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遗传诊断有多难？其实入门很容易，手上握有一份权威的遗传诊断指南，立马就可以尝试着进行分析。遗传诊断的难点在于经验积累，师傅领进门，修行在个人，没有分析个上千例的遗传病案例，实难称得上合格的遗传诊断大师！目前最新的遗传诊断指南当属2015年版美国医学遗传学与基因组学学会指南，已由骆驼君详细消化，现将中文版内容奉献给各位从事基因检测行业的志同道合之人！！！！！  任何一个突变位点的遗传诊断逻辑大致两步，第一步是搜集致病证据和良性证据，一共有7类证据：极强的致病证据、强烈的致病证据、较强的致病证据、支持的致病证据、极强的良性证据、强烈的良性证据、支持的良性证据。第二步是根据所获得的证据，按照特定的规则对位点的致病性作出分类，一共分已知致病突变、疑似致病突变、已知良性突变、疑似良性突变、临床意义未明5类。两步走之后，任何一个突变位点都将会得到它应有归宿。  第一步走起：搜集致病证据和良性证据 极强的致病证据(PVS:very strong pathogenicity) PVS1: 功能缺失型突变，也通常被称为烈性突变，包括无义突变、框移突变、±1或±2的剪接突变、起始密码子突变、单个或多个外显子缺失。 强烈的致病证据(PS: strong pathogenicity) PS1:与已知致病突变的氨基酸变化相同，但核苷酸变化不同的突变，如G>T与G>C均能导致Val→Leu变化，其中G>T是已经明确的致病突变，那么G>C则有了强烈的致病证据（PS1）。 PS2：新发突变，即先证者检出，但其父母未检出的新发生的突变。 PS3：体外或体内功能试验认为突变会影响相应基因或蛋白功能。 PS4：突变在患者组中的频率明显大于健康组，即风险值OR需要大于5。 较强的致病证据（PM: moderate pathogenicity） PM1：位于突变热点区或者非常明确的功能结构域，且该区域无任何良性突变。如酶的活性区域。 PM2：在ESP数据库中（Exome Sequencing Project）,千人数据库（1000 Genomes Project）及 EAC数据库(Exome AggregationConsortium)中的等位基因频率为0，对于隐性遗传的突变频率允许是低频。 PM3：对于隐性遗传的突变，先证者中检出复合杂合突变，与其组成复合杂合的另一突变致病性已明确。 PM4：非重复区域的框内缺失/插入突变引起的蛋白长度改变以及终止密码子处的延伸突变导致的蛋白长度改变。 PM5：错义突变所在的同一位置存在其他不同氨基酸变化的致病突变，如Arg156His是已经明确的致病突变，现出现了Arg156Cys，该突变便存在PM5证据。 PM6：预计是新发突变，但未家系验证确认的。 支持的致病证据（PP: supportingpathogenicity） PP1:突变与疾病呈家系共分离，以显性遗传的突变为例，家庭有该突变的成员患病，无该突变的成员则不患病。 PP2：错义突变所在的基因存在极少数的良性突变，绝大多数是致病突变。 PP3：多项计算机模拟计算预测有害，如保守区域、进化、剪接影响等。 PP4：突变相关的疾病与患者的临床表型高度吻合。 极强的良性证据（BA: Stand-alone beingn） BA1:在ESP数据库中（Exome Sequencing Project）,千人数据库（1000 Genomes Project）及 EAC数据库(Exome AggregationConsortium)中的等位基因频率大于5%的突变。 强烈的良性证据（BS: Strong benign） BS1：等位基因频率高于疾病的发病率。 BS2：对于早期发病的全外显常染色体隐性疾病，在健康人中检出纯合的突变，对于早期发病的全外显常染色体/性染色体显性疾病，在健康人中检出杂合或半合子的突变。 BS3：体内或体外功能性试验证明对蛋白功能或mRNA剪接不存在有害影响的突变。 BS4：家系中不符合突变与疾病共分离。 支持的良性证据（BP: supporting benign） BP1:突变所在的基因中仅有截断型致病突变的报道。 BP2：对于突变所在的全外显常染色体显性遗传的基因，在另一条等位基因检出致病突变。对于任何遗传模式的基因，在同一等位基因中检出明确的致病突变。 BP3：发生在序列重复区域的框内缺失或插入突变。 BP4：多项计算机模拟计算预测无害，如保守区域、进化、剪接影响等。 BP5：突变所在的患者存在其他不同的分子机制。 BP6：多篇文献报道为良性。 BP7：软件预测对剪接不存在影响的同义突变且该突变位于非高度保守区域。  第二步走起：通过以下规则对突变位点进行分类 已知致病突变(Pathogenic) 1个PVS证据+1个以上的PS证据 1个PVS证据+2个以上的PM证据 1个PVS证据+1个PM证据+1个PP证据 1个PVS证据+2个以上的PP证据 2个以上的PS证据 1个PS证据+3个以上的PM证据 1个PS证据+2个PM证据+2个以上的PP证据 1个PS证据+1个PM证据+4个以上的PP证据 疑似致病突变（Likely pathogenic） 1个PVS证据+1个PM证据 1个PS证据+1个或2个PM证据 1个PS证据+2个以上的PP证据 3个以上的PM证据 2个PM证据+2个以上的PP证据 1个PM证据+4个以上的PP证据 已知良性突变(Benign) 1个BA证据 2个以上BS证据 疑似良性突变(Likely benign) 1个BS证据+1个BP证据 2个以上BP证据 临床意义未名(Uncertain significanec) 未在规则以内的其他组合类型 既有良性证据又有致病证据的突变  以上就是美国医学遗传学与基因组学学会新版指南的核心精髓，绝对够分量、绝对的干货！知天命，断天残，罕见病虽罕见，但能预见！！！ RichardsS, Aziz N, Bale S, et al.Standards and guidelines for the interpretation ofsequence variants: a joint consensus recommendation of the American College ofMedical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology.Genet Med. 2015 May;17(5):405-24. |
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