在确定了销项税额和进项税额后，就可以得出实际应纳税额，基本计算公式为：应纳税额＝当期销项税额－当期进项税额。
（一）计算应纳税额的时间界定
计算应纳税额，在确定时间界限时，应掌握以下有关规定：
1.销项税额的时间界定
增值税纳税人销售货物或提供了应税劳务后，什么时间计算销项税额，关系到当期销项税额的大小。关于销项税额的确定时间，总的原则是：销项税额的确定不得滞后。税法对此作了严格的规定，具体确定销项税额的时间根据本章第十二节关于纳税义务发生时间的有关规定执行。
2.进项税额抵扣时限的界定
进项税额是纳税人购进货物或者接受应税劳务所支付或负担的增值税额，进项税额的大小，直接影响纳税人的应纳税额的多少。
增值税专用发票认证是进项税额抵扣的前提。增值税发票认证是指通过增值税发票税控系统对增值税发票所包含的数据进行识别、确认。纳税人通过增值税发票税控系统开具发票时，系统会自动将发票上的开票日期、发票号码、发票代码、购买方纳税人识别号、销售方纳税人识别号、金额、税额等要素，经过加密形成防伪电子密文打印在发票上。认证时，税务机关利用扫描仪采集发票上的密文和明文图像，或由纳税人自行采集发票电子信息传送至税务机关，通过认证系统对密文解密还原，再与发票明文进行比对，比对一致则通过认证。
发票认证是税务机关进行纳税申报管理、出口退税审核、发票稽核比对、异常发票核查以及税务稽查的重要依据，在推行“以票控税”、加强税收征管中发挥着重要作用。
纳税人必须在规定的期限内进行认证并申请抵扣进项税额。进项税额抵扣时间影响纳税人不同纳税期应纳税额。关于进项税额的抵扣时间，总的原则是：进项税额的抵扣不得提前。税法对不同扣税凭证的抵扣时间作了详细的规定。
(1）防伪税控专用发票进项税额的抵扣时限
增值税一般纳税人取得20 10 年1 月1 日以后开具的增值税专用发票、公路内坷货物运输业统一发票（现为货物运输业增值税专用发票）和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
自2013年7月1日起，增值税一般纳税人进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书，需经税务机关稽核比对相符后，其增值税额方能作为进项税额在销项税额中抵扣。
(2）海关完税凭证进项税额的抵扣时限
纳税人进口货物取得的属于增值税扣税范围的海关缴款书，应自开具之日起180天内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（电子数据），申请稽核比对，逾期未申请的
法i 其进项税额不予抵扣。
税务机关通过稽核系统将纳税人申请稽核的海关缴款书数据，按日与进口增值税人库数据进行稽核比对，每个月为一个稽核期。海关缴款书开具当月申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月、次月及第三个月。海关缴款书开具次月申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月及次月。海关缴款书开具次月以后申请稽核的，稽核期为申请稽核的当月。
稽核比对的结果分为相符、不符、滞留、缺联、重号五种。
税务机关于每月纳税申报期内，向纳税人提供上月稽核比对结果，纳税人应向主管税务机关查询稽核比对结果信息。
对稽核比对结果为相符的海关缴款书，纳税人应在税务机关提供稽核比对结果的当月税申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。对于稽核比对结果为不符、缺联的海关缴款书，纳税人应于产生稽核结果的180日内，持海关缴款书原件向主管税务机关申请数据修改或者核对，逾期的其进项税额不予抵扣。
属于纳税人数据采集错误的，数据修改后再次进行稽核比对；不属于数据采集错误的，纳税人可向主管税务机关申请数据核对，主管税务机关会同海关进行核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人应在收到主管税务机关书面通知的次月申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。对于稽核比对结果为重号的海关缴款书，由主管税务机关进行核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人应在收到税务机关书面通知的次月申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
对于稽核比对结果为滞留的海关缴款书，可继续参与稽核比对，纳税人无须申请数据核对。纳税人应在“应交税费”科目下设“待抵扣进项税额”明细科目，用于核算已申请稽核但尚未取得稽核相符结果的海关缴款书进项税额。纳税人取得海关缴款书后，应借记“应交税费一一待抵扣进项税额”明细科目，贷记相关科目；稽核比对相符以及核查后允许抵扣的，应借记“应交税费一一应交增值税（进项税额）”科目，贷记“应交税费一一待抵扣进项税额”科目。经核查不得抵扣的进项税额，红字借记“应交税费一一待抵扣进项税额”，红字贷记相关科目。
增值税一般纳税人非因客观原因未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣或者申请稽核比的，其取得的票证不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。
(3）取消纳税信用A级增值税一般纳税人增值税发票认证的规定
自2016年3月1日起，对纳税信用A级增值税一般纳税人取消增值税发票认证。纳税信用A级增值税一般纳税人取得销售方使用增值税发票系统升级版开具的增值税发票（包括增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票、机动车销售统一发票，下同），可以不再进行扫描认证，通过增值税发票税控开票软件登录本省增值税发票查询平台，查询、选择用于申报抵扣或者出口退税的增值税发票信息。
增值税发票查询平台的登录地址由各省国税局确定并公布。纳税人取得增值税发票，通过增值税发票查询平台未查询到对应发票信息的，仍可进行扫描认证。
