1.砧木苗的管理：播种后出苗前的温湿度管理，白天保持26℃-28℃，夜间保持14℃-16℃，基质水分保持在65%-80%。当4-5天出齐苗后，及时除去“带帽苗”的种皮。出苗后白天保持在20-25℃，夜间温度降低至12-15℃，基质含水量55%-65%。为防止发生猝倒病，可喷雾72.2%霜霉威1000倍液，以培育健壮的砧木幼苗。为防止出现高脚砧木，可根据幼苗长势强弱，喷施25%助壮素水剂兑水500倍液或15%多效唑可湿性粉剂500-700倍液。嫁接前3-4天砧木不可喷洒抑制剂，冬季不可施用抑制剂。
2.接穗幼苗的管理：播种后出苗前的温湿度，除苦瓜出苗需要20℃-24℃的夜温和33℃左右的昼温外，其它瓜种所需求的温度：白天28℃-30℃，夜间18℃-22℃。基质含水量65%-75%。5-7天出齐苗后，待子叶平展时即可进行嫁接。
1.温度管理：番茄、辣（甜）椒、茄子在出苗期的适宜温度范围内是25℃-30℃，最佳温度是28℃。在两叶一心前幼苗期温度管理，控制在白天20℃-25℃，夜间12℃-15℃。两叶一心后至成苗，温度要稍高，以促进生长，温度控制在白天24℃-28℃，夜间15℃-20℃。茄子出苗后，两叶一心前幼苗期温度管理，控制在白天20℃-26℃，夜间15℃-18℃，夜间不能低于15℃。在三叶一心至成苗期，温度控制在白天20℃-26℃，夜间12℃-15℃。
2.水、肥的供应：在幼苗的两片子叶展开至两叶一心期间，基质的最大持水量的70%-75%。在幼苗两叶一心后至成苗期，每次洒水都要浇透基质。但洒浇水不可太勤，一般3-5天洒浇一次，使基质中水分含量控制在70%-80%之间。夏季或大苗期耗水较多时，要经常旋转边盘，使边盘与床中央的穴盘调换和洒水时要均匀淋洒。夏季洒水要防水温过高，冬季洒水要防水温过低，洒浇的水要在16℃-22℃之间，必要时要做加温或降温处理。
要视苗子生态状况及时调节水肥供应：苗黄证明肥少，苗深绿证明肥水太浓，苗深绿且干枯叶缘，表明因喷肥过多已出现肥害。在可能的情况下采取“大-小-小，大-小-小”的浇水方式。一般喷洒透一个较干燥的穴盘基质，大约需要1升水。
3.光照管理：在重视温度和水肥管理的同时，必须重视光照管理。
冬季，尽可能早揭晚盖温室的覆盖物，争取延长每天的光照时间。遇到连续寒流阴雪天气时，在中午前后各两小时内只要停止了降雨雪，就应揭开草帘等覆盖物，争取散光照和霎时间多云天气光照，并在正午前后小开通风口，通风换气半小时。
夏季，在光照时间过长和光照强度过大时，可于中午前后各两个半小时内，于棚面覆盖遮光率30%-40%的灰色遮阳网。不可用遮光率过高的黑色遮阳网覆盖遮光时间过长。
4.使用抑制剂，防止徒长：当第一片真叶接近展开时，为防止苗子徒长，可使用抑制剂。一般采用50%矮壮素水剂兑水1500-2000倍液或25%助壮素水剂兑水500倍液。
5.补苗、挪苗：补苗是在缺苗的孔穴基质上，通过取预备苗移栽补上苗子。挪苗是把出苗不齐的苗子，通过把大小差不多的苗子移栽到一起，使差别大的苗子分别管理。挪过和补栽的苗子要立即浇透水，集中管理。
6.病虫害防治：苗子出后可用72.2%的普力克（霜霉威）水剂兑水800倍液或95%噁霉灵3000倍液喷洒防猝倒病。并交替喷洒3%中生菌素700倍液或农用链霉素1000-1500倍液，以预防细菌性病害。育苗棚室内要张挂黄板以诱杀烟粉虱，白粉虱和蚜虫。
