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1、两者的持有目的不一样，可供出售金融资产不是为了短期内获益，而要相对持有一段时间；
2、持有时间不一样，可供出售金融资产要长一些，一般在1年以上，而交易性金融资产则在一年内；
3、初始投资时的费用确认不一样，可供出售金融资产要资本化，计入投资成本，而交易性金融资产计入当期损益；
4、持有期间计量不一样，可供出售金融资产公允价值变动计入资本公积，而交易性金融资产计入当期损益；
5、减值不一样，可供出售金融资产可以进行减值，而交易性金融资产由于投机性强，不进行减值。
会计处理上：
取得时：
（1）交易性金融资产成本按公允价值记价，相关手续费和税费直接计入投资收益借方，如果有未发放的股息或利息则计入应收项目（应收股利和应收利息）
（2）可供出售的金融资产成本按取得时与其相关的所有费用除去未发放的股息或利息，也就是包含手续费和税费
后续计量（资产负债表日）
（1）交易类金融资产：公允价值的变动计入所有者权益，并计入当期损益，会导致利润增加；
（2）可供出售类金融资产：持有期间，公允价值的变动计入所有者权益（资本公积－－其它资本公积，因为可供出售的金融资产持有期一般较长，短期内无法确认收益，也就是它可能会跌回去，特别是现在的股市涨一天跌三天的，你不能涨了一天就立即确认收益，因为法规制订者已经知道你会跌回去滴！），但不计入当期损益，不增加当期利润，待出售时，再将已计入资本公积的部分转入投资收益，确认利润。
出售时
将扣除税费余额后的金额确认收益或损失
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