习惯性便秘原因，还是属于功能性的肠胃障碍，也就是找不到身体上实质的病变，多起因於紧张，压力大，肠胃蠕动失调，或者有便意忍便，形成恶性循环，导致习惯性便秘。
习惯性便秘，又称功能性便秘。习惯性便秘常见于原发性肠蠕动功能异常，大便蠕动输送延缓或巨结肠等。
另有其他原因：
1.饮食组成不良：如米面过于精细，食量过少，食用含粗纤维特别是不消化纤维的蔬菜、水果、粮食过少，油脂太缺，饮水不足等。
2.排便习惯不良：有便意时不及时排便，抑制便意。习惯排便时看书，不积极排便。依赖泻药排便或滥用泻药，使肠道排出敏感性降低。
3.生活起居无规律：每日排便无定时，睡眠不足或久睡不起。长途旅行或因工作繁忙（如空中小姐）未养成按时排便习惯。
4.老年体衰排便无力：多胎妊娠全身体力过弱，膈肌、腹肌、肠壁平滑肌无力等，均可造成排便困难。
中医认为，便秘是大肠传导功能失常造成的。
a.肠胃燥热型：饮酒过度，嗜食辛辣，使肠胃积热，耗伤肠液，大肠失濡，产生便秘、尿黄、腹胀痛、口干口臭等症，治疗以麻子仁丸清热润肠。
b.气机郁滞型：情志不畅，忧虑过度，或久坐少动，使气机郁滞，通降失常，大肠传导失职，产生便秘、腹胀、嗳气、胸胁痞满等症，治疗以六磨汤顺气行滞。
c.气血不足型：脾气虚则大肠传导无力，血虚则津枯不能滋润大肠，产生便秘，大便时努挣无力，便后疲乏不适，大便并不干硬。若伴汗出气短的为气虚便秘。面色无华，头晕目眩，心悸失眠的为血虚便秘。气虚便秘用黄芪汤益气润便，血虚便秘用润肠丸以养血润便。
d.脾肾阳虚型：素体阳虚，或病后、产后、年老，脾肾阳虚，阳气不足，阴寒凝结，肠道传送艰难，产生大便艰涩、排出困难、小便清长、怕冷喜暖、腹中冷痛等症，治疗以济川煎温阳通便。
