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随着房颤导管消融治疗的进步，越来越多的患者接受了射频消融治疗。由于消融转复窦性节律后可能出现的心房顿抑、射频消融术对左房机械功能的影响、消融过程中可能并发血栓栓塞等的问题，该类患者接受术后短期（术后3个月）抗凝治疗目前已基本成为共识。但消融术后无症状房颤的发生率并不低，而无症状房颤同样存在血栓栓塞的危险。因此，3月后是否继续抗凝尚存在争议。目前认为房颤消融术后，无论患者是否有房颤发生，应根据患者发生脑卒中的危险因素决定是否继续抗凝， 对CHADS评分≥2 的患者，术后终身抗凝治疗。
抗凝药物
预防血栓栓塞治疗的药物包括维生素A拮抗剂（华法林、苯丙香豆素）、抗血小板药物（阿司匹林、氯吡格雷）和新型抗凝药物（直接凝血酶抑制剂达比加群酯、Xa因子抑制剂利伐沙班和阿派沙班）。
华法林
是目前房颤抗凝最常用的药物，已有众多的临床研究证实了华法林在房颤抗凝治疗中的地位。房颤血栓栓塞的多项一级预防试验的荟萃分析显示，华法林可使脑卒中的相对危险降低68％。临床应用一般控制INR2.0~3.0，过低会产生抗凝效率不足、血栓事件不能减少，过高则会导致出血并发症的增加。由于华法林通过细胞色素P450途径代谢，易受胺碘酮、维拉帕米等药物和食物的影响等药代动力学特点，临床实际应用中很难掌控INR的波动，这极大地限制了抗凝治疗的应用。
房颤消融术后必须服华法林3个月以上，目的是防止左心房血栓形成，防止中风，并根据INR调整华法林用量，目标值为1.5-2.5。
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