1948年年底，在解放军强大的攻势面前，国民党在大陆的统治走到末日。面对国民党的溃败，梅贻琦面临着走还是留的问题。经过一番艰难的抉择，梅贻琦决定离开大陆，离开他所挚爱的清华园。
梅贻琦离开大陆后，在美国待了几年，接着去了台湾：1955年年底，他用清华的基金在台湾新竹创办清华原子能科学研究所，这就是新竹清华大学的前身。为了选好学校的地址，他几乎走遍台湾岛，最后选择新竹县。为了慎重起见，他先后七次前往勘察。当时，梅貽琦已经67岁。梅贻琦一如既往地在海内外高薪聘请高水准的学者、教授，学校的师资力量一直保持在一个较高的水平。
诺贝尔化学奖的获得者李远哲，就是在这里取得硕士学位的。梅贻琦在世的时候，一直不愿意把新竹原子科学研究所改名为新竹清华大学。梅貽琦经常说真正的清华在北平。”
1962年2月，梅贻琦被选为台湾“中央研究院”院士：4月29日，梅贻琦在病榻上发表他对清华校友的最后一次演讲：5月19曰，梅贻琦离世，享年73岁：
住院的那段时间里，病床下一直放着一个加锁的手提包，没有人知道里面装的是什么，也不方便问。梅贻琦先生逝世后，秘书立即把手提包加封，后来组织专门人员启封，方才发现，里面装的都是清华在美国基金的所有账目，一笔笔钱款记得清清楚楚。梅贻清死后，他的遗体被安葬在新竹的清华校园里。
当时，有人议论纷纷，不应把校园作为墓地之用。这些议论并没有动摇治丧委员会的最后决定。治丧委员会说我们经过慎重考虑，决定把校园一个山坡的一片相思林，划作老校长的墓园。我们认为，梅校长和清华大学的关系，不是任何一个普通人能够比拟的。其他学校的校长，不能把校园当做墓地，除了梅校长，他是清华的终身校长，早已经和清华融为一体。”
梅贻琦被称为清华“永远的校长”，正是因为梅贻琦的贡献，新竹清华大学才跻身世界一流水平大学。作为一个教育家，梅贻琦生平寡言少语，内心坚忍，初次相识时，并没有多少感染力，看上去没有太鲜明的性格。正是他坚毅、隐忍的性格和办事公正的品德，赢得整个清华师生的深深敬佩。
梅贻琦和胡适、蒋梦麟是同龄人，与他们相比，他的人生经历显然少了很多传奇色彩。正是他的简单、专注，让他成为一个成功的、纯粹的教育家。他不去刻意追求自己的名誉地位，很少参与经济、政治，他把自己的一生都投入到做好清华大学校长这件事上，直到生命的最后一刻，这才是他最伟大的地方。
可以说，梅贻琦代表“一个时代的斯文”。而今，他所在的墓地“梅园”，早已繁花成林，成为校园最美丽的景色。梅贻琦先生对清华的热爱，不是任何事物可以阻断的。他为清华大学所题的校训“自强不息，厚德载物”，至今依然镶嵌在清华大学的门前。
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