 “我不能保证你们每个人都能活下去，但世界需要你们” 世界上的人如果分成两类，那么可能有千万分之一的是天才，其余的都是普通人。 CNS上的文章也包括两类，分别是极少数顶尖的研究工作；大量的“普通”研究工作。其中，大量的普通研究工作是指研究者众多，最终被接收仅此一两家的研究结果。 梦熊看到一篇文章颇有感触：承认平凡。我们不能像华甜、杭婧那样，她们的人生起点就是我们能努力到的极限。 但是，但是至少我们需要努力毕业啊，你说对不。她们有刘志杰、施一公，我们有小张、依凡、怪阿姨、X湿兄啊。 很多人毕业要求5分以上（如果要求10分以上才能毕业的，大声地哭吧 :) ），觉得很痛苦，可能是真的吧。 要么，不妨继续往下看吧~ 首先我们看一篇来自于二军大王林辉老师作为通讯作者的一篇文章： Long noncoding RNA MRCCAT1 promotes metastasis of clear cell renal cell carcinoma via inhibiting NPR3 and activating p38-MAPK signaling.Mol cancer （IF=6.2）Mol cancer从去年的5.888上升到了6.2分。大家从题目上应该能够了解到这篇文章大概的内容，在肾透明细胞癌（ccRCC）中lncRNA MRCCAT1通过抑制NPR3、激活p38-MAPK通路促进肾透明细胞癌细胞转移。 1、确认目标分子 课题组检测了3对3例转移及非转移性ccRCC样本的lncRNAs表达谱芯片。 确定了其中表达差异大于2倍，p值小于0.0001的lncRNA共有320个，其中上调的分子有206个。通过小样本验证，发现其中MRCCAT1在转移及非转移样本中，表达差异与芯片结果很一致，且差异最大，后期课题组实验主要就研究该分子。 2、通过临床数据分析发现该分子可以作为独立的临床预后因子 通过分析发现MRCCAT1与病理分析、肿瘤大小、是否转移、生存期存在明显的相关性，多元回归分析表明MRCCAT1的表达水平可以作为ccRCC病人新的独立预后因子。 定位：由于MRCCAT1是一个新的分子，课题组通过RACE技术分析了其全长序列：MRCCAT1长度为1718bp，包含了2个外显子，定位于5号染色体95,900,228-95,901,132位置。 判断其为非编码RNA：通过ORF Finder未能成功预测到超过62个氨基酸的蛋白；通过txCdsPredict对MRCCAT1评分为245，预示着其不能编码蛋白；用PyhloCSF对MRCCAT1的CSF（密码子替换频率）分析，其分值为-0.35，同样表明MRCCAT1为非编码RNA；最后，通过CNCI软件发现MRCCAT1转录本无有效的Kozak序列（通常为GCCACCAUGG），所以确定MRCCAT1为lncRNA。该部分证明其为lncRNA作者用了4中方法，值得大家后期借鉴。 3、功能实验 a、实验表明MRCCAT1敲减后能抑制细胞的增殖率以及迁移与侵袭能力；过表达MRCCAT1则能提升细胞的增殖率以及迁移与侵袭能力。 b、体内实验表明，过表达MRCCAT1能促进小鼠ccRCC细胞肺转移。 4、机制部分 a、生信分析，构建CNC共表达网络，发现MRCCAT1与NPR3呈负相关。通过小样本验证确定两者之间为负相关。 b、细胞实验：MRCCAT1敲减后细胞的NPR3 mRNA及蛋白水平上升，表明ccRCC细胞中NPR3表达收到MRCCAT1抑制。 同时，在ccRCC细胞株中诱导NPR3表达能消除MRCCAT1的功能，这表明MRCCAT1通过抑制NPR3来实现ccRCC进程的。 c、前期报道了NPR3与腺苷酸环化酶及MAPK通路呈负相关，在肿瘤增殖及转移过程中起着重要作用。为了检测MAPK通路是否参与MRCCAT1的功能，作者检测了ERK、p38、JNK的磷酸化水平，发现p38磷酸化水平随着MRCCAT1的过表达而升高；相反地，NPR3水平上调后，p38磷酸化水平则下降，ERK、JNK的磷酸化水平在此过程中无明显变化。 另外，p38-MAPK抑制剂能扰乱MRCCAT1对细胞的侵袭能力。 上述实验表明，MRCCAT1通过抑制NPR3表达，随后激活p38-MAPK通路，从而促进ccRCC转移。 d、研究MRCCAT1如何调控NPR3的： 亚细胞定位：MRCCAT1主要定位于细胞核。 近期研究表明，胞核中的lncRNA可以招募多梳蛋白从而调控基因表达，已有20%的lncRAN已经证实能与PRC2直接结合。为了验证MRCCAT1能与PRC2结合，作者使用PRC2核心组件EZH2（组蛋白甲基化）抗体做IP实验，发现EZH2能显著富集MRCCAT1；反过来通过RIP实验也证实MRCCAT1能结合EZH2。 通过ChIP实验表明MRCCAT1及EZH2能结合到NPR3启动子区，过表达MRCCAT1能增加NPR3启动子区H3K27me3水平，表明MRCCAT1结合EZH2抑制NPR3转录。
最后，总结一下： 首先，通过芯片找一个新的分子；在小样本中进行验证（这里可以多选几个分子进行小样本验证，然后再进行大样本验证）；确定分子的定位，以及通过软件预测其无编码能力； 其次，通过临床数据进行相关性分析，确定其有研究意义； 然后，细胞及动物功能实验； 最后，机制部分：通过共表达网络确定相关的mRNA；扯上相关的通路，通过检测明星分子的表达及磷酸化水平来确定与通过的关联性。 如果还没有思路，可以参考小张最新的课程：“从零开始做医学基础科研，小张教你发3分SCI文章” |
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