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前几日,朋友圈被一篇"史上最全癌症靶向药(2016)"的文章刷屏了。很多童鞋私信小编, 既然提到靶向，肯定是只针对一部分人的，那么问题就来了： 哪些药物明确提出需要基因检测？ 药物和基因的信息可以从哪里总结? 药物剂量有没有哪些指南可以参考？ 药物相关的代谢通路有哪些？ 为了拯救常常面临这些疑问的童鞋们，小编觉得很有必要给大家介绍一款这方面大牛级的数据库。而且，它是免费的！ 这个数据库的名字说来有点长，叫做遗传药理学和药物基因组学数据库PharmGKB (the pharmacogenetics and pharmacogenomics knowledgebase)。 它是由美国国立卫生研究院（NIH）创建，收集了史上最完整的与药物基因组相关的基因型和表型信息，并将这些信息系统地归类。截至2016年7月，该数据库收录了与3579 种药物和3410种疾病相关27007个基因的资料。如果我们点击主页上的“Search”，就能很容易地查看这些资料。  如果你想知道哪些药物需要对患者提前进行基因检测？点击“Drug Lables”就行啦！  这里能查看来自FDA，EMA，PMDA，HCSC等机构的详细建议，包括哪些药物需要做基因检测，以及检测哪些基因，一目了然。有没有觉得很强大？ 此外，你是否也很想了解有哪些通路是和药物代谢有关的呢？这个问题问PharmGKB就对了！因为它提供了117个药物代谢通路，尤其是pharmacokinetics (PK)以及pharmacodynamics (PD)通路，点击“pathways”即可查看。 需要重要说明的是，这些通路都是基于公开发表的文献以及其他数据支持，由人工收集归纳，并手工编辑才绘制出的通路图。准确性可不是一般的机器学习可以比的！ 比如Acetaminophen Pathway，显示在肝脏对乙酰氨基酚（在图中为APAP, 又名扑热息痛）的代谢和转运的过程。该药物临床用于解热镇痛。对不宜使用阿司匹林的头痛发热患者服用此药。 在一定的治疗剂量下，有一部分的APAP经过葡萄糖醛酸转移酶（UGT）催化成为APAP葡萄糖醛酸结合物APAP-glu, 或者通过与硫酸转移酶（SULT）代谢成为APAP硫酸结合物（APAP-sulfate)转运进入血液。故事见下图：  有这样一张张高质量的通路图在手，是不是觉得描述分子机理都轻松了好多？ 不仅如此，这个数据库还对各种通路进行了归类，小编发现与抗癌相关的通路是研究得最多的：  除了通路，你还可以在主页面上选择基因、药物、疾病等进行关键词查询，可以得到关联链接及支持的所有参考文献！很赞吧？查文献的工作又省了~  举个例子，如何对感兴趣的基因展开查询呢？ 先点击“Genes”， 你想看基因的哪些信息，可以先过滤一下（limit results to）  这里以CYP2C19为例，输入“CYP2C19”进行检索，结果显示该基因是VIP基因，有68 条临床相关注释， 20种药物剂量指南，是34种药物的生物标志物。另外还可以看到CYP2C19基因相关的药物基因组实验，参与的药物作用通路，包含的单体型等，是不是应有尽有呢？  临床信息  文献信息  药物、疾病及表型信息 PharmGKB目前收录了两万多个与疾病和药物相关的基因，那么有哪些基因是特别需要关注的呢？ 它很贴心地帮我们挑选了63个对药物基因组非常关键的VIP基因，即Very Important PGx gene summaries，点击可以得到更为详细的注解。  PharmGKB数据库对这些基因进行了详细的注解：  同样的，药物剂量问题不容小看。PharmGKB数据库收录了CPIC，DPWG，PRO，FDA等来源的资料并进行了汇总。点击就可以查看，是不是很方便？ 介绍了这么多，有没有觉得这个数据库好强大，用起来又so easy? 想用来试试的话，点击官网链接就可以啦：https://www./ 温馨小贴士: 目前, PharmGKB数据库的信息，已经被整合到Genecards数据库了，于是，我们也可以通过Genecards来看各个数据库整合以后的结果，将药物基因组的信息与其他生物信息学数据库进行关联，比如疾病，变异，治疗，基因调控等信息。至于怎么样从Genecards挖掘基因，药物的信息，请看上一篇文章！ 学会了要记得分享哦~ 我们将继续推荐一些强大好用的数据库，不想错过更多精彩内容的话，记得关注我们的公众号哦！ 了解更多行业动态以及最新资讯，请关注下面的克里克学院微信公众号： |
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来自： 风雨兼程dy6tij > 《待分类》
