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做肿瘤研究的，Oncomine 数据库肯定经常用到。什么？不知道什么是Oncomine数据库？赶快去百度一下吧 网页打开页面是这样的，用机构邮箱（后缀名为.edu.cn）注册就可以免费使用了 登陆后，输入输入基因名称 SMAD1,我想看一下它在各种肿瘤中及癌和正常组织中的表达情况，点击Cancer vs Cancer Analysis 和 Cancer vs Normal Analysis 可以设定P值和差异倍数。默认出来的是柱状图，我们可以选择箱型图，中间的选择框里可选择肿瘤类型 都设置好了以后，我们选择乳腺癌，向下翻看，发现Curtis这个人做的样本数据很多，点进去出来的SMAD1在乳腺组织中的表达情况是这样。 出来这么多比较，如果你说，你就想比较乳腺导管癌和混合小叶癌之间的差别，其他的不想看，就是这么傲娇，但是左边选项点击进入后，出来这么多的箱型图，你要的是1和4 之间的比较，肿么办？？？ 别急，先把图片保存下来，记住两个箱型图的标识、P值和差异倍数。因为原图自带浅色背景，我一般直接截图，粘到PS里面，原图线条太细不清晰？不怕。选择魔棒工具（箭头所示）—在图像外面的空白位置点一下—编辑—描边，改成2PX，再依次在坐标轴内的上下每一个大框里面描边 描完边的图最后是这样的： 再将图片粘到画图里面，将边框都删掉，左边纵坐标的小横杠加粗一下，右边的都可以删除，处理完是这样的： 有人问了，我只要1和4作比较，别整这些没用的，快让1和4作比较。别急，重点来了：在画图里将5.6和2、3都删掉，将4和1拼接在一起，图是这样的： 已经很接近了是不是？但是长和高不成比例啊？没事儿，选中它，先复制一个放在旁边备用，再选中多出来的那张图，重新调整大小，将锁定纵横比 勾掉，垂直大小不变，水平变成300，就是下面左边这张图了，这个时候图形有点丑啊，没事儿，复制到旁边的备用图起作用的时候到了：
将坐标轴那部分复制，粘贴后，套到左边：坐标轴的线条是不是就正常了？依次将所有的线条部分用右边细线条代替，箱型图上也这样操作
最后图像是这样的：
现在是不是可以用了？再标注上纵坐标、P值、差异倍数、图解和图形出处就完美了：
这种都图会做了，Oncomine上还有好多是直接出来两两作比较的箱型图，直接线条加粗，微调处理就可以了。做Meta 分析时加上Oncomine 的数据分析，瞬间多出一张Figure,是不是可以把文章逼格提高一个档次？等不及了？小伙伴们快去试试吧。 |
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