一般认为是不易被消化的食物成分，通过选择性的刺激一种或几种细菌的生长与活性，促进有益细菌生长繁殖。大家所熟悉的双歧因子就是促进肠内双歧杆菌生长的益生元。目前普遍认为，无论是益生菌还是益生元，其除了具有调节肠道菌群，改善胃肠道症状外，还能用于治疗包括特应性皮炎、乳糖不耐受症、细菌性阴道病、幽门螺杆菌感染相关性消化性溃疡等其他疾病。
2011 年美国胃肠病（ACG）学会年度科学会议和研究生课程上的一个新闻简报强调：越来越多的证据表明服用益生菌，能减轻常见的胃肠道症状，如腹泻、胃胀和炎症。
早期的研究及 Meta 分析中也提到：当服用足够量的益生菌时，会给健康带来益处。且服用益生菌不但可以降低肠道感染风险，对避免艰难梭菌感染可能也有益。
2012 年，两篇 Meta 分析发表在了 JAMA 和 Aliment Pharmacol Ther 上，均得出结论：益生菌可以降低抗生素相关腹泻（AAD）的发生率。将益生菌的使用推向了新的高峰。
然而当我们停下来对相关研究进行仔细斟酌，其实不难发现，其中各个研究的样本量均相对较小。更进一步说，这些研究中存在着惊人的异质性。因此将这些研究总结综合到一起的 Meta 分析至少会出现研究对象的选择偏倚。这些试验如要代表更多的人群？可能需要大样本的前瞻性研究来证实。
在 2013 年的 The Lancet 杂志上，一项来自英国、由威尔士和英格兰东北部组织的 PLACIDE 研究对此进行了说明。该研究共纳入了超过 1.7 万例的 65 岁以上接受抗生素治疗的患者。研究分为空白对照组及运用乳酸杆菌和双歧杆菌两种最常见微生物制剂的试验组。
结果发现：两组组间的艰难梭菌感染或抗生素相关性腹泻的发生率并没有显著差异。然而，令人惊讶的是，试验组肠胀气的发生率增加，其中艰难梭菌感染性腹泻接受益生菌治疗的患者，胀气报告数增加了 3 倍。计算得到伤害系数为 2.5。
另外，荷兰乌得勒支大学医学中心研究者于 2008 年在 The Lancet 杂志上报道了益生菌可能会引起重症急性胰腺炎患者的肠道致命性局部缺血危险。 JAMA 杂志于 2014 年 11 月也发表了一篇文章认为，益生菌并不能随便服用，且不应抗生素同时使用。
看到这里，我们不禁会感到迷茫，究竟益生菌治疗该如何把控？
来自弗吉尼亚州诺福克东佛吉尼亚医学院胃肠病科主任、医学教授 David Johnson 曾做客 Medscape 胃肠病学频道，就益生菌的使用问题进行了详细解说，他认为随着非处方药品越来越容易获得，目前益生菌的使用已过于普及。当患者在使用抗菌药物时，医生甚至常规推荐使用益生菌以预防抗生素相关的腹泻。他建议对这些做法喊停，并重新反思我们对这些患者做的处置。
并认为虽然有部分临床试验表明，益生菌可能对一些胃肠疾病有益，而对大多数健康人来说，益生菌也益处良多，但是对某些高度免疫抑制或危重症患者而言，益生菌的使用则需慎重。
既往有患者因使用某种益生菌导致感染性并发症，如干酪乳杆菌引发脓毒症、布拉酵母菌导致真菌血症、鼠李糖乳杆菌 GG 导致的肝脓肿的报道，这些病例均发生在高度免疫抑制和或危重症患者中，尤其是那些体内留置血管导管的患者。
Johnson 教授认为，益生菌可能改变微生物菌群，造成生态失调并打破正常肠道微生物菌群，且新的研究证实无益，反而可能造成伤害，而医疗的首要原则是避免伤害。故对运用抗生素的患者，建议先将益生菌放在可能有害的位置，慎重考虑，而不要急于去推荐甚至是常规使用。
故益生菌虽具有吸引力，但并不是对所有的患者都必要，而「好」菌也要好好利用才能发挥好的疗效。
从何处获得益生菌？
除了酸奶以外，也可以从膳食补充剂中获得益生菌，如片剂、粉末，栓剂和乳膏。
“活菌”等同于益生菌吗？
简而言之：不是。美国国家酸奶协会定义出这样一个术语“活性益生菌”。用这个术语来定义包含在生物体内的保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌。这些菌群在发酵过程中加入到酸奶中，给酸奶提供“健康的特性”。除了这些“健康的特性”外，仅对酸奶贴上“活性益生菌”的标签还不足以满足定义益生菌的需要。这是因为，酸奶里的活性微生物的数量可能不足以提供给消费者健康的益处。
人体内已经具有“益生菌”了吗？
人体内确实已经还有“有益”菌群。实际上，我们人体内绝大多数的细菌是没有害的。由于健康成年人体内的微生物含量被认为比人体本身细胞含量高出许多（估计微生物：人体细胞为 10:1），由此可见人体内不仅含有“有益”细菌，而且含量很多。明确的说，我们肠道中有超过 100 万亿的细菌。但是他们的重量仅为 3 磅多（约 1.5kg）。
食用益生菌酸奶有何益处呢？
已提出的使用益生菌的一些潜在益处如下：
治疗腹泻 - 由于感染和使用抗生素引起腹泻
减少肠道易激综合症和炎症性肠病，如克罗恩病和溃疡性结肠炎的症状
- 降低乳糖不耐受性
- 降低特定癌症风险，特别是结肠癌
- 降低一些过敏症状
- 降低胆固醇水平
- 降血压
- 降低肠道感染风险
- 治疗口腔健康状况例如齿龈炎和牙周炎，防治龋齿和预防感冒
- 预防过敏性湿疹, 也称为过敏性皮炎
- 治疗和预防肝性脑病
- 治疗阴道感染和念珠菌病和尿路感染
- 治疗便秘
- 治疗风湿性关节炎
除了益生菌这些潜在的益处外，需要深入研究为这些方面的适用提供强有力的支持性科学证据。此外，已经完成的研究中，很少是在人体中进行。绝大部分的益生菌研究都是在动物模型中进行的。健康部门称益生菌目前还未被美国食品药品监督管理局批准（FDA）。
益生菌是如何在胃的强酸性环境中生存的？
胃的 pH 值往往在 1.8 和 3.5 之间，也就是说是强酸性环境。胃的强酸性会破坏随食物进入胃中的细菌。如果胃酸能杀死细菌，那有益菌或益生菌是如何生存的呢？益生菌是否可以在胃中强酸的环境下生存可能取决于他们所包含的细菌种类。一些细菌本身就可以在胃中生存。因此特定种类的细菌可能再强酸的环境下生存。
已经对一些益生菌中的细菌种类和它们是否可以再胃中生存的问题进行了关注。在日本，有许多基于芽孢细菌的益生菌。这是因为芽孢可能能够在胃中生存，直到到达弱酸性环境的小肠。也有观点认为奶制品，如酸奶，可能稀释胃酸，使得细菌存活。
益生菌酸奶的需求是因人而异吗?
尽管目前对益生菌的潜在益处有很多质疑，但有一些科学依据显示，益生菌酸奶对抗菌药相关性腹泻（AAD）的人群有益。AAD 是使用抗生素所引发的腹泻。认为使用抗生素的 1/3 患者都会发生该不良反应。ADD 的症状可以从轻度到重度。一篇发表于美国医学会杂志（JAMA）上的文章里说道，益生菌可以减少 ADD 的发生。然而本研究的作者却是表明需要更进一步的研究来证实。
哪种益生菌对这种情况最有效？
益生菌对哪种类型的 AAD 患者有效，以及这些患者使用的是哪种抗生素？这个研究表明是否需要益生菌取决于人所处的环境。对于已发生 AAD 的患者，还是可以尝试食用益生菌。然后，还是需要明确的进一步研究确定需要哪种特定的益生菌和哪些人需要尝试。
益生菌安全吗？
益生菌很少引发严重的不良反应；然而，需要关注某种特定益生菌的摄取对免疫抑制患者的影响。也建议对不同种类的益生菌的安全问题和管理方法应该单独考虑。根据加利福尼亚的 Berkeley 博士的观点，以下特定的益生菌被认为是安全的，因为他们通常是健康的：
- 乳酸菌
- 双歧杆菌
- 酿酒酵母
此外，幼儿，年长者以及有免疫系统较差的患者，在使用益生菌前最好向医疗人员咨询。
