KEGG数据库入门：pathway信息查询

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　　KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes），是日本京都 Kanehisa Laboratories阅读文献手工整理（手绘）的一个庞大的数据库（包括信号通路、基因、疾病、药物等等）；这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图。

　　今天就翠花就讲讲：在研究中如何使用KEGG数据库进行信号通路查询，这可是KEGG数据库的入门级知识哦！

　　翠花以一个例子入手帮助小伙伴们更好的了解一下操作过程。

　　已有的前期实验结果：构建了沉默新基因A表达的质粒，转染肺癌549细胞系，确定敲减效率，上流式细胞仪检测，发现细胞周期被阻滞（cell cycle arrest）在S期。那么我们现在需要从细胞周期的角度阐明新基因A促进肺癌细胞系549增殖的分子机制。

１.首先打开KEGG主页：http://www./，点击下图框中的KEGG PATHWAY链接。

2. 输入关键词：cell cycle

3.出现结果：

4. 点击map 04110，出现KEGG对cell cycle的描述：

5. 所有物种中相关基因的详细列表

每个基因在KEGG数据库里面有对应的ID，例如CCDN1对应的ID号：K04503，CDK4对应K02089，我们后面会用到。

相关的不同模块、疾病、日本Kanehisa Laboratories的工作人员整理这个信息库所参考的文献，其它的数据库，例如GO：0000278，可以用Gene Ontology这个数据库直接查到在这个数据库中的信息：

6. 开始查基因A的下游机制，直接点击图，会出现相信的信号通路：

这是KEGG里面整理出来的cell cycle相关信号通路图，细胞周期中S期的相关基因（我们上面举的例子是A沉默后可以把细胞阻滞在S期），每个可以点击，例如：CDK2，查看这个基因的相关信息。

7. 接着举例子：如果我选取了10个基因，CDK2，CycA, CDK7，CycH，Cdc6，ORC，Dbf4, Mdm2, Rb和Cdc45，经过Western Blot检测发现在分子A被干扰后，CDK2上调，Cdc6被下调，那么如何在图上标出来呢？

单击网络图右上角的User data mapping：

CDK2的ID为K02206，上调用红色表示；Cdc6的ID为K02213，用蓝色表示。

输入：

K02206 red

K02213 blue

Duang:

这样就好了，不过这张图是不是不好看呢？实际上，直接用KEGG上的图来说明下游分子机制的还是比较少的，不过有另外的软件（cytoscape）哦，下次翠花给你详细道来！

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