如何研究信号通路是大家都比较头痛的主题,今天我们就来理一理信号通路研究中的常用策略。 以信号通路为主题的研究,一般来说,按照研究深度可以分为包括:效应、通路、分子和序列四个层面,研究步骤如下:
二、 以某一通路为单位,通过低通量实验WB、qPCR等手段,明确通路中的关键分子的变化,比如表达差异、定位异常、活性变化等; 三、以某一分子为单位,通过分子共表达相关性、分子互作手段(如IP、GST-Pull down等)、分子定位、活性、构象等检测手段,进一步明确分子作用的方式,以及结合的序列、结构域等。 第一步骤的研究是以效应为单位的分解,分解产出是通路。这里说的效应是比较大的概念,比如既可以是疾病水平,又可以是细胞水平,比如在确定肿瘤转移相关通路时,既可以通过转移、非转移样本进项筛选,又可以通过不同转移能力的细胞系进行筛选,这时基本单元是通路,而通路的状态又可以分为激活、抑制等。那么如何判断一条通路是被激活还是被抑制?答案是看通路的下游效应分子应答表现,比如被上调、被激活还是重定位等等。 第二步骤的研究是以通路为单位的分解,分解产出是分子。通路与分子类似,既可以看通路被激活、抑制的上游即原因,也可以看通路被激活、抑制的下游即结果, 不过很少说通路被上下调。即:我们看到的是一个黑箱(Black Box),我们知道效应改变下某一通路被激活或抑制,而通路涉及太多分子,信号在通路中逐级放大。我们可能检测到了一些分子在通路中异常,却不知道哪些分子是信号接收放大的起点。因此第二步骤的目的是从诸多分子中找到通路中信号接收的起点。从通路到信号接收分子的实验方法一般有:共表达关系、直接互作、共定位等。 第三步骤的研究是以分子为单位的分解,分解产出是序列。这一步骤承接第二步,在找到关键分子后,对分子进行分解到结构域和位点, 一般做到这个程度的话就已经非常偏基础了, 这也是高分文章通路研究中的不成文规定。 下面我们举个例子:lncRNA ABC-AS上调ZYX激活TGFβ通路促进肝纤维化的分子机制
…… 最后说明一下,通路的方式差异太大,今天的内容理论性比较强,而且多数是经验之谈,下次我们通过这篇文章来讲通路的研究方法:AMPK-SKP2-CARM1 signalling cascade in transcriptional regulation of autophagy.Nature. 2016 Jun 15.(下载链接:http://pan.baidu.com/s/1eRTH8fo 密码:4uhk) That’s all. Thank you!
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