首先大家先了解什么是挖数据(点我) 我叫林平之,是一个挖掘机驾驶员,不,应该是莫愁师姐的师弟,呃,有一个小小的问题一直困扰着我。就是要怎么分析别人家的芯片。GEO虽然好,但感觉Datasets上的芯片真的很少,根本不够用的呢,那要咋办? 莫愁:那就上Array Express上去咯,我很大方地把网址也交给你吧,就是这个网址: http://www./arrayexpress/ 打开后是这个样子: 和GEO差不多,就是随便搜搜,就能得到一堆,当然,它会对搜索的关键词进行一个细分,差不多会是这样,那我们就搜一个肠癌看看: 搜索到之后,点击一下最右边的Atlas,这样就可以利用其中的图形分析的小工具了。随便选一个肠癌的芯片吧,芯片编号就是E-MEXP-3715。 点击进去,差不多是下面这个界面,和GEO差不多,也有一个这样的小工具,可以直接进行分析处理,也能下载分析获得的结果,当然这并不是我要用的。因为这个分析的比较样本选择性较差,就只有一两种选择。 那我们要如何下载这个芯片的数据呢?首先要点击这个红色的“Experiment design”,等页面跳出来之后,再点击蓝色的下载按钮,否则是下载不了的哦。 存到你的盘里,老司机只剩下0.9G了…… 会下载到一个挺大的“.tsv”文件,是一个表格文件。 然后打开神器(跟我唱:不要问,不要说,一切尽在不言中。这一刻,偎著烛光让我们静静的渡过。莫挥手,莫回头,当我唱起这首歌,怕只怕泪水轻轻的滑落……不知道的,或许能在你们的收藏夹里找到,因为我也实在不记得是哪个帖子了) 打开后,点击下拉菜单“File”,选择“Open File…”,记住,这次不是GEO的那种Import文件了。 导入后会让你选择表格的数据分类,因为这个表格没啥属性,所以要你自己选择哪个是数据,哪个是行,哪个是列。鼠标点击后会有颜色区分,这个应该不用我来教你咋分了吧…… 输入后会显示出芯片的热图,然后要对这个热图来进行进一步的分析。就点上面这个按钮。 中间是分组条件,有的芯片命名有规则,有的没有,具体要看刚才的“Experiment design”界面里对样品的描述了。这里就选癌和癌旁就可以进行分析了。 然后就是稍微有点漫长的等待,毕竟样品多,基因多…… 接着就可以直接出现结果了: 做完这个,我觉得我胸前的红领巾更鲜艳了呢…… …华丽丽的分割线… 李莫愁博士:话说这个神器我是已经介绍过好几遍了,不过我也真的是不记得在哪个帖子里了,也不记得应该回复啥才能得到这个软件了。大家要是有兴趣的话,可以去自己的收藏夹里找找看,除此之外就看你们运气了。不过估计翻起来也麻烦……好了,今天就先策到这里吧。 |
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