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 人体生命的两套生命体系，决定了人体生命的两套生理系统。
（一）脏腑与藏府
1.父母遗传下来的有形实体称为脏腑，即五脏六腑。如：
（1）心
“心主血脉”（包括心、血、脉）就是有形解剖生命体的生理功能。
心主营血，而小肠则是产生营血的器官。如《灵枢·营卫生会》说：“中焦亦并胃中，出上焦之后，此所受气者，泌糟粕，蒸津液，化其精微，上注于肺脉乃化而为血，以奉生身，莫贵于此。”又说：“血者，神气也。”《灵枢·决气》说：“中焦受气，取汁变化而赤，是谓血。”《灵枢·平人绝谷》说：“神者，水谷之精气也。”说明营血来源于水谷，而这个消化吸收的功能就在小肠，如《素问·灵兰秘典论》说：“小肠者，受盛之官，化物出焉。”所谓“化物”，就是消化水谷，泌别清浊的功能。浊气由大小便排出，清精之物则由小肠吸收，经门静脉进入血脉中。故曰心与小肠为表里。进入血脉中的水谷精微有五味，而舌辨五味，故曰心开窍于舌。
（2）肺
肺主气司呼吸、肺朝百脉是肺解剖生命体的生理功能。
如《灵枢·五味》说：“其大气之抟而不行者，积于胸中，命曰气海，出于肺……故呼则出，吸则入。”《灵枢·天年》说：“呼吸微徐，气以度行。”《灵枢·动输》说：“胃为五藏六府之海，其清气上注于肺，肺气从太阴而行之，其行也，以息往来。”《灵枢·五十营》说：“故人一呼脉再动，气行三寸，一吸脉亦再动，气行三寸，呼吸定息，脉行六寸……”
（3）脾
脾主运化、统血是脾解剖生命体的生理功能。
《素问·六节藏象论》说：“脾胃大肠小肠三焦膀胱者，仓廪之本（按《荀子·富国篇》杨倞注：“谷藏曰仓，米藏曰廪。”），营之居也，名曰器，能化糟粕，转味而入出者也，其华在唇四白，其充在肌，其味甘，其色黄，此至阴之类，通于土气。”又说：“五味入口，藏于肠胃。”《素问·经脉别论》说：“食入于胃，散精于肝，淫气于筋（按：即由小肠经门静脉入肝。）；食气入胃，浊气归心（按：由肝入心。），淫精于脉，脉气流经，经气归于肺，肺朝百脉，输精于皮毛（按：入肝心之静脉血，变成肺动脉血，与吸入的天气化合变为动脉血而运输到全身。）。毛脉合精，行气于府（《素问·脉要精微论》说：“夫脉者，血之府也。”），府精神明，留于四藏，气归于权衡，权衡以平，气口成寸，以决死生。饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱；水精四布，五经并行，合于四时五藏阴阳，揆度以为常也。”《素问·玉机真藏论》说：“脾为孤藏，中央土，以灌四傍。”《素问·太阴阳明论》说：“四肢皆禀气于胃，而不得至经，必因于脾，乃得禀也。”这就是古人通过解剖认识到的脾主化主运作用。而水谷化生营血，故曰脾统血，谓生营血之源也。饮食由口而入，故曰脾窍为口。《素问·太阴阳明论》说：“脾与胃以膜相连耳，而能为之行其津液。”这是从解剖上说明脾胃藏府表里的关系。《内经》之后的医家对此也有发挥，如华佗《中藏经》说：“脾者，土也，消磨五谷寄在其中。”王叔和《脉经》说：“脾磨谷能消食，荣身，性本温。”明代章潢《图书编·脾藏说》：“脾之于胃为转磨也；化其生而归熟也；食不消脾不磨也。”
（4）肝
“肝藏血”“藏魂”的理论发生于解剖学。
《灵枢·本神》说：“肝藏血，血舍魂。”由小肠吸收来的营血物质经门静脉首先进入肝藏储藏起来。恽铁樵《生理新语》说：“惟肝含血管最富，故取生物之肝剖之，几乎全肝皆血……故肝为藏血之脏器。”《难经·四十二难》说：“胆在肝之短叶间。”故曰肝胆藏府表里相连。从生理来说肝胆是相合的，如《灵枢·本输》说：“肝合胆。”《素问·奇病论》说：“夫肝者，中之将也，取决于胆。”《灵枢·天年》说：“五十岁，肝气始衰，肝叶始薄，胆汁始灭。”从病理来说肝胆也是相合的，如《素问·痿论》说：“肝气热，则胆泄口苦。”《素问·藏气法时论》说：“肝病者，两胁下痛引少腹，令人善怒，虚则目无所见，耳无所闻，善恐如人将捕之。”《灵枢·邪气藏府病形》说：“胆病者，善太息……心下澹澹恐人将捕之。”
（5）肾
“肾合膀胱”“肾主水”说源于父母遗传生命体。
从解剖学来说，肾与膀胱有输尿管相连，故曰“肾合膀胱”。《素问·灵兰秘典论》说：“膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。”《素问·标本病传论》说：“膀胱病，小便闭。”《素问·脉要精微论》说：“水泉不止者，是膀胱不藏也。”《素问·宣明五气》说：“膀胱不利为癃，不约为遗溺。”《灵枢·五味论》说：“膀胱之胞薄以懦，得酸则缩绻，约而不通，水道不行，故癃。”《灵枢·本输》说：“肾合膀胱，膀胱者，津液之府也。”《灵枢·刺节真邪》说：“茎垂者，身中之机……津液之道也。”都说明膀胱是藏水液的。《灵枢·本输》和《灵枢·本藏》都说“肾合膀胱”，故曰“肾主水”。中医所说的肾，不是西医解剖的肾，是一个系统，将睾丸归属于肾，故曰“肾主精”。肾精是生命体的遗传物质，所以《灵枢·本神》说：“生之来，谓之精。”《灵枢·经脉》说：“人始生，先成精。”《素问·上古天真论》说：“丈夫……二八……精气溢泻。”又说“精气溢泻”“阴阳和”，“故能有子”。说明肾主生命体的生长、发育。
2.自然遗传下来的无形虚体称为藏府，即神魂魄意志，上应五运六气。如：
（1）心
“心主神明”就是无形生命体的生理功能。自然界太阳主神明，人心主神明。所谓在天为玄，玄生神是也。
（2）肺
肺主“宣发肃降”、“通调水道”、“主治节”、“藏魄”是肺无形生命体的生理功能。
《内经》认为，肺为天而通天气，谓“天食人以五气”。《素问·阴阳应象大论》说：“天气通于肺。”天气下降，故曰肺主“肃降”。天气充斥宇宙而散发，故曰肺主“宣发”。肺和皮都有呼吸功能，呼则出，吸则入，呼吸出入就有宣发功能。气含水分，气寒则凝聚为水，气热则水化为气，故曰肺主“通调水道”。对于“肺主治节”，李如辉的解释最好，他从“呼吸节律”、“心搏节律及呼吸频率/脉搏（心率）的比例”、“卫气节律和寤寐节律”三个方面作了阐发，是“以上生理节律的调控，构成了肺主治节的生理内容”。我们还认为，“肺主治节”的关键是“肺主气司呼吸”所致，气是人体的动能，是生命体的动力，此动力的大小与是否均匀，能直接影响到人体生命的各种生理节律。因为肺和皮、鼻都主呼吸，故曰肺主皮、开窍于鼻。大肠放屁排气，故曰肺与大肠相表里。总之，都与气又关系。
（3）脾
脾主升、藏意是脾无形生命的生理功能。
《素问·六节藏象论》说：“地食人以五味。”天气下降，地气上升，脾为地，故曰脾主升清。《素问·六微旨大论》说：“升已而降，降者谓天；降已而升，升者谓地。天气下降，气流于地；地气上升，气腾于天。”脾为什么能升清？因为天气下降也，天气不降，地气不升，所以脾主升是有条件的，是被动的。关于脾藏意，注家多从记忆、注意、意度、思维、推测等方面注释，也有欠妥。意，《说文》说“从心，从音。”徐锴作“从心，音声”。意是心音，那么心音是什么呢？《素问·灵兰秘典论》说：“心者，君主之官，神明出焉。”《素问·六节藏象论》说：“心者，生之本，神之变也。”《灵枢·邪客》说：“心者，五藏六府之大主也，精神之所舍也。”原来心音反映的是神气。为什么脾意能反映出神气呢？因为脾统血，营血来源于脾胃，“血者，神气也”，“神者，水谷之精气也”。这才是脾藏意的本意。所以佛家六根说以意根终总，气功以意为宗。
（4）肝
“肝主疏泄”的理论则发生于自然遗传生命体的生理系统。如：
《素问·五常政大论》说：“敷和之纪，木德周行，阳舒阴布，五化宣平，其气端，其性随，其用曲直，其化生荣，其类草木，其政发散，其候温和，其令风，其藏肝……其应春……其数八。
发生之纪，是谓启。土疏泄，苍气达，阳和布化，阴气乃随，生气淳化，万物以荣。其化生，其气美，其政散，其令条舒……”
《素问·气交变大论》说：“春有鸣条律畅之化。”
《素问·四气调神大论》说：“春三月，此谓发陈，天地俱生，万物以荣。”
王冰注：“，古陈字。”张景岳注：“启，开也；，布也。布散阳和，发生万物之象也。”《内经》据此建立了春——木——风——肝的对应式构思。这一构思在其它古籍也有记载，如《尚书·洪范》曰：“木曰曲直。”《礼记·月令》说：“孟春之月……其器疏以达……盛德在木。”“‘曲直’……引申为……条达、舒畅……”。“‘条达’即木之枝条舒张、伸展、畅达姿态的摹写。”所以李如辉先生说：疏泄，即“通畅”、“和畅”、“舒畅”之谓，“执木之特性便可推衍出肝主‘疏泄’的结论。”肝胆合气，内寄少阳相火，乃人身之一轮红日，故胆募穴名日月。经曰“目为日”，故曰肝开窍于目。
（5）肾
《素问·六节藏象论》提出“肾主蛰”的观点，即来源于自然遗传生命系统。如《素问·六节藏象论》说“肾者主蛰……通于冬气”，即是从藏气法时来论述的。肾应冬，而冬日“蛰虫周密”（《素问·脉要精微论》），天人一理，类比推理，故曰“肾者主蛰”。蛰是指自然界昆虫、兽类的冬眠现象，寓潜藏、封藏、闭藏等义。那么其潜藏的实质是什么呢？《周易》乾卦卦爻辞为我们作了回答，曰“初九：潜龙勿用。”为什么不用呢？《象传》说“阳在下也”，原来是指阳气的潜藏。并由此推导出“肾主纳气”的作用。
（二）两套阴阳体系
1. 胸背为阳，腹为阴
《素问·金匱真言论》说：“背为阳，阳中之阳，心也；背为阳，阳中之阴，肺也。腹为阴，阴中之阴，肾也；腹为阴，阴中之阳，肝也；腹为阴，阴中之至阴，脾也。”
《灵枢·九针十二原》：说
“阳中之少阴，肺也……阳中之太阳，心也……阴中之少阳，肝也……阴中之至阴，脾也……阴中之太阴，肾也。”
《灵枢·阴阳系日月》说：“其于五脏也，心为阳中之太阳，肺为阴（当为阳字）中之少阴，肝为阴中之少阳，脾为阴中之至阴，肾为阴中之太阴。”
手少阴心经，手太阳小肠经。手太阴肺经，手阳明大肠经。手厥阴心包经，手少阳三焦经。足太阴脾经，足阳明胃经。足厥阴肝经，足少阳胆经。足少阴肾经，足太阳膀胱经。即手三阴三阳经和足三阴三阳经。
这是以解剖为主的胸背和腹分阴阳。
2. 春夏为阳，秋冬为阴
《素问·四气调神大论》说：“逆春气则少阳不生，肝气内变。逆夏气则太阳不长，心气内洞。逆秋气则太阴不收，肺气焦满。逆冬气则少阴不藏，肾气独沉。”
《素问·六节藏象论》说：“心……为阳中之太阳，通于夏气。肺……为阳（当为阴字）中之太阴，通于秋气。肾……为阴中之少阴，通于冬气。肝……为阳中之少阳，通于春气。脾、胃、大肠、小肠、三焦、膀胱……此至阴之类，通于土气。”
太阳之上，寒气主之；阳明之上，燥气主之；少阳之上，火气主之；太阴之上，湿气主之；少阴之上，热气主之；厥阴之上，风气主之。即五运六气学说中的三阴三阳，不分手足。
这是以自然为主的春夏秋冬分阴阳。阴阳之征兆在水火，以水火释之更清楚。春为温火，故为少阳；夏为热火，故为太阳；长夏、初秋为雨季，故为太阴；冬为旱季，故为少阴。
《伤寒论》中的三阴三阳即属于此类，不能用手足三阴三阳解释。
（三）两套五行体系
1.五方五行
《素问·藏气法时论》说：“肝主春……其日甲乙……心主夏……其日丙丁……脾主长夏……其日戊己……肺主秋……其日庚辛……肾主冬……其日壬癸……”《灵枢·顺气一日分为四时》说：“肝……其日甲乙；心……其日丙丁；脾……其日戊己；肺……其日庚辛；肾……其日壬癸。”如此则甲乙为肝木，丙丁为心火，戊己为脾土，庚辛为肺金，壬癸为肾水。
对十二支来说，寅卯为木，巳午为火，申酉为金，亥子为水，辰戌丑未为土。
2.运气五行
《素问·五运行大论》说：“土主甲己，金主乙庚，水主丙辛，木主丁壬，火主戊癸。”《素问·天元纪大论》说：“甲己之岁，土运统之；乙庚之岁，金运统之；丙辛之岁，水运统之；丁壬之岁，木运统之；戊癸之岁，火运统之。”
又说：“子午之岁，上见少阴；丑未之岁，上见太阴；寅申之岁，上见少阳；卯酉之岁，上见阳明；辰戌之岁，上见太阳；巳亥之岁，上见厥阴。……厥阴之上，风气主之；少阴之上，热气主之；太阴之上，湿气主之；少阳之上，相火主之；阳明之上，燥气主之；太阳之上，寒气主之。”这就是说，甲己为土，乙庚为金，丙辛为水，丁壬为木，戊癸为火；子午为火，丑未为土，寅申为火，卯酉为金，辰戌为水，巳亥为木。
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