肾左右各一，位于腹后壁，在脊柱两侧，与膀胱互为表里，开窍于耳。肾主藏精，为发育生殖之源，主骨、生髓、通于脑，主五液以维持体内水液代谢的平衡。肾的生理功能极为重要，为人生命的根本，故称“肾为先天之本”。 肾气旺盛则精盈髓足，聪明机智，动作轻捷有力。所以《素问?灵兰秘典论》说：“肾者作强之官，伎巧出焉。” 命门附于肾，是人体重要的器官。根据《难经》记载，命门是“诸神精之所舍，原气之所系”；“男子以藏精，女子以系胞，其气与肾通”。而“肾间动气”即生气之源，乃五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之源。如果命门衰竭，生命也就结束了。 精是人体生命活动的物质基础。肾精是发育、生长、生化之源，是生育繁殖之根本，为先天之精。在胚胎时期发育、生长的生理活动中，以及出生后的生活过程中，不断地消耗肾精，故需饮食、呼吸摄取阴精（养料）、阳精（氧气）不断地予以补充，以维持生命。 真气运行法的炼精化气阶段，就是把摄取的阴精、阳精，合并而化生为真气（能量），充养全身。 《素问?上古天真论》说：“肾者主水，受五脏六腑之精而藏之”，也就是古代养生家所说的“五气朝元”。 在炼气化神阶段，丹田真气充足，肾气旺盛，两肾有如汤煎之热，即“命门相火”的表现。第二、三腰椎处，即命门穴，“肾间动气”活跃非常，逐渐缘督脉上行，冲通夹脊，透过玉枕，直达脑海。肾气入脑，灌溉脑髓。髓海充足，精神饱满，动作轻捷，身心舒适愉悦，好像换了一个人。这个后天返先天的现象，也就是《老子》“蔽而新成”的说法。 炼气化神阶段，体现了“元精化元气”的过程，也就是练功者追求的目的。由于人们在习惯上只知有个肾精，因此一开始就在炼气化神阶段入手，不但效果不好，而且会出现很多毛病。其他有些方法由于过早使用了腹式呼吸，努力吸气，犯了化源不足、“揠苗助长”的错误! 真气运行法之所以进步快，成功率高，能够定期取效，就是因为遵循了“静极生动，动极复静”的自然规律和合乎生理的调息方法，以培养肾精、命火为法，不以抽调导引肾气为用。 通关之后，感到呼气与肾气相通，一呼真气缘任脉入丹田，一吸真气缘督脉入脑海，呼吸深长自然，体现了阴阳互根、一气混元的自然规律。 真气运行法第三步，丹田真气充实，肾脏功能增强，如命门火衰的尿频、阳痿、腰腿酸软无力、女子月经不调等现象即可改善。到第四步功冲通督脉使肾气入脑，补益脑髓，更增强了大脑皮层的本能力量。因此，对失眠、健忘、多梦等一些神经衰弱症状，都可起到良好的作用。 从生理学观点看，督脉贯通后的效果，概为肾上腺与脑垂体这两大腺体之间的互相激惹、互相补益的生理关系更加协调旺盛。在生理上表现为生机旺盛，再生力增强，由衰返壮。古人所说“要得不老，还精补脑”就是这个意思。
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