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发表杂志：Front Immunol. 影响因子：7.56 关于非肿瘤生信，我们也解读过很多，主要有以下类型 1 单个疾病分析 2 单个疾病结合免疫浸润，铁死亡，自噬等相关分析 3 两种相关疾病联合分析，包括非肿瘤结合非肿瘤，非肿瘤结合肿瘤或者非肿瘤结合泛癌分析 目前非肿瘤生信发文的门槛较低，有需要的朋友患者添加小编微信咨询 请扫描下方二维码
没有做不到，只有想不到。最新6+分生信文章教你非肿瘤与单基因泛癌的联合分析 3.9分 非肿瘤生信+实验验证 经典蹭热点思路 不到2个月接收 非肿瘤也分型啦，最新7.5分非肿瘤纯生信，2个月接收，可重复 非肿瘤生信+简单pcr验证 快速发3分+SCI 自噬，铁死亡，焦亡等都可以 最新7.5分非肿瘤纯生信，分析一点不难，这种思路你想到没有？ 研究背景 多发性硬化（multiple sclerosis，MS）是以中枢神经系统白质炎性脱髓鞘病变为主要特点的自身免疫性疾病，是导致成人神经功能障碍的头号原因，对女性的影响是男性的两至三倍。复发缓解型多发性硬化（relapsing-remitting multiple sclerosis，RRMS）是MS最常见的临床类型，多发生于MS早期，其特点是神经功能损伤的可逆发作（称为复发），通常持续数天或数周，在急性期后可完全缓解（称为缓解）。目前已发现RRMS主要由细胞免疫、体液免疫和多种细胞外信号分子引起。因此，寻找具有高敏感性和特异性的生物标志物对于研究RRMS的发病机制、改善预后、为患者提供更加个性化的治疗策略显得尤为重要。 流程图
差异表达分析 ①从GEO下载MS人脑组织微阵列数据集(GSE5839)，该数据集包含3名MS患者和1个非神经系统对照脑组织样本。 ②比较MS组和对照组之间基因表达的差异。 结果： 下图A：GSE5839数据集进行均一化后，4个样本基因的中位数、上下四分位数、最大值和最小值基本相同。 下图B：相关性分析表明，MS组的组内相关性更强。 下图C：主成分分析显示MS组与对照组中心相距较远，说明MS组与对照组基因表达存在差异。 下图D：共筛选出540个DEGs。前3个上调基因是CTSC、JUND和NINJ1，前3个下调基因是ZNF506、CYP7A1和LOC101926913。 下图E：DEGs热图显示，DEGs在MS组中持续上调或下调，与对照组存在显著差异。
EP-DEG的筛选 ①使用Uniprot数据库和人类蛋白质图谱(HPA)下载细胞外蛋白基因列表。 ②将两个列表中的胞外蛋白基因与DEGs进行交叉筛选EP-DEGs，然后分析MS组和对照组EP-DEGs的差异表达。 结果： 下图A：HPA数据库中的胞外蛋白的基因与DEGs相交，筛选出69个EP-DEGs；Uniprot数据库中的胞外蛋白的基因与DEGs相交，筛选出132个EP-DEGs。将两种方法筛选的基因进行结合共获得133个EP-DEG。 下图B：MS组和对照组中EP-DEG的火山图。 下图C：前30名上调和下调EP-DEG的热图显示，SLC4A4、IL17A、ADH6、OSM和ADCY1在MS中显著下调。
下表：RRMS人脑组织中的前20个EP-DEG(GSE5839)。
EP-DEG的GO/KEGG通路富集分析 下图：点图显示EP-DEG的GO（BP/CC/MF）富集结果。
下图：圆图显示EP-DEG的GO（BP/CC/MF）富集结果。
下图：EP-DEG的KEGG富集分析结果。
PPI网络和Hub基因的鉴定 ①使用STRING数据库构建133个EP-DEGs的PPI网络，Cytoscape软件用于可视化。 结果： 下图A：EP-DEG的PPI网络，由85个节点和185条边组成。 下图B：Cytoscape中MCODE插件构建的得分最高的节点基因模块由9个基因组成。 下图C：前10位枢纽基因的筛选。 下图D：CytoHubba构建与IL17A相互作用的节点基因。共筛选出16个基因，10个上调，6个下调。
下表：CytoHubba的10种拓扑分析方法的前10位EP-DEG。
与临床指标的相关性分析 ①为验证鉴定出的关键细胞外蛋白，纳入排除中枢神经系统感染性疾病和近期感染的51例RRMS患者和20例原发性头痛患者，采集患者脑脊液检测IL17A、Del-1水平。 结果： 下图A-C：RRMS患者的Del-1和resolvinD1水平升高，IL17A水平降低。 下图D-F：RRMS患者脑脊液中resolvinD1的水平与Del-1呈正相关，而resolvinD1的水平和IgA呈负相关。
下表：RRMS患者和对照样本的临床病理学特征（N=71）。
下表：RRMS患者的基线特征（N=51）。
预后分析 ①通过ROC曲线和生存分析研究Del-1对RRMS诊断和预后的预测作用。 结果： 下图A：Del-1的ROC曲线下面积(AUC=0.947)高于IgG(AUC=0.740)。 下图B：高Del-1组中位无复发生存时间为30个月，低Del-1组中位无复发生存时间为13.5个月，差异有统计学意义(P=0.044)。 下图C：高Del-1组随访期间无进展生存率始终高于50%，低Del-1组中位无进展生存时间为46个月，差异有统计学意义（P=0.034）。
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