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目前逐渐已知：“基因致病论”无法回答慢病尤其是复杂性疾病的病因，相应地，面向基因突变和信号转导通路异常的新药研发无法真正有效地治疗慢病，而“菌群致病论”和“菌群治病论”正在逐渐成为主流理论。 “菌群致病论”指的是人体的亚健康状态和很多慢病都是由于人体共生菌群（注：“菌群”泛指人体内除过人类基因组之外的所有DNA/RNA遗传物质所组成的生物体，包括病毒、细菌、真菌、寄生虫等微生物）紊乱所导致的，例如肥胖、便秘、胃溃疡、胃炎、肠炎、糖尿病等慢性病； 而后者“菌群治病论”指的是国外和国内学者已证明通过移植正常人菌群给慢病患者，可以治愈慢病（例如溃疡性结肠炎等），且已得到美国FDA的批准，而此前中医领域长期使用的人体粪便（例如人中黄等）以及动物粪便（例如夜明砂、龙涎香等），本质上也都是人体（或动物）共生微生物菌群及其次生代谢产物作为药物在使用。 当前微生物组学研究技术条件已经成熟，可以通过大规模测序技术解析人体共生微生物菌群，剖析菌群紊乱与不同慢病之间的关系。同时，目前已经有一批西医、中医学者以及健康管理领域同仁逐渐认识到中医和西医的不足，正在寻求慢病解决方案，从而形成了有效的人力资源。
3.通过创建“基于人体共生菌群特征的慢病大百科全书”，可望按图索骥，实现慢病防诊治以及健康管理。 4.自闭症、抑郁症、成瘾性疾病等有望通过菌群调理而改善。  其中，前一条是对于“慢性病的肠源性学说”的升级，因为虽然众所周知肠道菌群与肠道密切接触，然而根据我们的研究来看，菌群紊乱在先、肠道受损在后，所以，应该可以提出菌群紊乱导致肠道受损进而导致多种慢病的科学命题，这是“菌心说”的第一条原则，一般情况下比较容易理解，最关键的其实在于第二条，即“心理活动的菌源性学说”，这一点为很多人所难以理解，实际上我们最初也是十分惊愕的，后续会做出详细的解答。 现代科学数据显示，人体是一个典型的人体和共生微生物菌群的复合体。对于一个成年人来说，其人体细胞的数量大约是10^13，共生菌群的数量大约是10^14，即人体菌群是人体细胞数量的10倍左右，分布在人体的皮肤、消化道、呼吸道、泌尿生殖道等部位，总重量大约是3-4斤，90%以上位于大肠中。正常人体排便干重的70%以上都是肠道菌群。人类基因组计划研究表明，人体基因的数量大约是2.5万个，而微生物组学研究结果显示，人体共生微生物菌群的基因数量接近于1000万个，即人体菌群的基因数量是人体基因数量的400倍左右。 大肠杆菌可在20分钟左右繁殖一代。换言之，在人体内部尤其是胃肠道之中，驻扎着一个包括细菌、真菌、病毒、寄生虫等微生物在内的一支庞大的部队！人体在出生之前是没有细菌的，出生之后通过接触到母体产道、饮食饮水、空气等环境因素，从而使得人体共生菌群出现并繁殖、稳定存在。胃肠道中的菌群共生于胃肠道之中，构成人体这一发酵罐中的菌种。我们的食物、饮水，均先与这些菌群相接触，菌群通过加工食物参与到人体营养物质的吸收、代谢、调理等过程。
 换言之，“人体共生菌群通过人体获取碳源”是“饥饿”感觉之来源！或者也可以这样说：人体的食欲源于菌群——这是一个所有人未曾想到的一个答案、一个极其诡异、令人错愕的答案！其实，我们知道，很多孩子出现偏食、挑食等问题，并非孩子们故意这样做，而是他们的胃肠道中缺乏针对某些食物进行消化的微生物菌群，从而表现为偏食、挑食。西医通常将这种情况成为“食物不耐受”，除了让患者远离这种食物之外，没有其他的办法。 我们可以重新理解一下人体的结构。人体营养物质的吸收在于小肠、人体菌群对营养物质的吸收在于胃肠道黏膜表面但主体在大肠，因为人体菌群的90%以上都在大肠，大多数大肠杆菌是兼性厌氧菌或厌氧菌。我们每天所吃的食物中的营养物质，会被分解为葡萄糖、氨基酸、脂肪酸等之后被小肠吸收掉，剩余的食物残渣顺延到大肠，然而大肠菌群还需要营养物质的吸收。如果我们吃的是一些精制良好的营养物质的话，那么，小肠将其向人体吸收之后，大肠菌群将会由于缺乏合适的营养物质而逐渐表现为异常，即菌群紊乱。
相反，如果在食物中含有足够量的益生元例如多糖、膳食纤维等小肠不能够吸收的物质的话，这些物质就可以顺利地达到大肠给大肠杆菌提供营养物质，促进胃肠道菌群的平衡，有利于菌群的多样化，并促进人体总体表现为健康状态。换言之，人体（当然也包括其他动物体）当初被设计的时候，就已经被规划为“主流菌群潜伏在大肠、小肠位于大肠之上、肠道菌群饥饿、通过脑肠轴反馈大脑、大脑指挥摄食、小肠为人体吸收营养、大肠菌群延迟性满足”的架构了，即“菌群驱动人体摄食、人体摄食之后然后满足菌群需求”这一异常聪明的逻辑路线！真的是天造地设、出神入化！
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