题目: Yang F, ZhangH, MeiY, WuM. Reciprocal regulation ofHIF-1α and lincRNA-p21 modulates the Warburg effect. Mol Cell. 2014 Jan 9;53(1):88-100. 杂志: Mol Cell, IF 14.0 时间:9/1/2014 研究团队:Wu Mian (吴缅),对研究团队感兴趣的朋友可以点文末“阅读原文”。 虽然这篇文章发表时间较早,不过研究内容涉及到了LncRNA,HIF-1α,反馈回路和Warburg效应等热点,而且研究思路和方法都非常经典,所以值得我们好好学习和借鉴。 简单介绍一下背景: Warburg Effect:TheWarburg effect is the observation that most cancer cells predominantly produce energy by a highrate of glycolysis followed by lactic acid fermentation in the cytosol, rather than by a comparatively low rateof glycolysis followed by oxidation of pyruvate in mitochondria as in most normal cells. 瓦氏效应,指OttoHeinrich Warburg所提出的理论,是指在糖酵解过程中,癌细胞偏向于走乳酸发酵途径,而非氧化磷酸化途径。
在常氧条件下,HIF-1α与VHL结合,被VHL介导泛素化修饰并通过蛋白酶体途径降解; 在缺氧条件下,HIF-1α表达上升,而高表达的HIF-1α则促进LincRNA-P21转录,提高LincRNA-P21水平;反过来,高表达的LincRNA-P21与HIF-1a和VHL结合,从而解除VHL对HIF-1α的泛素化修饰和降解,从而上调HIF-1α蛋白丰度;从而形成HIF-1α//LincRNA-P21//HIF-1α的正反馈回路,高表达的HIF-1α激活GLUT1和LDHA,使细胞进入无氧糖酵解途径。 如果设计基金的话,题目就是:缺氧诱导的LincRNA-P21/ HIF-1α正反馈回路介导的Warburg效应在肿瘤发生中的机制研究,主要围绕LincRNA-P21展开的功能和机制研究。 如果按照基金的写作方式,这篇文章的研究目标主要包括以下5部分: 1. 确定LincRNA-P21受到缺氧诱导,而且是缺氧糖酵解过程的必要分子;(Figure1) 2. 明确LincRNA-P21参与缺氧糖酵解是HIF-1α依赖的;(Figure 2) 3. 阐明LincRNA-P21通过与VHL和HIF-1α结合,阻断了VHL对HIF-1α的泛素化降解机制;(Figure 3,4) 4. 揭示HIF-1α转录激活LincRNA-P21的过程;(Figure 5) 5. 验证LincRNA-P21作为癌基因的促肿瘤的体内外功能。(Figure6) 这篇文章我们重点说LincRNA-P21与 HIF-1α之间的正反馈回路调节作用,也就是以上五部分中的第2,3,4四部分,下面我们挑重点解读。 1.确定LincRNA-P21受到缺氧诱导,而且是缺氧糖酵解过程的必要分子;(Figure1) 我们知道这篇文章的重点是围绕LincRNA-P21展开的,那么这篇文章是如何确定LincRNA-P21作为研究对象的呢?我们在前面(策略篇)千里挑一:挑选差异基因的七点策略中,分享了从高通量数据出发挑选分子的七点策略,我们看下这篇的策略。
第一部分比较简单,主要说下作者挑LncRNA分子的思路,如果换成我们是不是又要缺氧处理细胞,然后去做测序了? 2. 明确LincRNA-P21参与缺氧糖酵解是HIF-1α依赖的; 为了说明HIF-1α在LincRNA-P21参与缺氧糖酵解中的关键作用,作者完成了以下实验:
3. 阐明LincRNA-P21通过与VHL和HIF-1α结合,阻断了VHL对HIF-1α的泛素化降解机制; 这里分figure 3和4两个图来展示,Figure 3说的是LincRNA-P21提高了HIF-1α的蛋白稳定性。
这里作者从HIF-1α的RNA水平着手,首先排除了LincRNA-P21对RNA水平的影响;然后从蛋白的降解着手,并选取了VHL介导的泛素化酶解作为主题,设计一系列实验层层深入,最后明确了LincRNA-P21通过解除hyp465-HIF-1a/VHL的结合抑制HIF-1a蛋白降解。 Figure 4说的是LincRNA-P21与HIF-1α和VHL的相互作用。
4. 揭示LincRNA-P21是HIF-1α转录激活的直接靶点;
第3和第4部分证明蛋白与RNA结合、转录因子和DNA结合的几个实验非常经典,以后我们还会分享一篇文章详细介绍研究RNA—蛋白—DNA相互作用的思路和方法。 5. 验证LincRNA-P21作为癌基因的体内外功能。 这一部分实验比较主要说明的是LincRNA-P21的癌基因功能,首先作者发现人来源的LincRNA-P21与小鼠来源的LincRNA-P21不同,没有在阿霉素诱导细胞凋亡过程中发挥功能;然后通过裸鼠荷瘤实验发现LincRNA-P21沉默表达的细胞瘤快显著小于对照组。 最后,总结一下LincRNA-P21发挥功能的机制图。 HIF-1α//LincRNA-P21//HIF-1α正反馈回路 文章下载链接:链接: http://pan.baidu.com/s/1jIvqqd4 密码: 5t3y 好了,这篇文章就到这里,其实文章里面还有很多值得挖掘的东西,比如实验的严谨性,下次有机会我们再说吧。 |
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