桃色饕餮 / 待分类 / 转录组文章思路和常用软件介绍

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转录组文章思路和常用软件介绍

2016-08-04  桃色饕餮










  • 测序总量,质量,预测基因总数,N50,注释基因总数等。描述性语言加表格。




  • 总的GO分类、KEGG和KOG分类。描述性语言,不用放图,最多放一个。







  • 样本之间的相关性和FPKM分布,描述性语言。



  • 火山图可以放图加描述表明样本间差异以及上下调基因数量。



  • 维恩图可以放图加描述表明两两样本间差异的共同部分和特有部分。




  • 差异基因聚类的图可以放文章中,可以描述样本间关系。



  • 趋势图可以用来查找在样本间存在特定趋势的一类基因。



  • 差异基因的GO富集分析,一般会放入文章中,需要GO分类图,如果富集不到,可以做总体差异基因的GO分类。


  • 差异基因的KEGG富集分析,一般会放入文章中,需要KEGG富集分类图和具体的KEGG通路图。本转录组富集到了4个通路,涉及植物-菌互作,植物激素信号(茉莉酸信号),氮源代谢,多巴胺合成。


  • 具体的差异基因需要有针对性的单独查找,分析。




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