 会馆由山门、大福殿、后殿、戏楼和两厢五部分组成，南北长92米，东西宽39米，占地3500平方米，建筑面积1459平方米。所用的全部砖瓦木石，均从福建泉州一带精选，由良工巧匠就地雕琢、彩绘后运至烟台。
山门是一座高大的木石结构建筑，主门3间，两侧次门各一间，外加两耳房，高约10米，有14根柱础支撑。屋顶由雕饰精美的斗拱托住，上覆翠蓝琉璃瓦，屋脊上有"二龙戏珠"龙吻，屋脊瓷板画有花卉、走兽、仕女图等。
山门南面是大殿，为天后行宫的主体建筑。高台石基，以细作方石和青砖为承重墙，歇山重檐，12根柱基支撑屋顶，雕梁画栋，翠蓝琉璃瓦为盖，屋脊上同样有"二龙戏珠"龙吻，其壮观不亚于山门。大殿正中供奉天后圣母塑像。
 福建会馆突出的特点是雕饰极其华丽，可以说是一座雕刻艺术品的展览馆。以种类而言，有木雕、石雕、琉璃雕;就形式而论，有圆雕、浮雕、深浮雕。各种雕刻艺术品引人入胜。大殿重檐间的琉璃雕，色彩鲜艳、精巧细密;山门柱础上的盘龙状欲游腾，石狮、石鼓俏丽玲珑，风韵独具;迎壁上的盘龙、"米芾拜石"、"苏武牧羊"等石雕神态各异，栩栩如生，更是圆雕、深浮雕中的精品。尤其使人叹为观止的是，整座山门、大殿可以说是无木不雕，无雕不美。悬于山门梁枋下的花篮和乘莲珠，造型优美，镏金溢彩。触目皆是的龙凤、狮兽，或怒目，或舞爪，千姿百态，各有情趣。梁枋、雀替等处还雕有近百个历史故事和神话传说，诸如"八仙过海"、"刘海戏金蟾"、"赵子龙长坂坡救阿斗"等木雕，刀法细腻，惟妙惟肖，为中国寺院建筑中之罕见。
 1958年，福建会馆被辟为烟台市博物馆，北门上方石匾馆名为郭沫若手书。现馆内藏有丰富的文物史料。
 山门是福建会馆的第二道门，是一座高大的木石结构建筑，是集建筑、雕刻、绘画、楹联艺术于一体的惊世之作，堪称山门之最。山门中门上的石刻鎏金楹联为：
熙朝崇祀典，鲁晋闽并分一席；湄岛现慈航，江河海普护千艘。
“熙朝”，盛朝。“鲁晋闽”，即山东、山西、福建，这里泛指大江南北诸多省份。烟台自1862年被辟为商埠后，与国内外的贸易日益增多，到19世纪末已是南北船帮、商贾的集结地。“并分一席”，道出了这些船帮、商贾相互联系、相互依存的关系。“慈航”，佛教名词。佛教认为，佛、菩萨以大慈悲救度众生，出生死海，犹如舟航。“普护千艘”，祈求不同地域的商贾、渔民共同受天后神灵的佑护。
作庙像尊严，睹神威同殷施布；入门加敬谨，荷庇佑早切归依。
刻在山门西门上的这副鎏金楹联，盛赞了天后的尊严与神威，指出进入山门当格外恭敬谨慎，欲承天后保佑，则要及早加入信奉天后神灵的行列。“归依”，同皈依。原指佛教的入教仪式，这里指虔诚地信奉天后圣母。
俎豆荐他乡，何异明烟修故里；灵神周寰海，依然宝炬济同人。
这是山门东门上的石刻鎏金楹联。 “俎豆”，俎和豆都是古代祭祀、设宴用的器具，引申为祭祀、崇奉之意。“ ”，升烟以祭，古代祭天的典礼。此联意为，在他乡崇奉天后无异于在故里祭祀，天后神灵广布寰海，像火炬给人以光明和希望。上述三副山门联，均为五七言句式的联句，语意深刻，结构严谨，对仗工整，并列展示，相得益彰。山门耳门上的石刻鎏金批“仙霞缥缈”、“境凝大罗”，堪称点睛之笔。
福建会馆的主体建筑为大殿，亦称天后圣母殿。大殿正中供奉天后圣母——妈祖塑像。妈祖是一个生活在宋代、出自民间的充满传奇色彩的未婚女子。传说她是福建莆田人，名叫林默，27岁时为救人溺海而逝。由于她好行善事、智勇超群，救人济世，因而被世人尊为“妈祖”，奉为“海上救护神”。福建会馆大殿前东西两端石柱上的楹联为：
地近蓬莱，海市仙山瀛客话；神来湄渚，绿榕丹荔故乡心。
“海市”，指海市蜃楼。“瀛客”，指仙人。“湄渚”：湄岛，在福建省莆田县境内。“绿榕丹荔”：即榕树和荔枝，南方植物，福建东部颇多。此联在仙境与故乡的对举中，在话语与心灵的沟通上，完成了对天后圣母及天后行宫的赞美。榕嵩荷神庥，喜海不扬波，奠兹远贾；芝罘崇庙祀，愿慈云永驻，济我同舟。“榕嵩”指福建（“榕”是福州的别称，“嵩”指厦门嵩屿，福建还有嵩溪、嵩口等地名）。“芝罘”即烟台。“神庥”，指神灵保佑。“远贾”，即远方的客商。联语将南北连线，写所“喜”所“愿”。“海不扬波，奠兹远贾”的确可喜，“慈云永驻，济我同舟”实乃所愿，惟“海不扬波”与“慈云永驻”对仗欠工。
潮馆近为邻，作庙后先隆俎豆；曹碑同此孝，惟神功德普寰瀛。
“潮馆”，指1867年由广东船帮商贾集资修建而成的潮州会馆（现已不存）。上联以最早在烟台建馆的潮州会馆为参照物，指出福建会馆与潮州会馆为近邻，两馆的修建时间虽有后先，却都是为隆重祭祀妈祖而建。“曹碑”，系东汉度尚为孝女曹娥所立之碑。妈祖文化的内涵之一是重孝，所以楹联作者用“曹碑同此孝”与“潮馆近为邻”对仗，含意深远。“惟神功德普寰瀛”，意为妈祖与曹娥所展示的孝道，功德无量普照寰宇。福建会馆大殿内的立柱上，也刻有两副楹联，分别是：向四海显神通，千秋不朽；历数朝受封典，万古流芳。这是移刻梁启超为台湾妈祖庙所题的一副楹联。1900年，梁启超与在台湾策划“惠州起义”的孙中山一道拜谒天后宫妈祖，梁启超当场撰写了此联。所撰联句，语言流畅，气魄宏大，对仗工稳，不愧为大手笔。
银海不扬波，万众稳渡星槎远迩；国民皆乐业，举世遍歌母德渊源。
此联将台湾台南银同会馆妈祖殿嵌有“银同”二字的楹联——“银海不扬波，万众稳渡星槎远迩；同民皆乐业，举世遍歌母德渊源”——移植过来，盛赞圣母功德，引人注目。在会馆大殿后面的石柱上。
还有一副楹联：海国本仙寰，看贾舶番艘，利涉同占易象；神功昭普渡，任蛮烟蜒雨，前程不阻飞凫。
福建会馆的戏台与众不同。由于正殿没有遵循中国传统建筑坐北朝南的规则，而是坐南朝北，因而戏台也就随着座北朝南，以朝向主神所居的主座——正殿。戏台两侧石柱上所刻楹联也不同凡响：
从八百英里航路通来，揭耳鼓闻韶，是真邹鲁海滨，何分乐界；把二十世纪国魂唤起，放眼帘阅史，直等衣冠优孟，同上舞台。
“八百英里”指从泉州到烟台的海上航程，这里采用“英里”，是为了与下联中的“世纪”对仗。天后行宫竣工时间早于辛亥革命(1911年)五年。那时，西历的“世纪”之说尚未成为官定的纪年方法，联作者在时空术语上使用“世纪”和“英里”（尽管平仄失对），足见其用词超前。此联引经据典较多。“韶”，即韶乐，虞舜乐名。烟台地处山东半岛，自然是“邹鲁海滨”，泉州素有“海滨邹鲁”的雅称，两地聆听的同为韶乐，故有“何分乐界”之说。“衣冠优孟”，典出《史记·滑稽列传》：春秋时楚国艺人优孟擅长滑稽讽谏，楚相孙叔敖死后，其子很穷。优孟穿着孙叔敖生前衣冠去见楚庄王，并模仿其动作神态，使庄王感悟而封叔敖之子。后以“优孟衣冠”或“衣冠优孟”指登台演戏。“直等衣冠优孟，同上舞台”一语双关，浅层意思是说，戏台建成了，期待着表演艺术家粉墨登场；深层意思是说，中华儿女在二十世纪应登上国际大舞台，扮演好自己的角色。特别需要指出的是，福建会馆兴建之时，正值国势衰弱、外族侵扰之际。
当年的楹联作者能写出“把二十世纪国魂唤起，放眼帘阅史，直等衣冠优孟，同上舞台”的警句，很了不起。我们不能不敬佩作者崇高的爱国精神和非凡的远见卓识，不能不为这副气魄宏大、催人振作奋起之佳联叫好。
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