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开灯,SCI的文章到底要什么样高大上的机制研究?

 三毛99 2015-04-20

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实验万事屋作品

我叫林平之,是莫愁师姐的师弟。已经混了一年了,大家估计都在我的失败中学到了好多……

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事情是这样的,组会上我拿出了我一个来月的实验结果,真的是很振奋人心的好么?主要结果是这样的,我研究的是A基因。然后做了一下A基因的敲减,结果发现A基因敲减后,明星分子B表达也明显随之下降了。然后我又做了一下过表达,发现A基因过表达之后,明星分子B的表达也上升了。

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感觉已经可以发高端大气上凳次的文章了!做了辣么多,想想就能够发五分以上的文章了!感觉立马能在实验室扬眉吐气了有没有?当我奢华而又不是内涵地把结果在组会上讲出来的时候,鲁老板居然说要我来解释解释这其中的机制到底是啥?

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呃,这不就是机制么?A基因通过B基因调控了细胞的信号通路,感觉已经很完美了啊,为毛还要我讲机制啊……只能问师姐了。

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莫愁:小林啊,其实你组会上讲的内容呢,并不能算是完整的机制。所谓的机制,是相对于表型而言的。表型也就是所谓的可观察到的变化:比如细胞凋亡,细胞坏死,细胞迁移侵袭能力变化等等,这些,都可以算作为表型。但还有一种表型,被称为基因表达的表型。基因的表达,也能作为一种表型,但表达的变化和受调控的机制并不能从基因的表达中明确地显示出来。所以需要有更深入的机制研究来对其进行解释。

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举个例子,就像是这个灯,你把开关(A基因)按到ON(Over Expression),这个灯亮了(B基因表达上调)。再按到OFF(Knock Down),灯就灭了(B基因表达下调)。你得到的结果其实就是,这个开关(A基因),位于这个灯(明星分子B基因)的上游。最简单的结果是这样的:

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简单地来解释一下的话,就是,有可能A基因作为一个转录因子,它会直接调控B基因的表达。如果是这样的话,简单地设计一些ChIP或者Luciferase的实验,就可以证明了。

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但也不排除,电路图会是这样的(乱画的,请不要在意这些细节):

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解释的话,就是A基因可能根本不会入核,它只是能调控B基因的转录因子入核,来激活B基因的表达。那就要先通过免疫荧光或者原位杂交,看看A基因的表达位置。接着找出可能调控B基因的转录因子,来研究该转录因子与A基因的关系才能得到进一步机制的证明了。

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或者更复杂的上下游关系(好吧,我承认,我懒得画了,也不知道下面这个图是什么鬼):

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比如:A基因激活了B基因上游转录因子抑制物的泛素化,从而促进了转录因子入核,从而促进了B基因的表达上调。这样的话会更加复杂,需要通过设计一系列的蛋白互作的相关实验,才能得到相应的证明。大概就是下面这种节奏:

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这么看的话,你还觉得你已经研究了A基因和B基因表达相关性的深入机制了咩?

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小林子:呃……师姐,我去做实验了……

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…华丽丽的分割线…

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李莫愁博士:很多小盆友们,会觉得SCI的文章套路是下面这个刚子的:

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一直会有小盆友抱怨:为啥我做了辣么多实验,还是被拒了呢,为毛Review一直说我研究里木有机制呢?A基因和B基因之间的相关性,我这机制不是已经都明明白白地写了辣么多一堆了嘛!?我要发高分!我要高大上!

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其实这样的套路上,所谓的机制研究,并不仅仅在于初步的,对于基因表达相关性的探索上。其实并没有说明实质上的问题。如果讲基因B(挂钩的明星分子)与功能表型进行结合,并且与基因A(所研究的分子)的相关互作或者影响解释出来,才是真正的初步机制。就像是开灯关灯,你可以说某个基因是某明星分子的上游,或者通过某个明星的信号通路起到了作用。但实际上可能其中的相关性会更复杂,更深刻。

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单单从开关和灯泡明灭的关联性上,我们是无法去猜测其中的实质的,还是需要更深入地设计实验,去研究机制才行。好了,今天就策到这里了。要了解明星分子的话,就回复“228”,要理解信号通路的话,就回复“165”“203”“261”“332”看看吧。要了解SCI的简单思路的话,就回复“170”“191”“198”“274”“134”“149”看看吧……

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