武帝的控诉。作者写《史记》不是为帝王树碑立传，也不是为将相歌功颂德，而是“究天人之际，通古今之变，成一家之言”。作者希望“藏之名山，传之其人，通邑大都，则仆偿前辱之责，虽万被戮，岂有悔哉！”所以，汉武帝老帐、新帐一块算，借司马迁为李陵开脱罪责为由对他施加了残酷的宫刑。因此, 太史公司马迁之惨遭茶毒, 真正的原因在于他写景、武二帝本纪时秉笔直书, 触犯了汉武帝的某些忌讳。对此, 西京杂记卷六也有记载。王允说“ 昔武帝不杀司马迁, 使作谤书, 流于后世” 《后汉书卷六十蔡色传, 也与这种背景有关。陈寿在《三国志》中记载王肃之言, 裴松之作注时也并无反对意见, 足见这种着法符合历史的真相, 就本质而言, 在汉武帝时代发生的这一震撼千古的事件乃是一场典型的文字狱。
有人说，若汉武帝确实是司马迁写书生恨而借题，就不会只给宫刑而让他继续写书毁谤他了，何不直接灭口拉倒？其实，恰恰相反，司马迁是自请宫刑的。因为在当时，宫刑是对一个男人最大的侮辱，甚至是生不如死的侮辱。《报任安书》说到过“假令仆伏法受诛，若九牛亡一毛……"，显示他本该“伏法受诛“，即被处死。当他下狱时，由于李陵那边情形尚不明确，且汉武帝是认为司马迁在借李陵攻击贰师将军无能才将他下狱，所以他最初并未被视作为变节分子辩护，而是因“沮诬贰师"这个莫须有的罪名而被定为死罪。
依据汉朝法律，死刑犯可以用两种方法免死，一是交五十万钱的赎金，《报任安书》中提到“家贫，无财赂法吏以自赎"也可以证实他被判的是死刑，因为只有赎死刑而没有赎宫刑。 第二种途径就是犯人请求改施宫刑。司马迁为完成《太史公书》，经过激烈的思想斗争，做出了这个悲壮的选择！宫刑也并未马上执行。直到汉武帝遣公孙敖迎还李陵不成，又听信公孙敖“李陵教单于练兵以备汉"的谎言，怒而杀陵全家，才出现《报任安书》中“陵既生降，颓其家声，仆(司马迁)又贰次蚕室……”的结局。
至于关于令死罪入赎钱五十万减死一等是天汉四年才制定的法律，似乎天汉四年该赎罪之法才创始。其实不然，其一，武帝早期大多沿袭景帝之制，景帝在位期间既有赎刑。也有以宫刑替代死刑。其二，由于汉武帝期间连年征战，穷兵黩武，国库亏空，使得朝政越来越寻求其他的“经济增长点”，如盐铁专卖等，表现在刑法上，就是将原来赎刑的价码层级加高，惠帝时赎死罪需30万钱，到了汉武帝时就成了50万钱。其三，从汉武帝的所谓“文治武功”也能推断出当时政治专制主义加深的迹象，汉武帝时首次将“腹诽”列入罪名即是明证。
因此，综上所述，司马迁被宫刑完全是汉武帝以李陵事件为名，行打击报复之实的文字狱，但是这种残忍的致残刑法虽然能击垮司马迁的身体，但是击垮不了他的意志，以后五年，司马迁锥心刺骨，忍辱发奋，写作《史记》，终于完成了这部历史巨著，建立了中国史学上的里程碑。
