转录组文章思路和常用软件介绍

• 测序总量，质量，预测基因总数，N50，注释基因总数等。描述性语言加表格。

• 总的GO分类、KEGG和KOG分类。描述性语言，不用放图，最多放一个。

• 样本之间的相关性和FPKM分布，描述性语言。

• 火山图可以放图加描述表明样本间差异以及上下调基因数量。

• 维恩图可以放图加描述表明两两样本间差异的共同部分和特有部分。

• 差异基因聚类的图可以放文章中，可以描述样本间关系。

• 趋势图可以用来查找在样本间存在特定趋势的一类基因。

• 差异基因的GO富集分析，一般会放入文章中，需要GO分类图，如果富集不到，可以做总体差异基因的GO分类。

• 差异基因的KEGG富集分析，一般会放入文章中，需要KEGG富集分类图和具体的KEGG通路图。本转录组富集到了4个通路，涉及植物-菌互作，植物激素信号（茉莉酸信号），氮源代谢，多巴胺合成。

• 具体的差异基因需要有针对性的单独查找，分析。