传统的物种本质主义在当代得到某些学者的发展。典型的要数克里普克(Saul Kripke)和普特南(Hilary Whitehall Putnam)。 他们两人接受了洛克“名义本质”与“真实本质”的区分。对于“真实本质”，他们认为，其事关事物根本性的微观结构(underlying microstructure)属性，解释“名义本质”或表观属性；其通过科学加以认识，对于自然种类既是必要的，也是充分的。对于“名义本质”，克里普克认为，它的经验来源可能是错误的，而且，对于一个自然种类的存在来说不是必要的；[3]而普特南通过“孪生地球悖论”，认为它对于辨别自然种类是不充分的。[4]如此，他们都承认物种是一个自然类，而且还存在“真实本质”。 布恩埃利斯(Brain Ellis)总体上赞同克里普克和普特南的观点。他认为，自然种类是现实的、存在的，不以人的认识为转移的；自然种类之间是离散的、不连续的；自然种类之间的区别基于它们的内在性质和结构，而非外在表现；自然种类的划分从属于一个层级系统；每一种自然种类有其本质特征或本质结构，其对于自然种类既是必要的，也是充分的，它决定了自然种类是其所是。[5] 张建琴、张华夏认为，布恩埃利斯的上述观点存在两个重大问题没有解决：一是自然种类与维特根斯坦的家族类似的关系问题，另一是非还原物理主义实在论的建构问题。[6] 总之，从亚里士多德到普特南和克里普克，再到布恩埃利斯，都不怀疑物种本质的存在，而且所有这些哲学家都相信物种的本质是物种成员的内在特性(intrinsic traits)，正是这种内在属性使得物种具有种的特异性(species-specific traits)，将一个物种与另外一个物种区别开来，并将某一生物个体归属于某一物种。
2.普特南的“同一种类关系”存在吗? 对于“真实本质”，普特南进一步指出，它事关“同一种类关系”，它涉及同一种类的基本结构与属性，足以确定这一种类术语的外延，是一事物属于某一种类所必须具备的属性；这类属性是由科学认识的，是事物的内在结构(如原子结构和基因结构等)。对于普特南来说，正是由于存在“同一种类关系”，物种才具有共同的本质。 普特南的上述观点受到杜普雷(Dupre，J.)的批判。杜普雷认为，普特南理论中的那种“同一种类关系”很难找到，原因有三点：一是种内的遗传变化和种间变异，使得种内个体的内在特征——本质特征发生变异，如此，试图通过不变的本质特征来辨别“相同关系”也就行不通；二是生殖隔离并不完全，它不能为物种种类划分提供“相同关系”；三是许多生物根本没有留下自己的足迹，因此根据分类成员的谱系原则来进行分类也不可能。[7] 对于第一点，维纳尔(Werner Kunz)的看法与普特南的有异曲同工之意。维纳尔认为：“达尔文的进化理论解释了化学元素和生物本质之间的根本性差别。达尔文否认了动物和植物有本质特性的思想。生物有机体的内在的特性不可能作为生物有机体与物种联系的本质，因为所有的有机体的内在特性都会突然地变化而演化。形态学的、生理学的、行为学的、染色体的和基因组的特性不能作为物种成员的本质，某个DNA序列也不能作为。”[8] 上述看法表面看来有一定道理，但是，深入分析之下，未必尽然。因为，在自然界中，生物有机体的内在特性确实在变化着，但是，这种变化在绝大多数时候并不是频繁地、普遍地突变，而是缓慢地渐变，呈现相对的稳定，如此，在一个特定的时空内，可以把这样的内在特性当作物种的本质。当然，随着某一物种的内在特性的渐变积累可能会导致质变，也可能由于这样那样的原因，可能会使某一物种的内在特性在一定时空发生突变，此时，原先的那一内在特性确实不能用来表示新形成的物种或准新物种，但是，新形成的不同于原来物种的具有新质的内在特性，还是可以并且应该用来表示新的物种或准新物种的本质的。如此，那种借口生物特性的变化，而否定物种可以由它的内在特性来定义，是不恰当的；普特南的“同一种类关系”还是存在的。 对于第二点，也是不恰当的。虽然由“生殖隔离”标示的生物种不能为物种种类划分提供“相同关系”，但是，“差异适应种”(Differentially adapted concept)可以，它允许物种间的杂交，但各自仍能保持自己的特定基因组合，随后的生殖隔离是这种差异适应的副产物。“生物学种强调生殖隔离，基因组任何部分的交流都会导致种的基因组的完整性被破坏。因此，差异适应种与基于生殖隔离的生物学种概念不同，而与达尔文的物种形成观点接近，即物种是对不同环境(自然的或有性的)差异适应群。”[9] 对于第三点，应该说是存在的。不过，这只是表明系统发生种概念在应用过程中具有局限性，并不表明这一概念不能为物种划分提供“相同关系”。对此，我国学者沈旭明就认为，从发生学的角度看，这种“相同关系”肯定源于家族图谱上的相关生物物种，只是我们在进行分类时，也许由于对该物种的认知的限制，而发生了偏离。[10]
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