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实验万事屋作品 神师兄这几天居然经常出现在实验室了，好像是博士要开题了，比较焦急。小林子还是比较关心神师兄的，经常会问问看神师兄到底是啥课题，顺便学习学习。 剽窃可耻 神师兄：课题这种东西，不做实验我也能设计几个出来…… 实验万事屋作品 小林子：师兄，课题不做预实验的么？会不会太没有科学依据了啊…… 剽窃可耻 神师兄：笨，谁告诉你是一拍胸脯就编出来的啊？我的课题是这么来的……看你这么积极好学，我就随手给你设计一个课题出来看看吧。让你也见识见识啥叫“平地抠饼，对面拿贼”。 实验万事屋作品 Oncomine大家都已经熟悉了吧，之前你莫愁师姐教过你的吧！今天就用Oncomine来给你编一个肠癌的课题。 剽窃可耻 首先我们用Oncomine查找肿瘤mRNA表达的差异变化。 实验万事屋作品 实验万事屋作品
剽窃可耻 来，继续，我锁定两个转录因子试试看。先验证一下，看看是不是在肿瘤里有高表达。 实验万事屋作品 剽窃可耻 差异挺明显的不是么？接下去干啥？接下去当然先用Aceview看看这基因都是啥功能。 实验万事屋作品 剽窃可耻 TCFL5，名字是不是很熟，有点像TCF，呃，那是跟Wnt通路有关？其实关系不大，相关研究也较少。MLF1IP是什么，是一个结合MLF1基因的蛋白，而MLF1是个转录相关因子，有骨髓瘤报道说不定研究容易点，那我们就把题目定为《MLF1IP-MLF1基因在肠癌中的研究》吧。MLF1是否也在肠癌里高表达呢？证实了一下，的确如此。 实验万事屋作品 剽窃可耻 那下一步就是要把MLF1IP和MLF1扯上点明星分子，既然是个转录相关的基因，那就会有被调控的靶基因，而靶基因的表达情况肯定是和这个转录相关基因有连锁的…… 实验万事屋作品 剽窃可耻 那我们就分析一下co-expression。看看我们找到了啥？不错哟，好多周期蛋白嘛！好了，可以开始编课题了。 实验万事屋作品 1）首先，通过Microarray-Meta Analysis，我们筛选到与肠癌高度相关的MLF1IP及MLF1。于是设计免疫组化实验，验证基因是否在肠癌中高表达。 剽窃可耻 2）用慢病毒进行敲减肠癌细胞系MLF1IP或MLF1基因，进行体外表型验证。包括MTT、克隆形成、细胞周期检测（由于可能与周期蛋白相关故需格外注意该表型）。 实验万事屋作品 3）敲减后下游基因表达检测，由于是转录相关因子，故被敲减后下游靶基因的mRNA很可能出现变化。qPCR检测通过Microarray-MetaAnalysis筛选到的可能的下游靶基因，敲除MLF1IP基因或MLF1基因后下游基因的mRNA表达会出现较大变化，通过这项筛选，获得可能的靶基因范围。 剽窃可耻 4）Luciferace实验，把筛选出来的靶基因的Promotor区克隆下来，构建载体，与MLF1共转进行Lucifrace实验，看是否识别靶序列位点。或者设计CHIP实验，看是否能把靶基因的Promotor区拉下来也行。 实验万事屋作品 5）总结一下这个故事可能的结局：MLF1IP及MLF1在肠癌中高表达，通过靶向细胞周期相关蛋白高表达导致了肠癌的发生。 剽窃可耻 神师兄：看到了么？这个课题就这么给编出来了，定向地做点实验，成功的话，大该三分应该是可以到的。在Public Microarray-Meta Analysis的辅助基础上，故事成功的可能性就增大了。再挖挖说不定还能做点更深入的机制，鲁老板应该会喜欢这个课题的。 实验万事屋作品 小林子：给跪了！师兄，我越来越崇拜你了。 剽窃可耻 …华丽丽的分割线… 实验万事屋作品 实验万事屋作品 李莫愁博士：今天的小沈（你们的神师兄）讲的内容是干货呢！思路总结成技术路线就是这样的（上图）。 剽窃可耻 08年的时候，Oncomine刚刚火起来，就随便做一些meta分析，补点免疫组化的结果就能发五分，现在估计只能1分了（只有meta分析和一点免疫组化结果的话）……这样的通过Oncomine来进行设计课题的方法也很常见，也很实用。对于实验室经济状况窘迫做不了芯片的孩子而言，是一个不错的选择，今天的内容看懂了么？Oncomine的使用和用Oncomine科研的思路我就不再给大家重复了，回复“127”再看一遍吧……想看神师兄上次关于公共数据库meta分析的Seminar内容的话，就回复“177”就行了…… 实验万事屋作品 |
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