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遗传密码又称密码子、遗传密码子、三联体密码，是指信使RNA(mRNA）分子上沿5'端到3'端方向，由起始密码子AUG开始，每三个核苷酸组成的三联体。它决定肽链上每一个氨基酸和各氨基酸的合成顺序，以及蛋白质合成的起始、延伸和终止。首个密码子是由美国科学家尼伦伯格于1961年完成。尼伦伯格在无细胞系统环境下，将一条只由尿嘧啶组成的RNA体外翻译成一条只有苯丙氨酸（Phe）组成的多肽，由此破译了首个密码子（UUU -> Phe），随后科学家科拉纳破译了其余的密码子。
下表列举了标准的密码子表，包含了64种密码子及其配对的氨基酸。
密码子表
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| 第二位碱基 | 第二位碱基 | 第二位碱基 | 第二位碱基 |
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| U | C | A | G | 第一位碱基 | U | UUU (Phe/F)苯丙氨酸 | UCU (Ser/S)丝氨酸 | UAU (Tyr/Y)酪氨酸 | UGU (Cys/C)半胱氨酸 | UUC (Phe/F)苯丙氨酸 | UCC (Ser/S)丝氨酸 | UAC (Tyr/Y)酪氨酸 | UGC (Cys/C)半胱氨酸 | UUA (Leu/L)亮氨酸 | UCA (Ser/S)丝氨酸 | UAA (终止) | UGA (终止) | UUG (Leu/L)亮氨酸 | UCG (Ser/S)丝氨酸 | UAG (终止) | UGG (Trp/W)色氨酸 |
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| 第一位碱基 | C | CUU (Leu/L)亮氨酸 | CCU (Pro/P)脯氨酸 | CAU (His/H)组氨酸 | CGU (Arg/R)精氨酸 | CUC (Leu/L)亮氨酸 | CCC (Pro/P)脯氨酸 | CAC (His/H)组氨酸 | CGC (Arg/R)精氨酸 | CUA (Leu/L)亮氨酸 | CCA (Pro/P)脯氨酸 | CAA (Gln/Q)谷氨酰胺 | CGA (Arg/R)精氨酸 | CUG (Leu/L)亮氨酸 | CCG (Pro/P)脯氨酸 | CAG (Gln/Q)谷氨酰胺 | CGG (Arg/R)精氨酸 |
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| 第一位碱基 | A | AUU (Ile/I)异亮氨酸 | ACU (Thr/T)苏氨酸 | AAU (Asn/N)天冬酰胺 | AGU (Ser/S)丝氨酸 | AUC (Ile/I)异亮氨酸 | ACC (Thr/T)苏氨酸 | AAC (Asn/N)天冬酰胺 | AGC (Ser/S)丝氨酸 | AUA (Ile/I)异亮氨酸 | ACA (Thr/T)苏氨酸 | AAA (Lys/K)赖氨酸 | AGA (Arg/R)精氨酸 | AUG (Met/M)甲硫氨酸(起始) | ACG (Thr/T)苏氨酸 | AAG (Lys/K)赖氨酸 | AGG (Arg/R)精氨酸 |
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| 第一位碱基 | G | GUU (Val/V)缬氨酸 | GCU (Ala/A)丙氨酸 | GAU (Asp/D)天冬氨酸 | GGU (Gly/G)甘氨酸 | GUC (Val/V)缬氨酸 | GCC (Ala/A)丙氨酸 | GAC (Asp/D)天冬氨酸 | GGC (Gly/G)甘氨酸 | GUA (Val/V)缬氨酸 | GCA (Ala/A)丙氨酸 | GAA (Glu/E)谷氨酸 | GGA (Gly/G)甘氨酸 | GUG (Val/V)缬氨酸 | GCG (Ala/A)丙氨酸 | GAG (Glu/E)谷氨酸 | GGG (Gly/G)甘氨酸 |
为了方便查询，下表列举了每个氨基酸的逆密码子表，方便快速定位某个氨基酸对应的密码子 逆密码子表
| 中文名称 | 英文名称 | 三字母缩写 | 单字母缩写 | 密码子 | | 丙氨酸 | Alanine | Ala | A | GCU,GCC,GCA,GCG | | 精氨酸 | Arginine | Arg | R | CGU,CGC,CGA,CGG,AGA,AGG | | 天冬酰胺 | Asparagine | Asn | N | AAU,AAC | | 天冬氨酸 | Asparticacid | Asp | D | GAU,GAC | | 半胱氨酸 | Cystine | Cys | C | UGU,UGC | | 谷氨酸 | Glutamicacid | Glu | E | GAA,GAG | | 谷氨酰胺 | Glutarnine | Gln | Q | CAA,CAG | | 甘氨酸 | Glycine | Gly | G | GGU,GGC,GGA,GGG | | 组氨酸 | Histidine | His | H | CAU,CAC | | 异亮氨酸 | Isoleucine | Ile | I | AUU,AUC,AUA | | 亮氨酸 | Leucine | Leu | L | UUA,UUG,CUU,CUC,CUA,CUG | | 赖氨酸 | Lysine | Lys | K | AAA,AAG | | 蛋氨酸 | Methionine | Met | M | AUG | | 苯丙氨酸 | Phenylalanine | Phe | F | UUU,UUC | | 脯氨酸 | Proline | Pro | P | CCU,CCC,CCA,CCG | | 丝氨酸 | Serine | Ser | S | UCU,UCC,UCA,UCG,AGU,AGC | | 苏氨酸 | Threonine | Thr | T | ACU,ACC,ACA,ACG | | 色氨酸 | Tryptophan | Trp | W | UGG | | 酪氨酸 | Tyrosine | Tyr | Y | UAU,UAC | | 缬氨酸 | Valine | Val | V | GUU,GUC,GUA,GUG | | 起始密码子 |
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| AUG | | 终止密码子 |
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| UAG,UGA,UAA |
下面的圆盘图更直观地展示的密码子的分布图
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