(一)、地域管辖原则的例外规定
1、外国企业常驻代表机构违反企业登记管理规定的行为，《关于外国常驻代表机构的登记管理办法》系1983年3月5日经国务院批准，视为行政法规，其第十五条明确规定，违反登记管理办法的由国家工商局给予处罚，因而基层工商局没有管辖权。
2、《特殊标志管理条例》第15条：“特殊标志所有人或者使用人有下列行为之一的，由其所在地或者行为地县级以上人民政府工商行政管理部门责令改正，可以处以5万元以下罚款……”。
(二)、级别管辖的例外规定
单行法规中对级别管辖规范的很少，从理论上讲，基层工商机关对一般案件都具有行政处罚权,这也符合《全面推进依法行政实施纲要》关于“减少执法层次、适当下移执法重心”要求。如果有，就应按照单性法规的规定执行。比如，《反不正当竞争法》第23条规定公用企业或者依法具有独占地位的经营者限制竞争行为由省或设区的市的工商机关管辖。
(三)、不正当竞争案件中无管辖权的行为
1、低价倾销案件。
1998年出台的《价格法》第四十条规定：有关法律对本法第十四条所列低价倾销行为的处罚及处罚机关另有规定的，可以依照有关法律的规定执行。其言外之意就是说，没有规定的就由我物价部门管辖。然而，《反法》第十一条规定的低价倾销行为，恰恰没有相应的行政处罚条款。因此，对低价倾销行为的管辖权，物价部门未费吹灰之力就收入囊中。
2、串通投标案件。 2000年1月1日起施行的《招标投标法》和同年公布的《国务院有关部门实施招标投标活动行政监督的职责分工的意见》，将串通招投标等违法活动的监督执法，划归相应的行业管理或者综合经济部门负责，其中并未赋予工商行政管理机关监督检查权。从此，属于招标投标法规定范围的串通招标投标行为，工商部门不再有管辖权。
3、电信行业的不正当竞争案件。 2000年9月25日国务院公布施行的《电信条例》第七十二条规定，在电信业务经营活动中(虚假宣传、强制交易、低于成本价销售)三种不正当竞争，由国务院信息产业主管部门或者省、自治区、直辖市电信管理机构依据职权管辖
4、银行业的不正当竞争案件。2004年修订的《商业银行法》第七十四条第三项、第八十四条和第八十七条规定，银行业的限制竞争、商业贿赂和侵犯商业秘密行为的，由国务院银行业监督管理机构管辖。
5、保险行业的不正当竞争案件。关于这方面管辖权，最高人民法院先后作出两个意见截然相反的司法解释，一是国务院关于保监会的三定方案出台之前，在《关于对保险公司不正当竞争行为如何确定监督检查主体的答复》(法行[2000]1号)称：《保险法》未规定对保险公司的不正当竞争行为由金融监督管理部门实施监督检查，保险行业的不正当竞争行为由工商部门管辖;二是在保监会的三定方案出台后，2003年在一个复函中明确指出：国务院三定方案规定中国保监会"依法对保险机构和保险从业人员的不正当竞争等违法、违规行为以及对非保险机构经营或变相经营保险业务进行调查、处罚"。人民法院在审理涉及保险机构不正当竞争行为的行政处罚案件时，应当以中国保监会作为有权进行调查、处罚的主体。
6、《保险法》对保险公司及其工作人员的商业贿赂行为作了规定，规定由保监部门管理，但对保险业务中非保险公司及其他人员的商业贿赂行为没有规定，对此工商可适用《反法》查处。
(四)、制售假冒伪劣药品、药材案件。2001年修订的《药品管理法》第八十八条规定，对生产、销售假药、劣药的，由药品监督管理部门实施行政处罚。据此，工商行政管理部门今后不再处理涉及生产、销售假药、劣药的违法行为。
(五)、突发事件发生期间的经营者哄抬物价案件。原来根据打投条例第三条第十项的规定，哄抬物价的投机倒把行为，工商部门有权管辖。但现在打投条例已废止，再加上2003年国务院法制办、国家发改委、国家工商总局联合发出《通知》(国法电〔2003〕8号)规定，在突发事件发生期间，经营者有哄抬物价行为的，由价格主管部门依照《价格法》、《价格违法行为行政处罚规定》等有关规定，予以行政处罚。
(六)、违反商品交易市场登记管理规定的案件。根据《商品交易市场登记管理办法》的规定，违反商品交易市场登记管理规定的行为，由工商部门管辖。2001年，国务院关于国家工商局三定方案规定：取消工商行政管理部门开展各类交易市场登记的管理职能。
(七)、城乡集贸市场出售中药材以外的药品案件。旧《药品管理法》第五十四条规定，违反本法第十五条关于¡°城乡集市贸易市场不得出售中药材以外的药品的行为，由工商部门管辖;新《药品管理法》将这一内容取消了。第21条城乡集市贸易市场可以出售中药材，国务院另有规定的。城乡集市贸易市场不得出售中药材以外的药品，但持有《药品经营许可证》的药品零售企业在规定的范围内可以在城乡集市贸易市场设点出售中药材以外的药品。具体办法由国务院规定。
(八)、<药品管理法实施条例>第六十五条未经批准，擅自在城乡集市贸易市场设点销售药品或者在城乡集市贸易市场设点销售的药品超出批准经营的药品范围的，依照《药品管理法》第七十三条的规定给予处罚。(处罚权是药监部门)
(九)、经销未经审定的种子案件。《种子法》规定由农业部门处理，工商无管辖权，根据该法规定，工商可以查处生产、经营假种子、劣种子的行为。
(十)、为传销行为提供互联网信息服务的处罚权。《禁止传销条例》第二十六条第二款规定：为传销行为提供互联网信息服务的，由工商部门责令停止违法行为，并通知有关部门依照《互联网信息服务管理办法》予以处罚。
(十一)执法中易越权查处的案件
1、经销假劣饲料案件。根据国务院《饲料和饲料添加剂管理条例》第三条规定，这类案件由国务院农业主管部门和县级以上地方人民政府负责饲料、饲料添加剂管理的部门管辖。
2、将报废汽车出售、赠予或者以其他方式转让给非报废汽车回收企业的单位或者个人，或者自行拆解报废汽车的行为。根据《报废汽车回收管理办法》第二十二条规定，这方面案件由公安机关管辖。
3、医院擅自发布药品广告的行为。2001年修改的《药品管理法》的规定，工商部门不是上述条款规定的广告内容审查批准机关，这方面案件由药品监督管理部门管辖。
4、销售不符合质量标准电能的行为。根据2005年5月1日实施的国务院《电力监管条例》第三十二条的规定，由电力监管机构管辖。
5、工商部门无权认定公司的股东会决议、股份转让协议为虚假证明文件。这类案件属平等主体之间的民事纠纷，已经超出工商部门管辖范围，登记机关不宜认定上述文件的真伪，此案应经人民法院对该公司股东资格确认之后，登记机关才能依法做出相应处理决定。
有关工商机关与其他机关的查处违法行为的职权范围，应根据相关单行法规来确定，在办案的立案、核审、做出决定阶段，都要对管辖权问题进行审查，防止越权发生。
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