继承创新，服务人类健康是中医药学科建设的目标。继承是基础，创新是归宿，为此应积极倡导敢于求真求异的精神。1983年我作为中华全国中医学会内科学会的副主委兼秘书长，在老一辈中医学临床家的支持下，选定中医药防治中风病作为攻关的领域，组建了以中壮年中医为主体的团队，首先提出为了宏扬中医临床医学优势需要有批判地继承，依据临床表现与病理解剖特征将中医内中风病定位在脑血管病范围，进而分类为出血性中风与缺血性中风；相当颈内动脉系统的真中风与类似椎基底动脉系统的类中风。重视临床疗效评价的方法学研究，制定与推广辨证量表，首次引进医学计量学探索能被国内外与中西医均认可、能推广、立得住的疗效评价方法。在全国中风病学组与攻关协作组建树起中医中药的生命力在于疗效的理念。我们先从中风急症的救治方案的疗效观察做起，进而拓展到恢复期的治疗与后遗症期的康复。为了针对中风病发病年龄提前的情况，对预防做了系统研究、前瞻性设计，实施了中风病先兆症的现场防治方案。进入“九五”计划，将中风病后血管性痴呆作为攻关项目，目前已延伸到中风后抑郁症的研究。我参与了清开灵注射液早期研制工作，主持了救治中风急重症的临床疗效观察；针对中风病急性期始发态的痰热腑实证，总结了证候演变的规律，推广了星蒌承气汤化裁的化痰通腑的运用，提高了防治水平。我们还承担了WHO合作项目“脑血管病中医康复研究” ，在国内外推广起到了重要的学术影响。
1999年我承担了国家重大基础研究发展规划项目“方剂关键科学问题的基础研究”，被科技部聘为项目首席科学家。晚近由化学家提出新世纪将是复方治病的时代，而我国早在公元二世纪医圣张仲景就集方剂研究之大成，他还是辨证论治体系的奠基人。中医治病历来运用方剂，在药性理论基础上的方剂配合是凝练的科学问题，具有原创的优势，引领着国内外复方配伍的科学研究。面对老问题求新解，我提出的假说是“方剂的潜能蕴藏于整合之中，不同饮片、不同组分、不同化合物的不同配伍具有不同的效应，诠释多组分与多靶位的相关性，针对全息病证，融合对抗、补充、调节于一体，发挥增效减毒与减毒增效的和谐效应” 。整合应包括药效物质与生物效应的整合，药物实体与表征信息的整合，药物功效与人体机能的整合。通过科学实验的支撑，构建了现代中药组分配伍的新模式，明确了组分配伍的概念，中国科学院还成立了中医药组分药物研究中心。项目于2004年通过验收，研制出多种现代中成药，现已发表论文600余篇，专家总体评价该项目极大地提高了中医药在国内外的学术地位，已获得国家科技进步二等奖2项，省市级一等奖5项，后续的成果将逐步显示出项目的水平。作为项目首席，我最大的收获是带出来一支以中医药学科为主体的多学科交叉融合的创新团队；还有生命科学研究，模式生物的方法虽不可或缺，然而中医药科研课题需要系统论指导下的还原分析，否则海量的实验数据缺乏非线性的分析方法，难以得出有意义的结果。
推进中医药标准化与规范化是学科建设的重要内容，是中医药学顺应当今国家社会需求，实施现代化与国际化的关键问题，同时是学科成熟度的标志。自1983年以来先后主持制定了《中医病案书写规范》、《中医病证诊断与疗效评定标准》；2001年组建了全国科技名词委中医药学分委员会，主持起草了中医学基本名词，现已颁布。还承担了“中药材标准与相关临床疗效评价标准”的课题研究工作。技术标准、术语规范的建设需要全行业的参与，并且不是一蹴而就的事，需要通过实施以后不断搜集反馈信息，逐步完善与推广。虽然医学的“标准、规范、指南”对医师与管理者是参照采用，然而其具有的权威性与约束力是不容置疑的。晚近20余年在标准化规范化建设方面我总结了一条经验，那就是“权威性寓于普遍性之中”，只有起草者与管理者尊重广大医务工作者，虚心听取各方面的意见与建议，不断完善，才能发挥技术标准的作用，提高学科与行业的社会效益。
我辞去院长职务后，总结与发表了学科建设三要素等文章，指出新世纪学科建设已呈现出大学科、广兼容的发展趋势，突出了前沿学科的辐射作用，并逐步形成多学科的渗透交融，体现了宏观与微观的结合，综合与分析的结合，实体本体论与关系本体论的结合，推动了科技第一生产力的进步，以适应经济建设的重大需求。近年我国高校扩大了招生规模，亟待提高教学质量，加强学科建设则是重中之重的事情。就是以承担国家科研任务为主的科研院所，今天面对体制改革，同样需要明确学科建设目标，稳定研究方向，靠自身培养优秀的高层次复合型学术带头人。因此高等院校、科研院所、公益性医疗中心想要进入良性循环，求得稳步发展，都必须紧紧抓住学科建设，而发展目标、研究方向与人才梯队是学科建设的三要素。多年来科研以项目运作为主要模式，强调出成果，而对人才的系统培养只靠项目带动是不够的，只有重视学科人才梯队的建设，才能真正克服急功近利，应该倡导学科带头人、学术骨干的培养与项目运作相结合，注重长远的效应。
