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胃食管反流病（GERD）是多因素导致的酸性胃内容物反流至食管引起组织损伤和症状。幽门螺杆菌（H.pylyri）在GERD致病中的作用存在争议。一些研究发现H.pylyri感染与GERD呈负相关，认为H.pylyri是GERD的保护因素之一；相反，另外一些研究认为H.pylyri感染与糜烂性食管炎的发生和严重程度存在相关性。
流行病学研究显示，较低的H.pylyri感染率与反流性疾病的高患病率有关，尽管尚未证实二者之间存在因果关系。 2015年10月，世界胃肠病学组织（WGO）发布了GERD指南指出：尽管大多数流行病学研究显示在H.pylyri感染患病率与GERD的出现和严重程度之间存在负相关，但这并不能证明两者存在因果关系。在某些国家H.pylyri感染患病率下降与改善的社会经济条件有关。个人卫生和环境卫生水平的改善降低了H.pylyri传播的可能性。
随着经济条件的改善肥胖患病率，久坐职业病，以及膳食习惯改变，所有这些可能会促进胃食管反流。因此，尽管H.pylyri与GERD患病和严重程度之间呈负相关，这可能反映了这两种疾病独立的、不同因素或因子的不同效果，而非H.pylyri和GERD之间的存在因果关系。应用pH监测的生理学研究显示异常食管酸暴露，不受是否H.pylyri感染的影响。在大多数患者中，H.pylyri状态对GERD 症状严重程度，症状复发性，或者治疗效果没有影响。
2016亚太GERD管理共识（更新版）亦指出：H.pylyri感染率的下降不太可能是GERD患病率增加的主要原因。 2015年WGO发布的GERD指南指出，在很多H.pylyri高患病率国家中，消化性溃疡和癌症持续高于GERD，造成很大的发病率和病死率。在这种情况下，上胃肠道症状诊断和管理的方法必须结合H.pylyri风险评估，同时要意识到区分GERD、消化性溃疡疾病和功能性症状之间重叠的难题在经验性抗反流治疗前要考虑检测－治疗策略，相比进行食管胃十二指肠镜（EGD）检查检测H.pylyri和相关疾病有相对优势。
一些研究显示，根除H.pylyri可能增加部分患者GERD的风险。对于根除H.pylyri是否会导致ＧＥＲＤ产生和恶化，仍存在争议。
2016亚太GERD管理共识（更新版）指出：H.pylyri根除治疗后发生GERD的生物机制依赖于胃炎的分布（高酸或低酸）和GERD倾向人群（食管裂孔疝、食管胃连接的能力和食管酸清除）。 MaastrichtＶ共识中指出，一些研究显示根除H.pylyri后导致酸分泌增加，这被认为是对本已存在下段食管括约肌松弛患者GERD的不利因素。然而，在大多数人群中，根除H.pylyri与泌酸量的改变没有确切的临床联系，也不能将此作为是否根除 H.pylyri的依据。因此，GERD的存在不应妨碍有根除适应证患者 H.pylyri的根除治疗。
H.pylyri胃炎可导致腺体萎缩和肠上皮化生，胃体黏膜萎缩年发病率在H.pylyri阳性和阴性患者中分别为４．７％和０．７％，主要发生在老年中重度胃炎患者中，因此，长期抑酸与H.pylyri胃炎的严重程度增加相关。MaastrichtＶ共识中提到，在开始应用PPI治疗反流时，一些H.pylyri阳性患者可能会出现突发的、短暂的上腹痛，但这同样也不应该影响治疗决策，这一现象尚需进一步的研究去证实与探究。 综上所述，H.pylyri感染流行病学下降在GERD中的作用存在争议。H.pylyri流行病学的下降与生活条件的改善、居住过拥挤的减少和公共卫生条件的改善有关；另外，H.pylyri相关疾病治疗中H.pylyri的根除导致了H.pylyri感染的地区性下降。
而GERD的发生与多种因素有关，如食管裂孔疝、食管胃连接的能力和食管酸清除能力以及肥胖、吸烟、高脂饮食、久坐职业病等。在GERD存在H.pylyri感染的患者，在长期应用PPI之前应该给予根除 H.pylyri治疗，以减少和预防胃体胃炎及胃癌的发生。
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