农产品增值税进项税额核定扣除办法经过近两年的试行，其局限性日渐显现。建议对核定扣除办法加以完善，以切实提高农产品增值税管理水平。
《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕38号）的实施，既维持了现行农业生产者销售自产农产品免征增值税政策不变，又消除了企业对所谓“高征低扣”的误解，改变了原来凭票定率扣除的种种弊端，有利于相关企业规范财务核算，促进了相关行业的健康发展。但是，核定扣除办法也存在一些不容忽视的问题，应引起重视。
一是扣除标准过于“一刀切”。在农产品增值税进项核定扣除办法中，按照规定的核定方法顺序，一般使用“投入产出法”来计算农产品增值税进项税。而在运用投入产出法时，一律使用国家标准和行业标准进行计算和衡量。表面上看这是一种公平、公正的做法，但实际上很多小型企业受机器设备、生产工艺、工人熟练程度、管理技术等因素制约，其实际能耗要高于理论上的行业标准，耗用多而抵扣税金少，无形中增加了其税收负担和生产成本，不利于这些企业的发展。
二是归集和分配方法不够明晰。实际生产经营中，绝大多数企业是用单一农产品原料生产多种货物或者多种农产品原料生产多种货物，用的原料和生产的产品并不是单一的。这种情况下，试点纳税人在核算当期农产品耗用数量和平均购买单价、当期主营业务成本和农产品耗用率时，应依据合理的方法进行归集和分配。怎样才算合理的方法，试点办法并没有明示，导致基层税务机关在指导试点企业落实试点办法时，感到迷茫。特别是产品品种特别多，而且又是产品深加工企业，怎样进行合理归集和分配，更是试点企业和基层税务机关感到棘手的问题。
三是计算过程繁琐不易操作。当期允许抵扣农产品增值税进项税额的计算因选择的计算方法不同，或对原料与产品进行归集和分配的方法不同时，会得出不同的计算结果。如以外购农产品生产的货物就有三种计算方法，即投入产出法、成本法、参照法，无论哪一种方法计算量都非常大，而且在计算过程中所采用的国家标准、行业标准、农产品耗用率、特别是外购农产品直接销售的损耗率等，是税务人员与纳税人容易产生争议的焦点。
四是虚开虚抵问题未能根治。农产品增值税进项核定扣除办法规定用投入产出法计算抵扣，其实质就是想解决增值税虚开虚抵问题。农产品由于产地不同，成分含量有所区别，其投入产出比当然就不同。加工企业往往会以有效成分含量低为借口，扩大投入量，虚增原材料数量；还有部分企业以农产品中掺杂泥沙、水分等杂物影响投入产出比为借口，人为扩大投入量，虚增原材料数量；更有甚者，故意压低产品销售价格来抬高销售数量，虚开当期销售货物数量，变相虚抵进项税额。
五是购进农产品虚价问题依然存在。企业产品收购单价是影响企业进项税计算的关键因素，收购产品价格由企业自行填开，如何开、开多少完全由企业自主决定，且收购的对象为个人，实行现金交易，发票开具很容易失真。如果不从农产品收购源头加强管理，仅仅从改变计算方法来加强对农产品增值税的管理是不够的。有的收购企业将一些无法取得发票的费用及支出，如包装费、运输费、装卸费、保险费、甚至招待费等费用列入收购金额。虽然试点办法规定，试点纳税人购进的农产品价格明显偏高或偏低，且不具有合理商业目的的，由主管税务机关核定。但是税务机关如何界定价格明显偏高或偏低，往往成为税企双方争议的焦点。
针对农产品增值税进项核定扣除办法存在的问题，建议从以下几方面进行完善，切实提高农产品增值税管理水平。
一是全面测算，提高扣除标准的合理性。进一步拓宽思路，在其他以农产品为原料、财务核算正规、行业相近的企业，尝试用购进扣税和核定扣税两种不同方法去管理和测算，比较其优越性，弥补不足，为全面推行核定扣除收集信息，奠定基础。另外，如何让核定的扣除标准符合实际情况，又能让企业认可和接受，建议联合相关的技术部门，如质检部门、行业管理机构等一起参与核定，会有助于减少核定中的税企争议。
二是大类归集，提高扣除标准的准确性。建议对产品品种繁多的行业扣除标准按大类进行测算和公布，过分的细化不仅增加测算人员的工作量，而且增加试点企业财务核算难度，也不利于计算结果的准确性。假如，购进毛鸡、毛鸭为原料从事禽类屠宰的行业实行核定扣除的话，实际产品可以达到近20个，有的产品出成率非常低，如按照单个产品测算扣除标准，不仅费时费力，而且测算的结果也不准确，如按“鸡产品”、“鸭产品”等大类进行归集和测算，试点企业计算时也较简单。
三是严格审核，提升防范虚开虚抵水平。在实际管理中，税务机关要把每月对纳税人纳税申报表及其附表的审核常态化，对纳税人扣除税额的计算过程、几个指标的提取途径以及准确性要反复对比审核。特别是年底要有效地组织清算，根据实际情况对企业当年已抵扣农产品进项税额进行调整，根据上一年企业实际的农产品单位耗用数量，对当年的单耗数量进行调整，逐步控制虚开虚扣，把前期虚开虚扣的水分一点点挤干。
四是实地核实，遏制农产品虚价问题。建议在农产品收购期间，税收管理员可驻厂办公，掌握企业收购农产品的品种、出售人、收购价格、日收购数量、运输方式、入库、货款结算、收购凭证开具等方面的具体信息，核实其交易数量、金额和对象的真实性。通过对收购发票的严格审核，有效遏制农产品虚价问题。同时，还要考虑运费的合理性。对企业不具备运输能力的，必须有相应运输单位开具的运费发票，据以计算抵扣进项税额；对于企业自身具备运输能力的，要求企业提供从收购地运回农产品的过桥费和高速公路费收据等单据。
