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从免疫组化实验结果而知，免疫组化技术服务主要涉及抗体实验结果的描述与分析，图片的确定与选取，相关数据的提供。只有严格的实验设计，标准的实验操作，专业化的结果分析才能得到准确、科学的免疫组化结果，才能为病理诊断、治疗预后提供有利的依据。
随着免疫组织化学技术的发展和各种特异性抗体的出现，以往单靠H.E.染色诊断，难以作出明确的形态学判断，而免疫组化尤其是在低分化或未分化肿瘤的鉴别诊断时，准确率可达50%-75%，因此免疫组化及其结果是诊断的关键。
多方面分析免疫组化结果
1、首先要确定免疫组化技术是否合格，合格的染色结果应该是背景颜色浅淡或无着色，而阳性标志物清晰和定位明确。
切片中的正常组织可以作为最简便的对照来判断染色结果的可靠与否，例如用Vimentin抗体，间质成纤维细胞利血管壁平滑肌细胞胞浆应呈阳性。肯定为阳性的对照组织却呈阴性，待测组织的染色结果也就不可靠；这现象常是由于抗体失效或过度稀释、组织中抗原严重丢失等。
2、不仅要判断所检组织中有或无阳性标记物，还要注意阳性信号的分布部位和形态特征。
一般说来，阳性信号应与被测抗原所在的部位一致，大部分细胞抗原位于胞质内，其中亦有区别，有的阳性颗粒弥散于整个细胞的胞质，有的则呈斑块状局限于胞浆某处。还有些抗原同时分布于胞质和胞膜(如胃肠腺癌细胞的EMA)，或核与胞质(如S-100、HMB-45)。同一种抗原在不同类型的细胞可定位不同，因而分布的特点也有一定的鉴别意义。
标志物阳性程度的判断
一是依着色强度，二是依阳性细胞数在同类细胞中所占比例多少，二者亦可结合应用。阳性程度的分等一般是粗略的，如仅为诊断目的而非为研究作的免疫组化，判断结果常以定性为主。
着色程度不仅取决于抗原的含量和分布密度，还与抗体的敏感性、切片厚度、显色时间等多种技术因素有关。但是在固定的技术条件下，比较染色反应的强度对鉴别诊断仍有一定的参考意义，例如前述腺癌与间皮瘤均可呈Vimentin阳性，但通常腺癌细胞弱阳性或部分细胞阳性，而间皮细胞常为明确的阳性。
辩证对待免疫组化染色结果与预期结果
如果发现免疫组化染色结果与预期的不一致时需要具体分析，可能相关的原因有：
1、肿瘤细胞和其相应的正常细胞在抗原表达的质和量方面都可有所不同；抗原的定位也可偏离一般规律，如正常细胞的膜型抗原在癌细胞却可定位于胞质内。肿瘤细胞可出现异常的免疫表型，有时表达其它类型细胞的抗原，例如偶尔可见恶性淋巴瘤细胞在T细胞性免疫标志物阳性的同时呈B细胞的标志物SIg+。这些现象不少见，使得对肿瘤免疫组化染色结果的解释复杂化。为解决这问题，可选用多种抗体以增加证实或否定的依据，此外也要求病理医生积累经验和相关的知识。
2、细胞内的阳性标志物不一定是该细胞自身表达的抗原，而可能是吞噬或吞饮的抗原物质。如间质中的巨噬细胞可摄入其他细胞释放的抗原物质，因而常呈非特异性的阳性表现；恶性肿瘤细胞侵袭破坏相邻的组织后也可摄入正常细胞的抗原，如恶性纤维组织细胞瘤、恶性黑色素瘤可与邻近的正常上皮呈现相同的上皮细胞抗原；甲状腺内的转移癌细胞可以呈甲状腺球蛋白阳性反应，固而可能被误认为甲状腺原发癌；但肿瘤细胞的吞噬只是近距离的，阳性细胞位于残存的正常组织附近。
3、同一种抗原的多克隆抗体和单克隆抗体的反应结果可能是不同的。一般说来多克隆抗体的敏感性较高但特异性较差，而单克降抗体则相反。这是由于单克隆抗体对抗原决定簇的专一性强；由不同克隆的杂交瘤细胞所产生的抗体，即使都作用于同一种抗原，但所结合的抗原决定簇不同，使用时可能出现不同的反应结果：例如在福尔马林固定的石蜡包埋组织中，部分抗原决定簇被掩蔽，就可能出现用A克隆的单抗结果为阳性而用B克隆的单抗结果为阴性
4、同一肿瘤中的瘤细胞是异质性的，这也反映在免疫标记阳性细胞在肿瘤内的分布是不均匀的，甚至同一细胞巢中阴性和阳性细胞并存。
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