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混元整体理论认为，一个实体物，是其混元气的凝聚态。实体物内部，兼容着无形的混元气，其周围，还环绕着弥散的混元气。实体物内部的混元气密度最大，离实体物越远，混元气密度越低。
物质运动的基本规律是：物质总是趋向于从密度高的位置向密度低的位置运动。由于细胞内的混元气的密度高于细胞周围弥散的混元气的密度，细胞内的混元气就总是趋向于向外扩散，以至于细胞内的物质也趋向于向外运动。这是我们外向性意识的物质基础，也是细胞最终死亡的微观因素。
人是精气神统一的整体。精气神是人体混元气的不同表现形式，在人体的不同部位形成了不同的聚拢点，从而使得人体的生命功能可以更好更完整的表现出来。
一、意元体的形成
混元整体理论认为，当脑神经细胞密度达到一定程度后，脑神经细胞的混元气彼此交融混化，形成一个均匀的整体。这个整体除具有混元气的一般特性外，还具有主动性和反映性，是宇宙演化发展到人体混元气阶段后的混元气的最高层次。
当脑神经细胞密度达到什么程度，才能使脑神经细胞的混元气形成一个均匀的整体呢？人类应该不是脑神经细胞密度最大的动物，也不是脑容量、脑重量最大的动物，那为什么脑神经细胞密度、脑容量、脑重量最大的动物不能形成意元体，反而偏偏是人类形成了意元体呢？
脑神经细胞周围弥散的混元气彼此交融混化，当脑神经细胞密度达到一定程度后，还是容易形成一个均匀的整体的。但这种脑神经细胞之外均匀的混元气的整体，与脑神经细胞内的混元气的均匀度还不等同或不同步。因而当脑神经细胞的混元气的整体即脑元体与脑神经细胞兼容时，脑元体并不是均匀的。
于是就可以得出结论：只有当脑神经细胞周围弥散的混元气彼此交融混化形成的整体的均匀度，与脑神经细胞内的混元气的均匀度一致时，才能形成意元体。当脑神经细胞周围弥散的混元气的密度与脑神经细胞内的混元气的密度一致时，就出现了一个均匀的整体，我们称之为意元体。这时生命物质第一次出现了不因密度的高低而引发的运动。而密度的均匀，也使得细胞外的混元气有了向细胞内运动的物质基础，我们内向性运用意识也有了可能。
人体细胞的遗传基因都是一样的。意元体能兼容脑神经细胞，能任意穿透脑神经细胞，也就可以穿透周身的任一细胞。意元体统帅及指挥生命运动也就有了可能。
从混元整体理论我们得知，意元体有接收信息，储存信息发放信息的功能，生命活动是意元体展现功能的手段和工具。
意元体的意识活动要依赖参照系，按照参照系生成的先后，或者说按照参照系的层次，可以分为运动感觉思维参照系，形象思维参照系，逻辑思维参照系，体察思维参照系，实像思维参照系。
二、经络的形成
那么，我们人体的经络是怎么形成的哪？
我们知道，我们人体是由不同功能的细胞堆积而成的。细胞的功能不同，细胞的混元气的表现形式就不同，但人体细胞的遗传基因都是一样的。因而不同的细胞的混元气在混化时，就有可能出现这么一个区域，这个区域是不同的细胞的功能的交集。也就是说这个区域是不同的细胞都拥有的功能的体现，这个区域的混元气和不同的细胞都能兼容，因而相对于其他区域的混元气来说，这个区域的混元气是均匀的。这个区域虽然是微小的，但在无数的人体细胞的共同作用下，这个区域又能连续延伸，这样就形成了经络。
相同功能的细胞组成了器官。器官的混元气相对于单体细胞的混元气，无疑要范围广大且密度高。器官的混元气之间交融混化时，也会产生功能的交集，形成一个和所有的器官都能兼容的混元气的区域。这个区域基本上独立于各个器官的位置之外，似乎是悬浮于身体之内，就是我们所称谓的“玄关窍”。以五脏六腑为主混化成的“玄关窍”我们称之为“混元窍”。
经络内的混元气相对来说是均匀的，因而就会呈现如下特点：
1、意识或信息在经络内传递近似于光速，起码比神经细胞的电脉冲传导、细胞间的触碰传导信息要快得多。
2、经络内的混元气和周围的不同的细胞都能兼容，其全息性会对周围的不同的细胞产生一定的影响。
3、由于人类生理结构的相似性，人们的经络系统基本相似。
我们练功，就是在增强细胞的运动规律，可以达到如下效果：
1、增加了细胞的混元气的密度，从而增加了经络内的混元气的均匀度。
2、加强了细胞堆积和排列的有序性，从而扩大了经络的区域范围。
意识在控制指挥生命运动时，由于经络内传递指令和信息比较快，也会强化意识对经络的认知。
由以上分析我们可知，在智能功里，经络属于躯体混元气的范畴。智能功并不以练经络为究竟。但在练智能功的过程中，也会有一些经络的效应。
我们由此可以设计个实验。找一个内脏器官错位的人，或说“镜像人”，来测试其经络系统。尤其是与五脏有关的经络，如果与我们常人的经络，或说与标准的经络图有较大的差异，那就说明我们上述理论的正确。
三、快感参照系
在全身细胞的混元气和经络内的混元气的共同作用下，也会出现功能的交集，这个区域称为下丹田。智能功认为在肚脐与命门之间，是躯体混元气的聚合点或集中点。
人在性成熟后，由于性激素的刺激，人的精气会集聚并下泄，从而使下丹田的位置向下移。位置下移的多少因人而异。
性激素的产生，刺激了生命力的生发，是人的发育达到成熟的标志。生发出的精气，是物质三要素质量、能量、信息最完备的混元气。可以转化成脏真混元气，可以营养意元体。但人类繁殖后代的本能，为人类的生理结构设计了一个下泄通道。并且，把下泄通道和人的快感中枢神经相连。使得人类的泄精成为一种愉快的运动，并强烈刺激中枢神经形成快感。用不了几次就会在意元体打下深刻的烙印，形成参照系.这个快感参照系可以为了满足人类追求快感的欲望，不断地促使精气集聚起来，泄出体外。
少年儿童的生命力是生发向上的，保障了少年儿童的成长发育。性成熟后，生命力生发达到了顶峰，丹田气也在自然状态下达到最充足的程度。这时人的生长发育就基本停止了，生发出的混元气就基本上用来供给生命活动以展现意元体的功能。具体来说，一是为了种族的延续而繁殖后代，也可以看作是意元体的自我复制。二是为了保障生命活动的物质供应而改造大自然，主要还是意识支配下的生命运动作用于自然界。
作用于自然界，意识便是外向的。而且，千百年来人类征服自然的实践，也使得人类进化出了更适宜作用于自然界的生理结构，反映在意元体内也更易于形成外向的参照系。意识的外向也带动了混元气的向外，躯体混元气便趋向于充斥体表和端梢，使得肌肉更强健，肢节更灵活，人类也就更易于改造自然。而躯体混元气的旺盛也促使躯体混元气的集中点——丹田气的充足。意识的外向便造就了一个规律，形成了一种联系，即：丹田气越充足，躯体混元气越趋于向外。
性成熟，不仅使得丹田的位置下移，也使得全身躯体混元气趋于向下，从智能功的角度看，躯体混元气的向下就形成了“下流”。我们可以把这种参照系称为“快感参照系”。在“快感参照系”的作用下，躯体混元气越趋于向外，丹田便越趋于向下；换一种说法，意识越趋于向外，躯体混元气的聚拢点越趋于向下。
从中可以看出：
1、生成的精气，并不一定非要下泄。
2、参照系在把精气下泄的同时，也把躯体混元气的重心向下牵引，使得下丹田的位置下移。
3、人的意识有主动性。精气生成不足时，意识会从身体的其它部位调动一些比较精华的混元气，如正在转化成脏真混元气或脑细胞混元气的混元气，强制性地聚集起来下泄以追求快感，极大地损耗了生命力。
躯体混元气充斥于体表和端梢，造成了筋强骨健，四肢发达，使人体有力量完成意识的指令，去征服自然改造自然。对外做功，是生命活动在完成意识活动的指令，是生命活动在展现意元体发放信息的功能。虽然消耗了混元气，但意识活动的内容得到了体现，意识表现出满足与愉悦感。对外做功也就是劳动，满足了意识的活动内容，也属于快感参照系的范围。但在私有的社会，劳动成了获取生存资料的手段，成为一种被迫与强制。意元体发放信息的自由自觉的灵明之性被劳动的异化所取代，人类也就难以从劳动中获得满足和享受。为了在激烈的竞争中放松精神，振作情绪，愈发依赖于性剌激与性快感。精气的生发，完全可以补充人体因作用于自然界而消耗的混元气。可精气的下泄，不仅形气失其所养，生命力也遭损害。
意元体接收到的信息，通过分析，归纳、鉴别、判断，储存在意元体内，也可以发放作用于外界。意元体的分析、归纳、鉴别，判断都要通过参照系进行，参照系的生成和运用都要使用和消耗能量，要耗用混元气。意元体生成的这类参照系我们称之为“思维参照系”。
思维参照系耗用的混元气，是脑神经细胞混元气，要靠躯体混元气补充和调养。由于人体生理的自然结构，大脑处于人体的最高端，躯体混元气从丹田去充养大脑时，就会形成混元气的“上流”。人类在构筑思维参照系的同时，也必然在同时构造着促使气机“上流”的参照系。或者说，“上流”参照系是思维参照系的一个组成部分。
社会生产力的发展，可以使得人类有一部分人专门从事信息的反映、表现、研究、鉴别，这部分人脱离了体力劳动，靠脑力劳动也可以生存和进步。脑力劳动比体力劳动消耗的混元气少，思维参照系和气的联系程度也要比快感参照系小。因而中国古代认为“上流”社会天生高贵。但如果“上流”社会也追求性刺激和性快感，在精气下泄的同时，却没有“下流”社会所具有的身强体健，“上流”社会的人也难免短命早衰。
从理论上认识清楚了，就可以冷静对待快感参照系的困惑。
一种是从生理上解决；从器官上去除快感参照系的作用手段，这就是我们常听说的自宫、去势。还有就是道家结小丹，将精气下泄的通道从生理结构上阻断。“马阴藏相”后性激素对性器官的刺激无效了，精气生发后只有向上，解除了快感参照系使精气聚而下泄的功能。
二是靠伦理戒律的约束；传统气功没有从理论上了解快感参照系的作用机制，但又切实感受到快感参照系对练功的影响，对生命的损耗，因而靠伦理戒律来约束人们性取向和性行为。也就是发挥意识的主动性，从道德的高度压制快感参照系，限制快感参照系的作用范围和频率，使精气的损失降至最低。
三是增加快感刺激点；如果只有性兴奋一个刺激点，无疑会强化意识对性兴奋的关注。如果我们在学习和培育思维参照系时，能有意识地把思维参照系和大脑的快感中枢相连，或者能使思维参照系指向快感中枢，就会分散意识对性兴奋的关注。而思维参照系是更全面地展现意元体功能的参照系，因而是高雅的情趣，高贵的追求。由思维参照系引发的愉悦满足感多了，对快感参照系的性兴奋的关注就少了。
四是智能气功科学所要建立的高尚参照系；常态智能与客观物质世界的相互作用，是思维参照系形成的基础。常态智能对客观世界的认知，取决于眼、耳、鼻、舌、身，严重依赖于物质的质量、能量因素；所形成的思维参照系必然是偏执的，感觉器官眼、耳、鼻、舌、身都处于人体的眉眼之下，思维参照系所引发的混元气“上流”也就不可能超越眉眼之上。具体来说，就是处于颅内九宫的下四宫明堂、洞房、丹田、流珠宫所在的水平面之下。
要用意识把混元气调到颅内九宫的下四宫的水平之上，具体来说应该调到上四宫天庭、极真、玄丹、太皇宫的水平面之上，就要通过习练智能气功，建立高尚参照系。高尚参照系，也有道德的要求在内。所谓尚，亦即上，就是要继承思维参照系向上的特性，继续向上，穿越下四宫所在的平面，上到上四宫所在平面之上。所谓高，就是高远，就是意识能到达无限高远的虚空。意识能够和虚空的混元气相混化了，就能够摆脱常态智能对物质的质量、能量因素的依赖，而以信息为主。也就能摆脱人体吸收混元气以物质的质量与能量为主，而逐步走向以吸收信息为主。人类对快感、享受的追求也就不以物质的刺激为主，而以混元气和信息的混化为主。这样就可以把快感参照系打破，或者以高尚参照系涵盖快感参照系，使得人类在自由自觉的道路上前进一步。
意识活动在和生命活动结合的过程中，或者说意识活动在统帅生命活动的过程中，会形成一些特别的参照系。但这些参照系并不是独立于意识思维参照系之外的，而是意识思维参照系的某些特性的显著化和突出化。快感参照系是运动感觉思维参照系和一部分形象思维参照系的综合，思维参照系是一部分形象思维参照系、逻辑思维参照系、一部分体察思维参照系的综合，高尚参照系是一部分体察思维参照系和实像思维参照系的综合。
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