人参败毒散以羌活、独活疏风胜湿，升散一身内外所伏郁之风邪，并兼以除湿。柴胡苦辛寒，既和解少阳，助羌、独祛邪疏散，又能理气疏肝解郁，调畅气机。薄荷辛凉，合羌、独、柴可以疏散风邪，助柴胡可以疏解肝郁。川芎辛温，行血活血、祛风止痛，助羌、独则祛风，合柴胡可解血郁。枳壳苦辛微寒，破气消积，化痰除痞；桔梗苦辛平，开宣肺气，祛痰排脓；前胡苦辛微寒，降气祛痰、宣散风热，这三味药有升有降，化痰开痞而畅达气机。茯苓健脾渗湿，人参、甘草补气扶正；生姜辛温，发汗解表、和胃止呕。方中羌活、独活、生姜、柴胡、薄荷配合，有较强的疏风散表郁、开发腠理的作用；羌活、独活、茯苓配合，能祛湿利浊；桔梗、前胡善于开肺化痰；柴胡、薄荷、川芎、枳壳配合，既有四逆散意，可以疏肝理气解郁，又有越鞠丸意，可发越气郁、湿郁、痰郁、血郁、热郁等诸郁；茯苓、人参、甘草三药，有四君子汤意，能够健脾益气。全方除解表作用外，具有疏风透邪，发越气、血、湿、痰诸郁，调和肝脾，以及通过风药达到疏畅气血、排散体内诸毒等重要作用，故可以广泛地应用于风夹湿、痰、瘀、热之毒郁伏体内而导致的诸多杂病。
方剂学多将败毒散作为扶正解表剂，认为其功效在于发汗解表，散风祛湿，主要用于虚人感受风寒湿邪的感冒。从方剂的药物组成以方测证地解释方的功效主治，往往难以揭示方的深层含义与特殊功效，而从临床应用，特别是一方多用的实践经验来理解方的功效，则更容易把握方的本质。
关于败毒散的应用，《医宗金鉴》载：“时毒，谓受四时不正之气，或肿两腮两颐，或咽喉肿痛，以本方减人参，加牛蒡、连翘治之。时疹，谓初病即有之疫；血风，谓遍身瘙痒之疹，俱以本方减人参，加荆芥、防风治之，名荆防败毒散。表热无汗，噤口痢疾，以本方加仓米治之，名仓廪散。温病、热病热甚，俱加黄连、黄芩。胃实便硬，俱加芒硝、大黄。”（《医宗金鉴·伤寒心法要诀》）汪昂《医方集解》载：“本方除人参，名败毒散；治同（人参败毒散）。有风热，加荆芥、防风，名荆防败毒散，亦治肠风下血清鲜。本方去人参，加连翘、银花，名连翘败毒散，治疮毒。除人参，加黄芩等，名败毒散加黄芩汤，治温病不恶风寒而渴。除人参，加大黄、芒硝，名硝黄败毒散，消热毒壅积。败毒散合消风散，名消风败毒散，治风毒瘾疹，及风水、皮水在表，宜从汗解考。本方加陈仓温米，名仓廪散，治噤口痢。”（《医方集解发表之剂》）
可见，本方可以治疗时毒、时疼、血风、噤口痢、肠风下血清鲜、疮毒、热毒壅积、风毒瘾疹、风水、皮水等病证。如此广泛的治疗作用，无论如何也是难以用辛温扶正解表的功效解释清楚。从临床实际考察，本方的功效是疏风、胜虚、理气、和血、散郁、败毒，并以疏风为主要功效。
吴瑭从治痢着眼，在《温病条辨·中焦篇》第88条对该方作了如下解释：“此证乃内伤水谷之酿湿，外受时令之风湿，中气本自不足之入，又气为湿伤，内外俱急，立方之法，以人参为君，坐镇中州，为督战之帅；以二活、二胡合川芎从半表半里之际，领邪出外，喻氏所请逆流挽舟者此也；以枳壳宣中焦之气，茯苓渗中焦之湿，以桔梗开肺与大肠之痹，甘草和合诸药，乃陷者举之之法，不治痢而治致痢之源，痢之初起，憎寒壮热者，非此不可也”。这种解释颇有新意，为临床应用该方治疗风湿诸毒内陷或下陷所致的病证提供了理论依据。
败毒散的证：前人原治证：伤寒时气，头痛项強，壮热恶寒，身体烦疼，寒壅咳嗽，鼻塞声重，风痰头痛，呕哕寒热。小儿伤风、瘟疫、风湿，头目昏暗，四肢作痛，憎寒壮热，项强睛疼，或恶寒咳嗽，鼻塞声重。疮疡时毒，肿痛发热。时毒、时疹、血风、噤口痢、脑风下血、疮毒、热毒壅积、风毒瘾疹、风水、皮水等。
从方的组成分析，本方证主要有五个方面：一是荆芥、防风、羌活、独活、薄荷疏散风毒对应的风毒证，如恶凤、皮肤痒、鼻塞：目痒流泪；二是茯苓合羌、独、荆、防祛风胜湿利浊对应的湿毒证，如水肿、尿浊、白带、阴痒、下利、睾丸潮湿等；三是川芎合羌、独、荆、防活血疏风对应的血分瘀毒湿证，如皮肤红疹、疖肿、疮荡、下利脓血等；四是柴胡合薄荷、枳壳、桔梗、川芎疏肝理气散郁对应的气机郁滞证，如胸胁闷胀、四肢沉重、烦闷不适等；五是前胡、桔梗、枳壳理气化痰对应的痰郁证，如咳嗽、咯痰、眩晕等。
辨方证要点：恶风，肢体沉重，肿胀，皮肤痒，孔窍发痒或分泌物增多，小便淋浊，苔薄白腻。
杂病风毒夹湿内都，见风痒，皮肤发疹，疖肿，下利，水肿，竭血，尿浊等，或风毒夹湿、夹痰、夹疲、夹气郁内伏而见有此方证者，可用本方化裁治疗。
