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公元前1世纪，古罗马军队征服了希腊。古罗马人长期的四方征战促进了东西方文化交流的广泛进行，但是科学的发展却开始衰落。欧洲的科学发展开始从古希腊的巅峰下落。公元5世纪中叶到15世纪初这一时期，史称中世纪，它是欧洲的“黑暗时期”，也是欧洲文明的衰退时期。公元5世纪后半期，在内部奴隶起义和外部日尔曼部落的入侵下，罗马帝国灭亡了。西欧开始逐步向封建化的社会过渡。在过渡过程中，基督教得到了广泛的传播，其地位日益得到提高和巩固。随着基督教的扩张进程，一切异教的文化都被消灭了。整个西欧社会都处在严酷的思想和愚昧的政策统治下。在当时，除了教会的《教义问答》外，不允许任何异端思想的存在。圣经的词句开始具有了法律效力。封建领主土地所有制和自然经济相适应，结果造成了政治上的分裂和思想上的闭关自守，商品流通和文化交流都受到了严重的阻碍。曾经辉煌一时的古希腊知识，像德谟克利特、伊壁克鲁和阿基米德的学说都被丢弃了。哲学和科学沦为了神学的婢女。 到了11世纪，随着工艺和商业的扩大，欧洲开始出现了学术复兴的萌芽。这种萌芽是伴随着营造教堂和建立大学而开始的。11世纪末，为了掠夺东方的财富，西欧教俗两界的统治者发动了一场前后8次，历时近200年的侵略战争，即“十字军东征”。这场战争给西欧的底层人民带来了深重的灾难。但也促进了东西方文明的交流。许多用阿拉伯文保存下来的古希腊罗马著作以及东方的技术成就例如中国的四大发明等，都开始传入西欧，有利地促进了欧洲科学技术的提高。 在欧洲漫长的中世纪里，宗教与经院哲学统治着人们的思想，人类的探索精神被扼杀了： 391年，罗马皇帝下令禁止一切异教，禁止学习数学、天文学。 415年，女数学家、天文学家海帕西娅被烧死。教会还宣布数学是“魔鬼的艺术”，下令把数学家当作异教徒驱逐出境。 1220年，教皇洪诺留三世下令设立宗教裁判所。 1327年，阿斯科里认为地球是球形的，就被用火烧死。 1611年，一个主教说虹是水滴反光的结果，被开除教藉，死于狱中后，尸体还被砍碎。有人甚至因为说事物会变化，过去人们的生活同现在不同，也被割了舌头以后烧死。 15世纪西班牙宗教裁判官托尔奎马达一个人就判了一万多人火刑。在他几十年的一生中，平均每天都要烧死一个“异教徒”。 受过迫害的大科学家也是数不尽数：罗吉尔·培根、布鲁诺、达·芬奇、伽利略、开普勒，哥白尼因为担心教会的迫害，把《天体运行论》搁置了三十多年直到临终前才出版。 但是，事物总是不是那么绝对的，基督教有时有促进了科学的发展。现代科学的奠基者大部分是基督徒，有很大一部分甚至本身就是神职人员，如下文将提到的罗吉尔·培根、布鲁诺、哥白尼。而历史悠久的世界著名大学的前身都是天主教修道院或者新教神学院，这些学校培养了绝大部分的科学先驱。 古希腊文化在欧洲的重新传播，引起了教会的恐慌。教会在开始时对其中传播最为广泛的亚里士多德的学说进行禁止。但很快又改变了策略，他们开始抓住希腊人特别是亚里士多德学说中的消极因素加以歪曲和利用。其实，还在罗马帝国后期，就曾经出现过所谓的“教父哲学”，一种企图用哲学来论证基督教教义的“学问”。到了公元8至10世纪，教父哲学又发展成为经院哲学，它是以理论形式装扮起来的为统治阶级服务的官方哲学。经院哲学所进行的一切论证都以圣经的词句作为出发点和终极真理，根本无视经验和实践的存在，并对科学研究采取敌对的态度。教会对经院哲学进行了充分的加工和利用，意大利人托马斯·阿奎那（Thomas Aquinas，1225—1274）是这一工作的主要完成者。托马斯·阿奎那把自然知识和神学结合起来，制定了教会的信条。 托马斯·阿奎那 托马斯孩提时代曾在蒙特卡西诺修道院受了9年初等教育。身为伯爵的父亲一直希望他能成为修道院院长。14岁时，他进入那不勒斯大学，接触到大量的科学与哲学著作。5年以后，加入了天主教组织“多明我教团”，这成为他一生的重要转折。 1245年，托马斯前往巴黎，受教于亚里士多德主义者阿尔伯特。自1257年开始在巴黎大学教授神学，用10年时间专心从事教学和著作活动，并被罗马教廷任命为神学顾问与讲师。在他去世3年后，巴黎各神学大师谴责了219条命题，其中有12条是托马斯的观点。这是中世纪最严厉的谴责。托马斯在巴黎大学执教时，亚里士多德的学说已大量涌入，在教徒中引起的反响极为强烈。教会深感其著作的危险性，几次试图封锁这种与天主教正统信仰不相容的自然主义和理性主义哲学，禁止转录、阅读和保存。可托马斯并不害怕这种学说，他和老师阿尔伯特一起潜心研究亚里士多德的著作，他阉割了亚里士多德哲学中的唯物主义和辩证法，而将其中的唯心主义和形而上学体系加以全面系统地发挥，并将其纳入基督教的神学体系，使它成为天主教官方哲学的基础。 他成功地将基督教的神学思想和亚里士多德的哲学融合在一起，建立起了庞大的经院哲学体系。为了理想，他也是蛮拼的，他一生著有18部巨著，其中包括集基督教思想之大成的《神学大全》和《哲学大全》、《论存在和本质》、《论正统信仰和真理、异教徒议论大全》等。 托马斯的全部理论都是为天主教信条服务的。他明确提出哲学必须为神学服务，之后，又为上帝存在这一神学最高信条作了哲学的论证。认为应通过上帝的创造物来认识上帝的存在，利用亚里士多德哲学中的目的论的唯心主义思想推论出万物创造者的上帝的存在。 托马斯歪曲和利用亚里士多德关于形式和质料的学说，主张世界是上帝从虚无中创造出来的，断言世界的创造是有时间开端的；同时，上帝创造了一个等级制的宇宙系；最低层是大地及由水土火气四种元素构成的一切物质，之上是植物、动物和人，再上是天体，再之上就是整个世界所追求的最高目的──三位一体的上帝；还探讨了个别和一般的关系，认为存在于个别事物中的一般，并不是个别事物本身所固有的，而是寄居或隐藏在个别事物中的某种特殊实体。物体之间的不同特性，是由于潜入物体的这种隐秘的质所决定的。铜之所以为铜，是因为它里面潜藏着“铜”这种特殊实体，铜之所以能压延，是因为它里面潜藏着“压延性”这种隐秘的质。所以，有多少种物体的特性，就有多少种“隐秘的质”，那就不必深入研究事物内部结构和相互关系了。显然，这种学说严重妨碍科学的发展。 托马斯还力主教会的权力至高无上。认为如同神高于人，灵魂高于肉体一样，教会高于世俗的国家。教皇是基督的代理人，政权应由他掌握，国家必须服从教会，国王必须顺从教皇。他还极力维护封建君主的统治权力，认为君主制是最好的政治形式，并说，没有一个统治者控制和指导民众，社会就会解体。 托马斯从灵魂不死的观点出发，大力宣扬“来世幸福”，认为尘世生活的幸福并非最高幸福，最高幸福是对上帝的静观，从而使灵魂得救。这只有在来世、在彼岸世界才能做到，因而为争取现实生活的幸福而进行斗争就是恶就是犯罪，最大的犯罪行为是异端或异教行为。对一切异教徒均应活活烧死，“将他们从世界上消灭掉”。托马斯包罗万象的神学唯心主义体系产生后，很快成为西欧中世纪思想领域中占绝对统治地位的学说。教会在他生前就给予了他极大的支持和极高的声誉，称他为最光荣的“天使博士”。1323年教皇追封他为“圣徒”，1567年他又被命名为“教义师”，1879年教皇还正式宣布他的学说是“天主教会至今唯一真实的哲学”。 13世纪（1230年），基督教会成立了宗教裁判所，对各种新思想的传播都以“异端”的罪名进行残酷镇压。欧洲的文明黑暗仍在继续。
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