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在建设工程招标投标中常会出现就同一个工程签订了多份与中标合同结算条款不一致的合同。那么，在工程款结算时，应依据哪一份合同结算为准呢？《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称《最高法院施工合同解释》》）给出了答案。
《最高法院施工合同解释》》第21条规定，“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。从字面理解，只要当事人就同一工程订立施工合同与已备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以后者作为结算工程价款的根据。该解释规定的主要依据是《招标投标法》的相关规定。《招标投标法》第46条规定：“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”
但司法实践中，该规则并非绝对适用各种情形。主要有如下几种排除情形：
一、备案合同无效时，不适用“以备案中标合同为准”规则
1.备案合同无效的常见情形
（1）备案合同违背招投标文件实质性内容的情况。
如果备案合同与招投标文件实质性内容不一致，建设行政主管机关不应准许备案。但如果建设主管机关不严格审查，导致备案合同与招投标文件实质性内容不一致，这时的备案合同是实质意义上的“黑合同”。因而不应适用《最高法院施工合同解释》第21条，即不应按照备案合同进行结算。
（2）“非备案合同”在“备案合同”之前签订的，即双方在中标通知书发出之前就签订合同。因招投标双方存在串标行为，违反了法律的强制性规定，这里的“非备案合同”和“备案合同”均无效，施工方应当根据实际履行的合同主张权利或申请司法造价鉴定。
（3）“只为备案使用”约定的情形。如果在当事人双方明确“备案合同”不作实际履行的情况下，一方又以“备案合同”为据主张权利，就违背了诚实信用原则，法院往往不予以支持。
（4）招投标行为违反《招标投标法》其他规定的情况。如：部分欠发达地区存在先施工再补招标手续的现象，该招投标活动并不具备公开招投标实质要件的，该备案合同可以被法院认定无效。
2.备案合同无效时的结算规则
备案合同无效时，不应当适用“以备案中标合同为准”规则，而应以实际履行的那份合同为准。《北京市高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干疑难问题的解答》第15条第3款规定：备案的中标合同与当事人实际履行的施工合同均因违反法律、行政法规的强制性规定被认定为无效的，可以参照当事人实际履行的合同结算工程价款。
3.合同管理相应要点
（1）企业应当树立风险意识，所签订的备案合同无论是否真实履行，其条件均应当优越于非备案合同。如果备案合同并不实际履行的，应当由双方签订备案录，并加盖双方印章。
（2）同一工程存在多份建设工程施工合同、补充合同的，应有意识地形成实际履行合同的有效证据。可以将工程所涉的全部合同（包括补充协议）进行编号，并在平时的工程联系单、工程款申请表、施工会议纪要等注明所依据的合同编号。
二、正常合同变更，不适用“以备案中标合同为准”规则
1.合同变更
任何施工合同履行过程中都存在补充协议、会议纪要等合同变更文件。如果在合同实际履行过程中存在设计变更导致工程量增加等影响中标合同的实际履行情况时，承包人与发包人经协商对中标合同的内容进行了修改，属于正常的合同变更情形。
作为施工企业应加强合同备案管理，对因补充协议、变更签证等导致合同变更的，应及时到主管部门备案。
2.相关规定
《广东省高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题的指导意见》第2条规定：最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定的“实质性内容不一致”主要指的是工程计价标准、工程质量标准等主要条款内容差距较大。建设工程施工过程中，当事人以补充协议等形式约定的正常的工程量增减、设计变更等，一般不认定为“实质性内容不一致”。
《浙江省高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干疑难问题的解答》第15条规定：如何认定“黑白合同”？认定“黑白合同”时所涉的“实质性内容”，主要包括合同中的工程价款、工程质量、工程期限三部分。对施工过程中，因设计变更、建设工程规划指标调整等客观原因，承、发包双方以补充协议、会谈纪要、往来函件、签证等洽商纪录形式，变更工期、工程价款、工程项目性质的书面文件，不应认定为《中华人民共和国招标投标法》第46条规定的“招标人和中标人再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。
编排/王淼
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