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庖丁解牛的故事广为流传，其游刃而有余的刀法一直为人们称道。据《庄子》原文所述，庖丁解牛只需要一把刀，十九年里，这一把刀解牛数千，却依然锋利如新。庖丁解牛时，“批大郤，导大窾”，皮骨相离声合乎音律，依乎天理，其技艺可谓出神入化。而现代人解个牛要多少把刀？7把？11把？十年要用坏多少把刀？10把？20把？ 庖丁是大神，解牛靠技术，而我们普通人要达到庖丁解牛的效果，就只能靠装备了~现代厨房中刀具数量众多，功能繁杂，如果有一把刀能集所有功能于一身，并且经久耐用，就像“要你命3000”一样全面，那我们也能成为庖丁一样的大神！同样的，作为一名Data miner，数据库工具数不胜数，要是能有一个集大成者~~~ 下面就给大家上正菜，今天要介绍的工具是Pathway Commons (http://www./)。 Pathway Commons的主页并不复杂，左Pathway分析，右互作分析，页面再往下就是一些功能介绍、常用下载等等。 先看pathway分析，之前我们也介绍了不少pathway分析工具基金立项依据不够充分？学会这招让评审对你竖起大拇指！，基因功能通路和GO分析，你用什么软件做？。 Pathway Commons提供了多个数据库来源的pathway信息，包括KEGG、Reactome等。 通过进一步筛选选项我们可以设置数据库来源、通路中的基因数量作为筛选标准。 点击具体通路可以显示整个通路的所有基因，光标放在一个基因上可以显示与之直接关联的其它基因。 我们可以直接保存当前的信号通路图，也可以把作用关系下载下来，到Cytoscape里进行进一步的编辑和优化，具体优化方法参看如何用Cytoscape提升文章档次？。 接下来我们看一下互作关系分析，我们搜单个基因，可以得到类似于STRING数据库中的检索结果。 点击具体基因可以查看相关的基因信息 在Settings中我们可以筛选特定的相互作用关系，以及设置作用关系强弱的阈值。 而在Context中我们可以选择TCGA数据库的研究数据来获取基因在不同癌症中的基因表达信息、突变情况以及拷贝数。
录入多个基因，可以得到它们之间的相互作用关系，如果两个基因之间没有直接关系，Pathway Commons会根据一定的算法扩充新的基因来建立两个基因间的关系。 Pathway Commons有Cytoscape的插件（CyPath2）可以下载，下载安装方法参见ClueGO生信作图进阶技巧及实操演示。利用该插件可以直接调用Pathway Commons中的数据进行基因可视化分析。
最后我们看一下利用Pathway Commons发表的文章中的插图。 1、Gene Network Reconstruction using Global-Local Shrinkage Priors
2、Proteome and Protein Network Analyses of Memory T Cells Find Altered Translation and Cell Stress Signaling in Treated Human Immunodeficiency Virus Patients Exhibiting Poor CD4 Recovery
小结：Pathway Commons集pathway分析、互作分析两大功能于一身，通过前两者分析之后还可以结合已发表研究中的数据，进行基因表达量、突变情况的筛选，筛选出来的基因再进行pathway分析，来得到与疾病关系最为密切的功能基因。 PS：第一批生信+基金手册合辑已经由顺丰发出，请童鞋们注意查收！具体情况参看今天的副本。 |
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